More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4312 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
258 aa  528  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.38 
 
 
256 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.44 
 
 
268 aa  351  7e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0330322 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.92 
 
 
256 aa  337  8e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.53 
 
 
263 aa  331  8e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.993819  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.5 
 
 
268 aa  328  6e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.254321  normal  0.73895 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.94 
 
 
259 aa  325  3e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.89 
 
 
268 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.5 
 
 
268 aa  323  1e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.823141 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
267 aa  304  8.000000000000001e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.223679  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0751  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  65.89 
 
 
269 aa  304  8.000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.11 
 
 
267 aa  300  2e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.2 
 
 
255 aa  261  1e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.99 
 
 
256 aa  241  7e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
260 aa  236  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0083213  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 
257 aa  236  3e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.61 
 
 
255 aa  228  9e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
284 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
284 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
255 aa  223  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
284 aa  223  2e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
253 aa  221  8e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
258 aa  221  9e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992918 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
260 aa  221  9e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.41 
 
 
260 aa  220  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.379733  normal  0.717658 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05637  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_4G13550)  44.53 
 
 
262 aa  209  3e-53  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.35699  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.1 
 
 
269 aa  206  2e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490392  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02410  conserved hypothetical protein  42.29 
 
 
264 aa  205  5e-52  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.167898  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20270  beta-ketoacyl reductase  46.18 
 
 
256 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.483952 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1187  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
256 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.14 
 
 
257 aa  195  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
257 aa  190  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.105018 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10306  predicted protein  42.31 
 
 
267 aa  187  1e-46  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.275208  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00784  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G14540)  41 
 
 
281 aa  186  4e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  42.31 
 
 
260 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  41.41 
 
 
260 aa  182  6e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  38.67 
 
 
259 aa  176  4e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
258 aa  175  6e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
257 aa  175  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 
260 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 
260 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 
259 aa  170  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  40.78 
 
 
267 aa  168  6e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  39.45 
 
 
260 aa  168  8e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  37.89 
 
 
260 aa  168  9e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  39.22 
 
 
274 aa  166  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
257 aa  166  4e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  39.61 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  38.04 
 
 
258 aa  162  7e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  38.82 
 
 
264 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  38.34 
 
 
267 aa  159  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 
263 aa  159  3e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 
246 aa  159  4e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  37.94 
 
 
262 aa  156  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  38.82 
 
 
263 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  38.82 
 
 
263 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 
262 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
258 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0994  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.36 
 
 
248 aa  153  2e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.931337 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 
263 aa  152  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  37.6 
 
 
250 aa  152  5e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  36.8 
 
 
247 aa  150  1e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.31 
 
 
246 aa  150  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
255 aa  150  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.31 
 
 
247 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
246 aa  150  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
256 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
256 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  37.74 
 
 
255 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1088  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.46 
 
 
250 aa  149  4e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.885603  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.16 
 
 
255 aa  149  5e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 
254 aa  149  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
264 aa  149  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
246 aa  149  6e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 
254 aa  148  7e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
254 aa  148  7e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 
254 aa  148  7e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  36.47 
 
 
254 aa  148  7e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
246 aa  148  8e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
270 aa  148  8e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2503  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.87 
 
 
246 aa  148  9e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000353478  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.8 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.2 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.2 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.2 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.2 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.2 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.2 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5273  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.93 
 
 
260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251333 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 
254 aa  146  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 
289 aa  146  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
245 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>