More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_2008 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  100 
 
 
263 aa  533  1e-150  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  100 
 
 
263 aa  533  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  87.07 
 
 
263 aa  478  1e-134  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  86.31 
 
 
263 aa  446  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  81.23 
 
 
264 aa  442  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  81.37 
 
 
274 aa  442  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  77.19 
 
 
263 aa  424  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  77.39 
 
 
267 aa  424  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  77.48 
 
 
262 aa  412  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  71.04 
 
 
260 aa  367  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  69.77 
 
 
260 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  69.11 
 
 
260 aa  363  1e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  69.38 
 
 
260 aa  364  1e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  68.99 
 
 
260 aa  357  7e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.77 
 
 
258 aa  311  5.999999999999999e-84  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.22 
 
 
259 aa  310  1e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.29 
 
 
257 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  56.64 
 
 
258 aa  286  2e-76  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.76 
 
 
257 aa  273  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.42 
 
 
258 aa  267  1e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.063344  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  52.17 
 
 
259 aa  261  6e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  50.59 
 
 
260 aa  255  5e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  52.33 
 
 
267 aa  251  6e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  51.76 
 
 
262 aa  241  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  48.05 
 
 
259 aa  219  3e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.03 
 
 
257 aa  219  5e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.74 
 
 
255 aa  207  1e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
257 aa  203  3e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
257 aa  192  4e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07750  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  40.7 
 
 
252 aa  186  2e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.370743 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.59 
 
 
284 aa  186  2e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
284 aa  185  5e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
284 aa  185  5e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  41.15 
 
 
258 aa  184  9e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
255 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
249 aa  182  7e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  42.11 
 
 
265 aa  180  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
254 aa  179  4e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.41 
 
 
255 aa  179  4.999999999999999e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
256 aa  178  9e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
259 aa  177  1e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.84 
 
 
255 aa  177  1e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
255 aa  177  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.54 
 
 
255 aa  176  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
265 aa  176  4e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.44 
 
 
260 aa  175  7e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0083213  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
255 aa  175  8e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
255 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
255 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  38.91 
 
 
254 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05637  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_4G13550)  37.25 
 
 
262 aa  172  3.9999999999999995e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.35699  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.29 
 
 
247 aa  172  5e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
254 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1187  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
256 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
260 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
255 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
253 aa  170  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.044107  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
257 aa  170  2e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
260 aa  169  4e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.379733  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10306  predicted protein  39.85 
 
 
267 aa  168  7e-41  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.275208  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00784  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G14540)  39.77 
 
 
281 aa  168  8e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_642  oxidoreductase, short chain dehydrogenase  39.02 
 
 
265 aa  168  9e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100952  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 
257 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
255 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
257 aa  168  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.605713  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0666  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
265 aa  167  2e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000369604  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
272 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
263 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.993819  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
256 aa  165  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
257 aa  165  5.9999999999999996e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
261 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.385793 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
259 aa  165  8e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_002936  DET0736  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.26 
 
 
264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00191984  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  38.61 
 
 
260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  37.25 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.9 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
258 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  39.77 
 
 
254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.9 
 
 
247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
260 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.36 
 
 
244 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
252 aa  163  3e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0751  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  40.08 
 
 
269 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
259 aa  163  3e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5273  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 
254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
252 aa  162  7e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
254 aa  162  7e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
251 aa  161  8.000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13330  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.93 
 
 
263 aa  161  9e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.350601  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04781  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  36.4 
 
 
249 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
257 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.105018 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
257 aa  161  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
266 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.5 
 
 
246 aa  160  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
257 aa  160  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  38.67 
 
 
254 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>