More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5272 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
268 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.06 
 
 
268 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.254321  normal  0.73895 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.94 
 
 
268 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.823141 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.15 
 
 
268 aa  460  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0330322 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0751  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  82.4 
 
 
269 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.54 
 
 
256 aa  345  3e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.24 
 
 
256 aa  345  5e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.44 
 
 
259 aa  340  2e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.89 
 
 
258 aa  339  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.4 
 
 
267 aa  337  9e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.223679  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.59 
 
 
267 aa  335  5.999999999999999e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.23 
 
 
263 aa  321  8e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.993819  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.25 
 
 
255 aa  286  2.9999999999999996e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 
260 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0083213  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.46 
 
 
256 aa  255  5e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.73 
 
 
260 aa  254  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.379733  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.9 
 
 
253 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
260 aa  251  9.000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.38 
 
 
255 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.52 
 
 
255 aa  241  7.999999999999999e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.36 
 
 
258 aa  241  1e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992918 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.73 
 
 
257 aa  241  1e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05637  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_4G13550)  46.12 
 
 
262 aa  234  1.0000000000000001e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.35699  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
284 aa  228  7e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
284 aa  228  7e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
284 aa  228  1e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02410  conserved hypothetical protein  46.46 
 
 
264 aa  225  6e-58  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.167898  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20270  beta-ketoacyl reductase  48.41 
 
 
256 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.483952 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00784  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G14540)  45.11 
 
 
281 aa  220  1.9999999999999999e-56  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.51 
 
 
269 aa  219  5e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490392  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1187  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
256 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.64 
 
 
257 aa  211  1e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
257 aa  201  9e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.105018 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10306  predicted protein  40.62 
 
 
267 aa  188  1e-46  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.275208  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  41.15 
 
 
260 aa  170  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
258 aa  170  3e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 
260 aa  167  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
257 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  38.04 
 
 
259 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 
260 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  40.29 
 
 
263 aa  162  7e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06274  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_7G04540)  38.21 
 
 
345 aa  161  9e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0418357  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 
260 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 
267 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61314  peroxisomal 2,4- dienoyl-CoA reductase  34.34 
 
 
269 aa  161  1e-38  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.35804  normal  0.723211 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  41.38 
 
 
274 aa  159  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  38.7 
 
 
260 aa  158  8e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  39.15 
 
 
258 aa  157  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  37.26 
 
 
263 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
257 aa  156  4e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  36.08 
 
 
260 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  37.93 
 
 
264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  38.7 
 
 
262 aa  152  7e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  39.53 
 
 
263 aa  152  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5273  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.57 
 
 
260 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251333 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.94 
 
 
251 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
254 aa  150  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0987  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.94 
 
 
251 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3369  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.94 
 
 
251 aa  150  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.589225 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
254 aa  149  4e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
254 aa  149  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
289 aa  149  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0994  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.46 
 
 
248 aa  149  7e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.931337 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
257 aa  149  7e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.7 
 
 
246 aa  148  8e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.59964 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  37.21 
 
 
263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  37.21 
 
 
263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  37.4 
 
 
267 aa  148  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4264  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.89 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.64 
 
 
270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.13 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
263 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.08 
 
 
248 aa  145  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 
254 aa  145  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 
262 aa  145  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  37.02 
 
 
254 aa  145  5e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 
255 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 
254 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1716  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.35 
 
 
253 aa  145  6e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  37.02 
 
 
254 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  37.02 
 
 
254 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
254 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  37.02 
 
 
254 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
259 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.35 
 
 
253 aa  145  9e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1758  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.89 
 
 
255 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.828711  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 
254 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 
254 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.45 
 
 
247 aa  143  3e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3233  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.74 
 
 
253 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000782926 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
259 aa  142  4e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2202  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.96 
 
 
253 aa  142  5e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0773662  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
256 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
256 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  35.88 
 
 
254 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.31 
 
 
248 aa  142  7e-33  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  35.5 
 
 
254 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>