More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3571 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3571  sorbitol dehydrogenase  100 
 
 		 258 aa  519  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3781  sorbitol dehydrogenase  82.75 
 
 		 257 aa  438  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.360615  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0363  sorbitol dehydrogenase  82.35 
 
 		 257 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2354  sorbitol dehydrogenase  81.96 
 
 		 257 aa  415  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4813  sorbitol dehydrogenase  80 
 
 		 257 aa  410  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1731  sorbitol dehydrogenase  78.04 
 
 		 256 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.311786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0095  sorbitol dehydrogenase  78.04 
 
 		 256 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0427  sorbitol dehydrogenase  74.51 
 
 		 256 aa  398  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal  0.619878 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4841  sorbitol dehydrogenase  67.45 
 
 		 256 aa  352  2.9999999999999997e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2906  sorbitol dehydrogenase  69.02 
 
 		 255 aa  351  5.9999999999999994e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.205438 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3850  sorbitol dehydrogenase  65.1 
 
 		 256 aa  344  8e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0638  sorbitol dehydrogenase  62.31 
 
 		 261 aa  323  1e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.122771  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0464  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.67 
 
 		 257 aa  305  7e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2646  sorbitol dehydrogenase  56.92 
 
 		 258 aa  300  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5929  sorbitol dehydrogenase  58.08 
 
 		 258 aa  300  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2514  sorbitol dehydrogenase  56.54 
 
 		 258 aa  299  3e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.449953 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0719  sorbitol dehydrogenase  56.54 
 
 		 260 aa  298  6e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000035805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0692  sorbitol dehydrogenase  58.37 
 
 		 258 aa  297  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0489  sorbitol dehydrogenase  56.11 
 
 		 260 aa  296  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.0000937678  hitchhiker  0.00159634 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1988  sorbitol dehydrogenase  56.92 
 
 		 276 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.921173  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2598  sorbitol dehydrogenase  56.92 
 
 		 276 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2622  sorbitol dehydrogenase  56.92 
 
 		 258 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.726937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0628  sorbitol dehydrogenase  56.54 
 
 		 258 aa  295  4e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0330  sorbitol dehydrogenase  56.54 
 
 		 258 aa  295  4e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.264194  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2462  sorbitol dehydrogenase  56.54 
 
 		 258 aa  295  4e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0076  sorbitol dehydrogenase  56.54 
 
 		 258 aa  295  4e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0699  sorbitol dehydrogenase  56.92 
 
 		 258 aa  295  4e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.504553 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0872  sorbitol dehydrogenase  57.59 
 
 		 258 aa  295  7e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1031  sorbitol dehydrogenase  57.59 
 
 		 258 aa  295  7e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.466971  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0868  sorbitol dehydrogenase  57.59 
 
 		 258 aa  295  7e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2147  sorbitol dehydrogenase  56.37 
 
 		 256 aa  292  3e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000207425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3247  sorbitol dehydrogenase  55.77 
 
 		 260 aa  291  5e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0320221  normal  0.626785 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3166  sorbitol dehydrogenase  52.9 
 
 		 269 aa  268  7e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138901  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0298  sorbitol dehydrogenase  51.75 
 
 		 262 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.514875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0269  sorbitol dehydrogenase  51.37 
 
 		 263 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1113  sorbitol dehydrogenase  50.76 
 
 		 262 aa  246  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 		 252 aa  202  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.167955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 		 262 aa  189  5e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0232  acetoin reductases  40.32 
 
 		 259 aa  177  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0838  acetoin reductase  39.53 
 
 		 259 aa  175  8e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.37801  normal  0.387931 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 		 275 aa  169  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 		 262 aa  168  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1091  acetoin reductase  38.55 
 
 		 268 aa  168  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2541  acetoin reductases  37.94 
 
 		 259 aa  165  8e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0776085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  37.83 
 
 		 261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0358  acetoin reductase  40.94 
 
 		 259 aa  162  6e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.110663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 		 261 aa  162  7e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 		 257 aa  161  9e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1568  short chain dehydrogenase  37.83 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2028  acetoin reductase  37.2 
 
 		 256 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2379  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.25 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.303229  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 		 260 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0856729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0903  acetoin reductase, putative  37.55 
 
 		 269 aa  158  7e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 		 246 aa  158  8e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 		 259 aa  158  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0077  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  36.65 
 
 		 260 aa  158  1e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.840544  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0093  glucose/ribitol dehydrogenase  36.22 
 
 		 259 aa  157  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 		 260 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00824711  normal  0.0431071 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2396  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  32.96 
 
 		 266 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.084933  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2778  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 		 267 aa  156  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.721857 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  34.87 
 
 		 259 aa  156  4e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0303  acetoin reductase  35.48 
 
 		 257 aa  155  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.506804  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 		 262 aa  155  7e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.138148 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  36.47 
 
 		 260 aa  155  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1148  Short-chain alcohol dehydrogenase  36.03 
 
 		 253 aa  154  1e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 		 251 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0974  acetoin reductase  35.2 
 
 		 257 aa  152  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 		 255 aa  152  7e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2111  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 		 267 aa  151  8.999999999999999e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00668393  normal  0.136098 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0117  acetoin reductase  35.71 
 
 		 258 aa  150  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0113  acetoin reductase  35.71 
 
 		 258 aa  150  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0124  acetoin reductase  38.08 
 
 		 264 aa  151  1e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.172897  normal  0.526201 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.55 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.15 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0990  acetoin reductase  34.65 
 
 		 257 aa  150  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32140  acetoin reductase family protein  33.86 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.206629 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 		 250 aa  150  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0296  acetoin reductase  36.29 
 
 		 257 aa  149  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.863325  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2068  putative L-2,3-butanediol dehydrogenase  33.33 
 
 		 261 aa  149  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000343042  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 		 250 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  39.13 
 
 		 254 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 		 269 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 257 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  39.13 
 
 		 257 aa  149  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41710  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 		 264 aa  149  6e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2257  acetoin reductase  37.05 
 
 		 262 aa  148  8e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  33.96 
 
 		 260 aa  148  8e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4068  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 		 257 aa  148  9e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.625011  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 		 248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1263  short chain dehydrogenase  39.81 
 
 		 270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 		 247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.585241  normal  0.0114993 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 		 257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 		 257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0789  acetoin reductases  37.84 
 
 		 264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.867312  normal  0.657499 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4158  acetoin reductase  36.29 
 
 		 257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 		 257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 		 257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>