More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3083 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 259 aa  525  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  51.76 
 
 		 260 aa  272  4.0000000000000004e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1568  short chain dehydrogenase  51.57 
 
 		 301 aa  267  1e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  51.18 
 
 		 261 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  50.79 
 
 		 261 aa  265  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 260 aa  259  2e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  47.84 
 
 		 260 aa  257  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1566  short chain dehydrogenase  53.01 
 
 		 258 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  48.41 
 
 		 260 aa  253  3e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  48.41 
 
 		 260 aa  250  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  46.83 
 
 		 260 aa  250  1e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.6 
 
 		 253 aa  248  5e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.381753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1147  short chain dehydrogenase  53.54 
 
 		 261 aa  245  4.9999999999999997e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  52.21 
 
 		 258 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1263  short chain dehydrogenase  52.36 
 
 		 270 aa  242  5e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1787  short chain dehydrogenase  51.81 
 
 		 258 aa  240  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1363  short chain dehydrogenase  51.41 
 
 		 258 aa  239  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.737736 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1448  short chain dehydrogenase  49.02 
 
 		 260 aa  237  2e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1387  short chain dehydrogenase  52.21 
 
 		 258 aa  228  5e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1440  short chain dehydrogenase  52.19 
 
 		 260 aa  228  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0980  short chain dehydrogenase  52.19 
 
 		 260 aa  228  5e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1462  short chain dehydrogenase  52.19 
 
 		 260 aa  228  5e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1347  short chain dehydrogenase  52.21 
 
 		 258 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4607  short chain dehydrogenase  51.79 
 
 		 260 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2612  short chain dehydrogenase  50.59 
 
 		 259 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1716  short chain dehydrogenase  50.59 
 
 		 259 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 		 255 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1115  short chain dehydrogenase  50.59 
 
 		 259 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00652763  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1692  short chain dehydrogenase  50.59 
 
 		 259 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.749857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1870  short chain dehydrogenase  50.59 
 
 		 259 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0823567  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1557  short chain dehydrogenase  50.59 
 
 		 259 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396998  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0943  short chain dehydrogenase  50.59 
 
 		 259 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0218  short chain dehydrogenase  50.59 
 
 		 259 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0481209  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 		 253 aa  218  6e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 		 253 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 		 253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.45 
 
 		 251 aa  208  8e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 		 253 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 		 255 aa  202  4e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1212  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.45 
 
 		 253 aa  201  9e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.19 
 
 		 263 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 		 263 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 260 aa  192  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.31 
 
 		 250 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 		 258 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 		 256 aa  191  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.777235  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 		 258 aa  189  5e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 		 257 aa  185  6e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.343485  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 		 255 aa  179  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 		 257 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.807197  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 		 259 aa  176  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 		 254 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 		 249 aa  174  9e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  41.3 
 
 		 254 aa  174  9e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  41.27 
 
 		 263 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 		 253 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 		 258 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 		 249 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.201274  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 		 281 aa  172  5.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 		 254 aa  171  7.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  36.72 
 
 		 255 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0981  2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase, putative  41.04 
 
 		 249 aa  168  7e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0918  putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase  41.04 
 
 		 249 aa  168  7e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.311873  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 		 258 aa  167  1e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.558071 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35950  putative dehydrogenase  43.37 
 
 		 255 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00392824  hitchhiker  0.00000000000000176535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2794  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.5 
 
 		 255 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  38.15 
 
 		 259 aa  166  4e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  36.95 
 
 		 260 aa  166  4e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 264 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 		 257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 		 253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00235361 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  39.92 
 
 		 274 aa  163  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  41.9 
 
 		 267 aa  162  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 		 254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 		 257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  35.8 
 
 		 258 aa  162  7e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.11 
 
 		 246 aa  160  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  36.76 
 
 		 257 aa  160  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  37.15 
 
 		 255 aa  161  1e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.75 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 255 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 		 265 aa  159  6e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 255 aa  158  7e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4841  sorbitol dehydrogenase  39.06 
 
 		 256 aa  158  7e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 255 aa  158  7e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3571  sorbitol dehydrogenase  37.8 
 
 		 258 aa  158  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 		 256 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.281486  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 		 257 aa  156  3e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 		 256 aa  156  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3781  sorbitol dehydrogenase  37.4 
 
 		 257 aa  156  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.360615  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0095  sorbitol dehydrogenase  38.98 
 
 		 256 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 		 253 aa  155  4e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.564431  normal  0.112699 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  40.24 
 
 		 263 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 		 253 aa  155  4e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.108758  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  38 
 
 		 252 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  39.84 
 
 		 263 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  39.84 
 
 		 263 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>