More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3360 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  100 
 
 
263 aa  530  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  85.93 
 
 
263 aa  471  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  86.31 
 
 
263 aa  449  1e-125  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  86.31 
 
 
263 aa  449  1e-125  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  78.33 
 
 
274 aa  429  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  78.85 
 
 
264 aa  429  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  76.05 
 
 
263 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  76.72 
 
 
262 aa  412  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  74.71 
 
 
267 aa  407  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  69.77 
 
 
260 aa  367  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  70.66 
 
 
260 aa  367  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  69.77 
 
 
260 aa  367  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  68.99 
 
 
260 aa  361  6e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  67.57 
 
 
260 aa  359  3e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.14 
 
 
259 aa  308  5e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.14 
 
 
258 aa  303  2.0000000000000002e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.1 
 
 
257 aa  299  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  57.2 
 
 
258 aa  286  2e-76  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.47 
 
 
257 aa  283  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.94 
 
 
258 aa  258  9e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.063344  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  49.81 
 
 
259 aa  257  2e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  52.71 
 
 
267 aa  252  4.0000000000000004e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  48.25 
 
 
260 aa  248  8e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  52.57 
 
 
262 aa  242  6e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  48.84 
 
 
259 aa  223  3e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.29 
 
 
257 aa  215  5e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
257 aa  202  6e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.25 
 
 
255 aa  202  6e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.86 
 
 
257 aa  194  1e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  42.15 
 
 
265 aa  189  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.57 
 
 
249 aa  189  4e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  40.93 
 
 
254 aa  187  1e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.83 
 
 
255 aa  187  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
254 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
255 aa  184  9e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
254 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.41 
 
 
255 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
255 aa  180  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
259 aa  180  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
256 aa  180  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07750  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.22 
 
 
252 aa  179  4e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.370743 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00784  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G14540)  40.98 
 
 
281 aa  179  4.999999999999999e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1187  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.84 
 
 
256 aa  178  8e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
284 aa  177  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  40 
 
 
258 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
255 aa  177  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
260 aa  176  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.379733  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
284 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
284 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
260 aa  176  5e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0083213  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
258 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 
257 aa  174  9.999999999999999e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05637  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_4G13550)  36.96 
 
 
262 aa  173  2.9999999999999996e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.35699  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
265 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  39 
 
 
260 aa  172  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
257 aa  171  9e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.105018 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0751  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  41.86 
 
 
269 aa  170  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  38.46 
 
 
264 aa  169  6e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
254 aa  167  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19521  normal  0.023029 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20270  beta-ketoacyl reductase  40.23 
 
 
256 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.483952 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
253 aa  167  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
272 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
253 aa  167  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.044107  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
252 aa  166  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
255 aa  166  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
260 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
256 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
257 aa  165  5.9999999999999996e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
257 aa  165  5.9999999999999996e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.605713  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  38.34 
 
 
255 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
252 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 
267 aa  165  6.9999999999999995e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
255 aa  165  8e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  40.86 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  40.86 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.24 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.385793 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.5 
 
 
247 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  37.8 
 
 
256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
247 aa  162  3e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
249 aa  163  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.201274  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  41.41 
 
 
255 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29820  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  37.45 
 
 
261 aa  163  3e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
258 aa  162  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
264 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1787  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
258 aa  162  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.9 
 
 
246 aa  162  7e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
269 aa  162  7e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490392  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1568  short chain dehydrogenase  38.31 
 
 
301 aa  161  8.000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.65 
 
 
246 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.65 
 
 
246 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.65 
 
 
246 aa  161  9e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
254 aa  161  9e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>