More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1704 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
257 aa  519  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.105018 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1187  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.64 
 
 
256 aa  433  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20270  beta-ketoacyl reductase  78.91 
 
 
256 aa  411  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.483952 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
260 aa  271  5.000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0083213  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.94 
 
 
258 aa  262  4e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992918 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.15 
 
 
260 aa  259  4e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
284 aa  243  3e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
253 aa  243  3e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
284 aa  241  6e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
284 aa  241  6e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.8 
 
 
260 aa  241  7e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.379733  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.01 
 
 
255 aa  238  5.999999999999999e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.8 
 
 
255 aa  237  2e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.66 
 
 
256 aa  228  7e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.22 
 
 
255 aa  226  2e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 
257 aa  222  4.9999999999999996e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
259 aa  211  7e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 
256 aa  211  7.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.27 
 
 
257 aa  211  9e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
263 aa  210  2e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.993819  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10306  predicted protein  43.92 
 
 
267 aa  207  2e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.275208  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
267 aa  207  2e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.223679  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.41 
 
 
269 aa  207  2e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490392  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05637  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_4G13550)  41.15 
 
 
262 aa  205  6e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.35699  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02410  conserved hypothetical protein  45.85 
 
 
264 aa  204  2e-51  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.167898  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.28 
 
 
256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
267 aa  199  3e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
268 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0330322 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 
268 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.254321  normal  0.73895 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 
258 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.7 
 
 
268 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.823141 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00784  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G14540)  40.46 
 
 
281 aa  189  4e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
268 aa  188  9e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0751  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  43.87 
 
 
269 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
258 aa  177  2e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61314  peroxisomal 2,4- dienoyl-CoA reductase  37.93 
 
 
269 aa  176  3e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.35804  normal  0.723211 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 
274 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 
267 aa  171  6.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  42.15 
 
 
260 aa  171  7.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  41.41 
 
 
260 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  39.92 
 
 
263 aa  169  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  41.76 
 
 
262 aa  169  4e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  41.02 
 
 
260 aa  168  8e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  40.78 
 
 
260 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  39.62 
 
 
264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 
260 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  36.78 
 
 
259 aa  164  9e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  40.77 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  38.72 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  36.78 
 
 
260 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.24 
 
 
257 aa  160  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
257 aa  159  5e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
254 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
254 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
257 aa  157  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3338  tropinone reductase  36.8 
 
 
267 aa  156  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0617958 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08403  conserved hypothetical protein  41 
 
 
280 aa  155  4e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.706703  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
259 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  39.77 
 
 
263 aa  152  4e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  39.77 
 
 
263 aa  152  4e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
254 aa  152  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  39.61 
 
 
267 aa  149  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  39 
 
 
258 aa  149  6e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  40.78 
 
 
262 aa  149  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
257 aa  146  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
255 aa  145  6e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
257 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
262 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.76 
 
 
255 aa  144  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
264 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
258 aa  143  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.063344  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
255 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
262 aa  142  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
255 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_16609  predicted protein  37 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
259 aa  139  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1745  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
250 aa  139  4.999999999999999e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
255 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0017919 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06274  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_7G04540)  34.77 
 
 
345 aa  139  6e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0418357  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.65 
 
 
245 aa  138  7.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4264  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.25 
 
 
255 aa  137  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
256 aa  136  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1310  acetoacetyl-CoA reductase  33.73 
 
 
248 aa  135  5e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.331099  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.25 
 
 
245 aa  135  7.000000000000001e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.82564  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0458  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.25 
 
 
245 aa  135  7.000000000000001e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
268 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2494  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.24 
 
 
248 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000082608  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
252 aa  135  7.000000000000001e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.434149 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  36.9 
 
 
254 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24990  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  36.14 
 
 
257 aa  135  9e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
260 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
262 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
262 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  34.73 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  37.16 
 
 
250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.233073 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>