More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1187 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1187  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
256 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.64 
 
 
257 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.105018 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20270  beta-ketoacyl reductase  75.78 
 
 
256 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.483952 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
260 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0083213  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
255 aa  246  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
284 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.02 
 
 
260 aa  243  3e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
284 aa  242  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
284 aa  242  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.02 
 
 
258 aa  241  9e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992918 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
260 aa  236  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.379733  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 
255 aa  236  2e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 
253 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.06 
 
 
256 aa  232  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.14 
 
 
257 aa  225  7e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
263 aa  219  3e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.993819  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
259 aa  219  3.9999999999999997e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
256 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.28 
 
 
255 aa  212  3.9999999999999995e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05637  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_4G13550)  42.75 
 
 
262 aa  211  1e-53  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.35699  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
256 aa  204  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.66 
 
 
267 aa  201  7e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.223679  normal 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10306  predicted protein  43.92 
 
 
267 aa  201  8e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.275208  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02410  conserved hypothetical protein  44.27 
 
 
264 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.167898  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
269 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490392  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
268 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0330322 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
267 aa  198  6e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
268 aa  198  6e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
258 aa  196  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00784  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G14540)  40.93 
 
 
281 aa  194  9e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.41 
 
 
268 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.823141 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0751  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  44.27 
 
 
269 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
268 aa  188  9e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.254321  normal  0.73895 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.41 
 
 
258 aa  182  3e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  42.11 
 
 
263 aa  180  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  40.68 
 
 
274 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  41.67 
 
 
267 aa  177  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  40.3 
 
 
260 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  41.44 
 
 
260 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  40.47 
 
 
260 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  40 
 
 
260 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 
260 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  42.11 
 
 
262 aa  172  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 
264 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61314  peroxisomal 2,4- dienoyl-CoA reductase  37.16 
 
 
269 aa  171  1e-41  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.35804  normal  0.723211 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  37.93 
 
 
259 aa  167  1e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  40.84 
 
 
263 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  39.1 
 
 
263 aa  165  8e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 
260 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 
263 aa  160  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
254 aa  160  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 
263 aa  160  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
257 aa  158  7e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
257 aa  157  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3338  tropinone reductase  37.6 
 
 
267 aa  157  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0617958 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.36 
 
 
259 aa  153  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
257 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 
258 aa  151  8e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  36.96 
 
 
267 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4264  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  35.86 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
254 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  39.31 
 
 
262 aa  145  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
252 aa  145  5e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
255 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0017919 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
264 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
255 aa  143  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_16609  predicted protein  37.89 
 
 
266 aa  144  2e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08403  conserved hypothetical protein  37.36 
 
 
280 aa  143  3e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.706703  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
255 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
261 aa  142  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
255 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.18 
 
 
246 aa  142  5e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
256 aa  142  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
257 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
256 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
256 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1745  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.23 
 
 
250 aa  142  7e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1088  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.35 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.885603  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.39 
 
 
255 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  38.34 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.063344  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1582  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.94 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000004002  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  35.91 
 
 
259 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5756  acetoacetyl-CoA reductase  36.65 
 
 
249 aa  139  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.788384  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
245 aa  139  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
249 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
255 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2776  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.55 
 
 
248 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2396  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.55 
 
 
248 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000542518  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2466  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.55 
 
 
248 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000110753  hitchhiker  0.00140528 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2558  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.55 
 
 
248 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000120967  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06274  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_7G04540)  34.18 
 
 
345 aa  139  6e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0418357  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
262 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  36.96 
 
 
250 aa  139  7e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
245 aa  138  7.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.82564  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>