More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1501 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 253 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.49 
 
 		 253 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.9 
 
 		 253 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1212  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  80.16 
 
 		 253 aa  391  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.17 
 
 		 253 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 		 255 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.01 
 
 		 258 aa  244  9e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 		 251 aa  235  5.0000000000000005e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.01 
 
 		 257 aa  232  4.0000000000000004e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.807197  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.25 
 
 		 256 aa  231  9e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.777235  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  44.66 
 
 		 260 aa  230  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  44.57 
 
 		 260 aa  228  7e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  44.71 
 
 		 260 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.2 
 
 		 263 aa  223  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 		 250 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  43.48 
 
 		 260 aa  221  7e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  44.27 
 
 		 260 aa  221  9e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 		 259 aa  218  5e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  45.38 
 
 		 261 aa  218  7e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 		 263 aa  218  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  42.29 
 
 		 260 aa  217  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  45.38 
 
 		 261 aa  217  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1568  short chain dehydrogenase  44.58 
 
 		 301 aa  216  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 		 258 aa  206  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.558071 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1566  short chain dehydrogenase  46.34 
 
 		 258 aa  205  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1448  short chain dehydrogenase  44.23 
 
 		 260 aa  204  8e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  45.93 
 
 		 258 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1787  short chain dehydrogenase  46.34 
 
 		 258 aa  202  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 		 260 aa  202  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1363  short chain dehydrogenase  45.97 
 
 		 258 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.737736 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 		 253 aa  201  7e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.381753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 		 253 aa  201  9e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1263  short chain dehydrogenase  46.18 
 
 		 270 aa  198  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1147  short chain dehydrogenase  47.39 
 
 		 261 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1440  short chain dehydrogenase  47.18 
 
 		 260 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0980  short chain dehydrogenase  47.18 
 
 		 260 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1462  short chain dehydrogenase  47.18 
 
 		 260 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0981  2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase, putative  43.43 
 
 		 249 aa  194  9e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0918  putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase  43.43 
 
 		 249 aa  194  9e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.311873  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4607  short chain dehydrogenase  47.58 
 
 		 260 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1387  short chain dehydrogenase  46.75 
 
 		 258 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1347  short chain dehydrogenase  46.75 
 
 		 258 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 		 249 aa  190  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0218  short chain dehydrogenase  46.15 
 
 		 259 aa  188  8e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0481209  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1115  short chain dehydrogenase  46.15 
 
 		 259 aa  188  8e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00652763  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1870  short chain dehydrogenase  46.15 
 
 		 259 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0823567  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0943  short chain dehydrogenase  46.15 
 
 		 259 aa  188  8e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1692  short chain dehydrogenase  46.15 
 
 		 259 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.749857  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1716  short chain dehydrogenase  46.15 
 
 		 259 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1557  short chain dehydrogenase  46.15 
 
 		 259 aa  188  8e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396998  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2612  short chain dehydrogenase  45.34 
 
 		 259 aa  187  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35950  putative dehydrogenase  46.4 
 
 		 255 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00392824  hitchhiker  0.00000000000000176535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2794  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.8 
 
 		 255 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 		 255 aa  185  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 		 253 aa  179  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.410014 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 		 259 aa  178  9e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 		 258 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.8 
 
 		 245 aa  174  9e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 		 249 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.201274  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 		 255 aa  172  5e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 		 255 aa  169  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 257 aa  168  7e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 		 256 aa  167  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 		 266 aa  166  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 		 281 aa  165  5.9999999999999996e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.51 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.25 
 
 		 248 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 		 265 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.68 
 
 		 248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 		 248 aa  163  3e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 		 249 aa  163  3e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.86 
 
 		 245 aa  161  1e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 		 254 aa  161  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.42 
 
 		 248 aa  160  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.33 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.25 
 
 		 246 aa  159  3e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.25 
 
 		 246 aa  159  3e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.25 
 
 		 246 aa  159  3e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.25 
 
 		 246 aa  159  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.25 
 
 		 246 aa  159  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.25 
 
 		 246 aa  159  5e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  37.6 
 
 		 254 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.59 
 
 		 246 aa  159  5e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 		 255 aa  158  6e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.15 
 
 		 247 aa  159  6e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 		 246 aa  159  6e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 		 254 aa  158  9e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 		 260 aa  158  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0856729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 		 255 aa  157  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.59 
 
 		 246 aa  157  1e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  34.4 
 
 		 256 aa  157  1e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 		 257 aa  156  2e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.86 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 		 258 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.83 
 
 		 246 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.83 
 
 		 246 aa  156  3e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.83 
 
 		 246 aa  156  3e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.33 
 
 		 245 aa  156  3e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>