More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3842 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
260 aa  535  1e-151  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0083213  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1187  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
256 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20270  beta-ketoacyl reductase  50.97 
 
 
256 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.483952 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
257 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.105018 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
255 aa  261  1e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.98 
 
 
259 aa  257  1e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.76 
 
 
256 aa  256  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
255 aa  252  5.000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.38 
 
 
263 aa  251  6e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.993819  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.85 
 
 
268 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0330322 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.16 
 
 
255 aa  246  2e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
253 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 
268 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.38 
 
 
268 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.254321  normal  0.73895 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.82 
 
 
267 aa  238  5e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.22 
 
 
267 aa  238  5e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.223679  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
268 aa  238  8e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.823141 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
258 aa  236  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.22 
 
 
256 aa  236  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.88 
 
 
256 aa  236  3e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.02 
 
 
284 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.88 
 
 
260 aa  232  5e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.379733  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.62 
 
 
284 aa  232  5e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.62 
 
 
284 aa  232  5e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.7 
 
 
260 aa  230  1e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 
258 aa  229  3e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992918 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0751  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  50 
 
 
269 aa  229  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.92 
 
 
257 aa  227  1e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
257 aa  222  4e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10306  predicted protein  46.46 
 
 
267 aa  216  4e-55  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.275208  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00784  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G14540)  43.61 
 
 
281 aa  214  9.999999999999999e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05637  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_4G13550)  40 
 
 
262 aa  206  4e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.35699  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
269 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490392  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02410  conserved hypothetical protein  39.77 
 
 
264 aa  194  9e-49  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.167898  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
258 aa  183  3e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 
260 aa  179  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  40.68 
 
 
263 aa  177  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  42.37 
 
 
262 aa  177  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 
260 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 
260 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  40.46 
 
 
260 aa  175  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
257 aa  174  9e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  40.91 
 
 
260 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  40.68 
 
 
267 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  41.13 
 
 
274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  41.67 
 
 
264 aa  172  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 
263 aa  171  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  42.59 
 
 
267 aa  170  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  40.47 
 
 
259 aa  169  3e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  39.3 
 
 
260 aa  168  7e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  41.6 
 
 
263 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  41.6 
 
 
263 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  41.15 
 
 
263 aa  166  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 
257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.98 
 
 
246 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
257 aa  159  3e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
254 aa  159  5e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
258 aa  157  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.063344  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
257 aa  157  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
254 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.11 
 
 
256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 
254 aa  155  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.94 
 
 
248 aa  155  8e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  39.62 
 
 
258 aa  155  8e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
254 aa  154  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  154  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  154  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61314  peroxisomal 2,4- dienoyl-CoA reductase  34.33 
 
 
269 aa  154  1e-36  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.35804  normal  0.723211 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  153  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  154  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4264  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.49 
 
 
255 aa  153  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  39.46 
 
 
262 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 
259 aa  152  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0426  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
253 aa  152  5e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0324644 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.15 
 
 
246 aa  152  7e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3233  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.67 
 
 
253 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000782926 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.04 
 
 
251 aa  151  8e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
246 aa  151  8e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
247 aa  151  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3185  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.28 
 
 
253 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358502  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
259 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3295  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.06 
 
 
253 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.291132 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.61 
 
 
247 aa  151  1e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.25 
 
 
247 aa  150  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1693  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.11 
 
 
253 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.523034  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3349  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.67 
 
 
253 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.143786 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.29 
 
 
251 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1803  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.11 
 
 
253 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.711857  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2643  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.11 
 
 
253 aa  150  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.802213  normal  0.105966 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
256 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
256 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.55 
 
 
245 aa  149  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0987  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.29 
 
 
251 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3369  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.29 
 
 
251 aa  150  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.589225 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
254 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
255 aa  149  4e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>