More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1417 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1490  extracellular solute-binding protein family 5  58.35 
 
 		 555 aa  640    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.758744 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2463  twin-arginine translocation pathway signal  58.65 
 
 		 555 aa  639    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.31086  hitchhiker  0.000559828 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1417  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 555 aa  1150    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.628959  normal  0.153951 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  57.79 
 
 		 543 aa  639    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  57.25 
 
 		 543 aa  635    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3049  twin-arginine translocation pathway signal  53.43 
 
 		 554 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2703  ABC dipeptide transporter, periplasmic binding protein  57.86 
 
 		 501 aa  559  1e-158  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.22446  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2062  twin-arginine translocation pathway signal  51.32 
 
 		 550 aa  537  1e-151  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.511061  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  36.53 
 
 		 555 aa  340  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 		 525 aa  162  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 520 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 		 529 aa  158  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  29.41 
 
 		 522 aa  157  5.0000000000000005e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  27.4 
 
 		 523 aa  156  8e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  26.31 
 
 		 513 aa  150  8e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  27.27 
 
 		 527 aa  147  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  25.91 
 
 		 554 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  25.37 
 
 		 529 aa  147  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 		 561 aa  147  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.87 
 
 		 554 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  27.15 
 
 		 535 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 535 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 535 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  27.54 
 
 		 538 aa  141  3.9999999999999997e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 529 aa  140  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  26.74 
 
 		 518 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 		 550 aa  137  7.000000000000001e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 		 527 aa  136  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 		 539 aa  134  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 494 aa  133  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 512 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  25.6 
 
 		 532 aa  126  9e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  27.57 
 
 		 540 aa  125  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  25.69 
 
 		 496 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 509 aa  124  4e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 		 540 aa  124  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 492 aa  123  8e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  26.41 
 
 		 516 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  25.76 
 
 		 538 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  27.02 
 
 		 513 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  25.33 
 
 		 545 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 519 aa  122  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 519 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.71 
 
 		 538 aa  121  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  27.02 
 
 		 513 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.52 
 
 		 526 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.05 
 
 		 545 aa  120  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  24.52 
 
 		 526 aa  120  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  24.08 
 
 		 537 aa  120  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 		 538 aa  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 		 544 aa  118  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 		 515 aa  118  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.79 
 
 		 516 aa  117  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 		 493 aa  117  6.9999999999999995e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  25.95 
 
 		 528 aa  115  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.31 
 
 		 508 aa  114  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  27.03 
 
 		 534 aa  114  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 		 536 aa  113  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 		 535 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  26.68 
 
 		 535 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 517 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  24.48 
 
 		 511 aa  111  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  24.22 
 
 		 535 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 534 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.95 
 
 		 510 aa  111  4.0000000000000004e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 517 aa  110  9.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 		 534 aa  110  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  25.29 
 
 		 538 aa  108  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  25.78 
 
 		 513 aa  108  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  26.12 
 
 		 532 aa  108  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  25.6 
 
 		 506 aa  108  3e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  26.12 
 
 		 532 aa  107  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  24.58 
 
 		 536 aa  107  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 		 529 aa  107  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0077  extracellular solute-binding protein family 5  24.34 
 
 		 501 aa  107  8e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  24.2 
 
 		 534 aa  106  9e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  24.51 
 
 		 518 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.17 
 
 		 524 aa  105  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  24.62 
 
 		 513 aa  105  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 		 489 aa  104  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 		 537 aa  104  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  25.81 
 
 		 509 aa  104  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  24.95 
 
 		 495 aa  104  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  28.34 
 
 		 516 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  27.22 
 
 		 550 aa  103  7e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  25.55 
 
 		 502 aa  103  8e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 509 aa  103  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  27.03 
 
 		 532 aa  103  9e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  24.59 
 
 		 554 aa  102  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 526 aa  101  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.17 
 
 		 532 aa  101  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 530 aa  101  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  26.01 
 
 		 527 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 527 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  26.01 
 
 		 527 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0139  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 502 aa  100  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.184027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3049  extracellular solute-binding protein family 5  24.15 
 
 		 503 aa  100  6e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  25.68 
 
 		 537 aa  100  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  25.17 
 
 		 532 aa  100  9e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4354  extracellular solute-binding protein family 5  24.64 
 
 		 497 aa  99.8  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148655  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>