More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1678 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  518  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.96 
 
 
260 aa  293  1e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.379733  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.89 
 
 
260 aa  286  2e-76  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.43 
 
 
256 aa  286  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.48 
 
 
268 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0330322 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.77 
 
 
253 aa  285  7e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.24 
 
 
255 aa  281  6.000000000000001e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.31 
 
 
258 aa  281  9e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992918 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.98 
 
 
255 aa  275  4e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.94 
 
 
259 aa  273  3e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05637  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_4G13550)  51.18 
 
 
262 aa  270  2e-71  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.35699  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.25 
 
 
268 aa  268  4e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
256 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.25 
 
 
268 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.823141 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.3 
 
 
268 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.254321  normal  0.73895 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
284 aa  261  6.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
284 aa  261  6.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.2 
 
 
258 aa  261  8.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
284 aa  260  1e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0751  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  57.09 
 
 
269 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.76 
 
 
256 aa  255  5e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.38 
 
 
267 aa  254  1.0000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
263 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.993819  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.58 
 
 
257 aa  253  3e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
260 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0083213  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.61 
 
 
267 aa  249  4e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.223679  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1187  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
256 aa  246  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20270  beta-ketoacyl reductase  50.2 
 
 
256 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.483952 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
257 aa  246  2e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.01 
 
 
257 aa  236  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.105018 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
269 aa  235  5.0000000000000005e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490392  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02410  conserved hypothetical protein  45.1 
 
 
264 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.167898  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10306  predicted protein  48.03 
 
 
267 aa  231  1e-59  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.275208  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
258 aa  207  1e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00784  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G14540)  42.42 
 
 
281 aa  204  1e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  41.34 
 
 
259 aa  194  9e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  39.04 
 
 
260 aa  192  3e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  41.7 
 
 
267 aa  192  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
257 aa  188  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  40.78 
 
 
274 aa  187  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  41.15 
 
 
260 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  40.77 
 
 
260 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  40.77 
 
 
260 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  40.38 
 
 
260 aa  185  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
257 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  40 
 
 
260 aa  182  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
257 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61314  peroxisomal 2,4- dienoyl-CoA reductase  39.3 
 
 
269 aa  181  1e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.35804  normal  0.723211 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  42.35 
 
 
258 aa  179  4e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  40.38 
 
 
263 aa  178  5.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  38.26 
 
 
264 aa  175  5e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  40.31 
 
 
262 aa  175  5e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  39.77 
 
 
263 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
257 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  40.39 
 
 
263 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  39.54 
 
 
263 aa  168  7e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  39.54 
 
 
263 aa  168  7e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.64 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.063344  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  35.94 
 
 
267 aa  160  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
256 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
256 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  37.74 
 
 
262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08403  conserved hypothetical protein  38.08 
 
 
280 aa  153  2e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.706703  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  36.22 
 
 
256 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
257 aa  154  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  34.38 
 
 
256 aa  153  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
257 aa  152  5e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
254 aa  152  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 
266 aa  152  5e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
256 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06274  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_7G04540)  37.37 
 
 
345 aa  150  2e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0418357  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.49 
 
 
249 aa  149  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.87 
 
 
248 aa  149  5e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0426  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
253 aa  148  9e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0324644 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  35.23 
 
 
253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0419778 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
255 aa  146  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  35.32 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0345  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.65 
 
 
248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0864  short chain dehydrogenase  36.58 
 
 
253 aa  145  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1794  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.95 
 
 
257 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 
254 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  34.39 
 
 
259 aa  145  5e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 
254 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
254 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
265 aa  144  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.95 
 
 
246 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
274 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 
254 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 
254 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 
254 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
245 aa  143  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
256 aa  144  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0123285 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 
254 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1006  short chain dehydrogenase  36.05 
 
 
253 aa  142  4e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000281072 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.22 
 
 
247 aa  142  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>