More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2241 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
259 aa  521  1e-147  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  74.12 
 
 
260 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  74.12 
 
 
260 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  72.55 
 
 
260 aa  381  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  72.55 
 
 
260 aa  380  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  71.76 
 
 
260 aa  377  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  62.35 
 
 
274 aa  321  8e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  59.61 
 
 
267 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  58.82 
 
 
263 aa  306  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  59.22 
 
 
262 aa  305  3e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  58.82 
 
 
263 aa  305  7e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  59.22 
 
 
263 aa  302  4.0000000000000003e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  59.22 
 
 
263 aa  302  4.0000000000000003e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  56.3 
 
 
264 aa  300  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  58.14 
 
 
263 aa  297  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.05 
 
 
258 aa  285  7e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.12 
 
 
257 aa  280  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  55.21 
 
 
258 aa  276  2e-73  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.27 
 
 
258 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.063344  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.64 
 
 
257 aa  249  4e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  51.97 
 
 
267 aa  243  3e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  44.57 
 
 
259 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  42.64 
 
 
260 aa  226  3e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  48.26 
 
 
262 aa  222  4.9999999999999996e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
257 aa  203  2e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
257 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
255 aa  196  2.0000000000000003e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
257 aa  192  6e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.19 
 
 
249 aa  186  4e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.98 
 
 
255 aa  185  6e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  40 
 
 
259 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
284 aa  182  7e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
284 aa  182  7e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
284 aa  181  8.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  38.46 
 
 
265 aa  181  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
256 aa  172  5e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07750  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  35.69 
 
 
252 aa  171  9e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.370743 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  41.02 
 
 
258 aa  170  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  39.44 
 
 
254 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 
255 aa  170  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
253 aa  171  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.044107  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
254 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 
258 aa  170  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.19 
 
 
258 aa  169  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.25 
 
 
266 aa  169  3e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
264 aa  168  7e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
263 aa  168  7e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.993819  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 
254 aa  168  9e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
257 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
255 aa  167  2e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  39.62 
 
 
257 aa  166  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
272 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.32 
 
 
248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0695  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38 
 
 
247 aa  163  3e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.825403  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.25 
 
 
247 aa  163  3e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
250 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
247 aa  162  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.36 
 
 
256 aa  162  4.0000000000000004e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
258 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992918 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
257 aa  162  7e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
256 aa  162  7e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
257 aa  161  8.000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.605713  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.14 
 
 
265 aa  161  8.000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.75 
 
 
246 aa  161  1e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
255 aa  161  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  37.25 
 
 
254 aa  160  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.75 
 
 
246 aa  160  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.75 
 
 
246 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.75 
 
 
246 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.75 
 
 
246 aa  160  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.15 
 
 
258 aa  160  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  39.3 
 
 
256 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38 
 
 
244 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.75 
 
 
246 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.75 
 
 
246 aa  160  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
247 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.75 
 
 
246 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  38.46 
 
 
255 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
256 aa  159  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2503  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.8 
 
 
246 aa  159  3e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000353478  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 
254 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.55 
 
 
248 aa  160  3e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.35 
 
 
246 aa  159  4e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  37.21 
 
 
260 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
255 aa  159  5e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
255 aa  159  5e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.35 
 
 
246 aa  159  5e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.22 
 
 
245 aa  159  5e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05637  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_4G13550)  35.52 
 
 
262 aa  158  6e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.35699  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.35 
 
 
246 aa  159  6e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
261 aa  158  8e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29820  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  38.52 
 
 
261 aa  158  8e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.95 
 
 
246 aa  158  9e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13330  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  37.88 
 
 
263 aa  158  1e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.350601  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.1 
 
 
245 aa  158  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>