More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2753 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
260 aa  528  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.73 
 
 
255 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.92 
 
 
258 aa  250  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
263 aa  246  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
263 aa  239  4e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.33 
 
 
257 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.807197  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.25 
 
 
256 aa  227  1e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.777235  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.8 
 
 
251 aa  223  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
253 aa  210  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35950  putative dehydrogenase  47.31 
 
 
255 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00392824  hitchhiker  0.00000000000000176535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.57 
 
 
250 aa  208  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2794  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.31 
 
 
255 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.59 
 
 
253 aa  204  9e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
253 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
253 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.14 
 
 
249 aa  196  5.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  42.02 
 
 
261 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  41.63 
 
 
261 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
259 aa  192  3e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1568  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
301 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 
258 aa  191  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.558071 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
281 aa  190  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
253 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
253 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0981  2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase, putative  42.19 
 
 
249 aa  189  5.999999999999999e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0918  putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase  42.19 
 
 
249 aa  189  5.999999999999999e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.311873  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  38.82 
 
 
260 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1212  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.6 
 
 
253 aa  188  8e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
258 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
253 aa  186  5e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.381753  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
257 aa  186  5e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
255 aa  185  7e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
255 aa  184  8e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  40 
 
 
260 aa  182  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
259 aa  182  7e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  39.53 
 
 
260 aa  181  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 
260 aa  180  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
266 aa  180  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  38.04 
 
 
260 aa  179  5.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  38.04 
 
 
260 aa  177  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1147  short chain dehydrogenase  42.8 
 
 
261 aa  176  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  40.47 
 
 
258 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  38 
 
 
254 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
255 aa  175  5e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
257 aa  176  5e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
257 aa  175  6e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  38 
 
 
254 aa  175  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  40.24 
 
 
247 aa  174  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
257 aa  174  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  38 
 
 
254 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1263  short chain dehydrogenase  41.38 
 
 
270 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
255 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  38 
 
 
254 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  38.65 
 
 
255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  38 
 
 
254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3106  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.5 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000229278  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
272 aa  172  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.044107  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1603  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.13 
 
 
248 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000401343  decreased coverage  0.000161546 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2494  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.49 
 
 
248 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000082608  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.28 
 
 
246 aa  171  7.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2776  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.27 
 
 
248 aa  169  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  39.43 
 
 
250 aa  170  3e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1787  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 
258 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.71 
 
 
248 aa  169  3e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
264 aa  169  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2396  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.68 
 
 
248 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000542518  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2466  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.68 
 
 
248 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000110753  hitchhiker  0.00140528 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2558  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.68 
 
 
248 aa  170  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000120967  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2042  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
248 aa  169  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000691929  decreased coverage  0.00609535 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
257 aa  169  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
255 aa  169  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.46 
 
 
245 aa  169  4e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.27 
 
 
248 aa  169  5e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1088  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.02 
 
 
250 aa  169  5e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.885603  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
255 aa  168  7e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
246 aa  168  7e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
246 aa  168  9e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1448  short chain dehydrogenase  39.45 
 
 
260 aa  167  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213081  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 
245 aa  167  2e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.43 
 
 
246 aa  167  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
246 aa  167  2e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
246 aa  167  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
257 aa  166  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.74 
 
 
249 aa  167  2e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  40.8 
 
 
252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
256 aa  166  4e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.346824  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0545  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
258 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379815  normal  0.424655 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
261 aa  165  5.9999999999999996e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
262 aa  165  5.9999999999999996e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.113816  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  37.3 
 
 
254 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  37.3 
 
 
254 aa  165  8e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
254 aa  165  8e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  37.3 
 
 
254 aa  165  8e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  37.3 
 
 
254 aa  165  8e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 
258 aa  165  9e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
252 aa  164  9e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.434149 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.93 
 
 
245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>