More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2843 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  95.33 
 
 
535 aa  1064    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  94.95 
 
 
535 aa  1062    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
535 aa  1106    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  62.4 
 
 
534 aa  625  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  62.4 
 
 
534 aa  622  1e-177  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  62.4 
 
 
534 aa  624  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  41.7 
 
 
522 aa  400  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  41.18 
 
 
519 aa  383  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  40 
 
 
520 aa  366  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  40.64 
 
 
518 aa  364  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  38.77 
 
 
525 aa  359  8e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  37.84 
 
 
512 aa  339  7e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  40.76 
 
 
526 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  39.17 
 
 
529 aa  334  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  38.27 
 
 
513 aa  332  8e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  37.48 
 
 
527 aa  332  1e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  38.86 
 
 
529 aa  332  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  37.76 
 
 
496 aa  329  9e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  40.61 
 
 
529 aa  328  2.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  37.48 
 
 
511 aa  327  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  37.35 
 
 
529 aa  324  3e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  36.86 
 
 
540 aa  299  8e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  37.15 
 
 
545 aa  296  8e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  36.96 
 
 
545 aa  294  3e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  34.81 
 
 
509 aa  285  2.0000000000000002e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  36.01 
 
 
527 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  36.01 
 
 
527 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  36.01 
 
 
527 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  35.87 
 
 
537 aa  284  3.0000000000000004e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 
519 aa  284  3.0000000000000004e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  34.05 
 
 
537 aa  279  8e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  34.72 
 
 
536 aa  278  1e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  35.5 
 
 
535 aa  279  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 
539 aa  278  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  34.85 
 
 
527 aa  274  3e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  35.91 
 
 
540 aa  274  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  34.85 
 
 
527 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  36.26 
 
 
537 aa  272  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  33.7 
 
 
538 aa  272  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  35.2 
 
 
527 aa  271  2.9999999999999997e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.01 
 
 
526 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  34.79 
 
 
536 aa  268  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  35.25 
 
 
535 aa  268  2.9999999999999995e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  34.02 
 
 
538 aa  267  4e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  33.98 
 
 
536 aa  264  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  35.39 
 
 
513 aa  264  3e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  33.06 
 
 
516 aa  206  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 
515 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.85 
 
 
516 aa  188  2e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  28.6 
 
 
532 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  28.71 
 
 
513 aa  182  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  28.9 
 
 
533 aa  176  9.999999999999999e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  30.39 
 
 
538 aa  174  3.9999999999999995e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
517 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  27.92 
 
 
502 aa  165  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 
543 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  26.4 
 
 
555 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  28.99 
 
 
543 aa  157  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.37 
 
 
513 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  28.37 
 
 
538 aa  155  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  26.33 
 
 
554 aa  152  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 
517 aa  152  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 
517 aa  151  3e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 
561 aa  150  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 
526 aa  150  5e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  28.15 
 
 
499 aa  150  6e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 
523 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 
524 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
535 aa  147  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.24 
 
 
554 aa  145  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 
493 aa  142  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1417  twin-arginine translocation pathway signal  27.69 
 
 
555 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.628959  normal  0.153951 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 
517 aa  141  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  28.63 
 
 
514 aa  141  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3508  extracellular solute-binding protein family 5  27.67 
 
 
508 aa  140  3.9999999999999997e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0424359 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0112  extracellular solute-binding protein family 5  28.02 
 
 
524 aa  139  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.214652  normal  0.175509 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  27.27 
 
 
514 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 
534 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2769  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 
507 aa  137  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.12042  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 
527 aa  137  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  29.22 
 
 
551 aa  137  6.0000000000000005e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  27.92 
 
 
512 aa  137  7.000000000000001e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  27.84 
 
 
495 aa  136  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 
492 aa  135  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  27.93 
 
 
505 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 
550 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  27.63 
 
 
503 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  26.94 
 
 
519 aa  135  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1490  extracellular solute-binding protein family 5  27.34 
 
 
555 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.758744 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  27.93 
 
 
509 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 
535 aa  134  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  25.78 
 
 
521 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5357  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  27.66 
 
 
502 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0991682  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3737  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 
517 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3756  putative peptide ABC transporter, substrate- binding protein  25.67 
 
 
514 aa  132  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0279615  normal  0.332846 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3126  extracellular solute-binding protein  28.15 
 
 
510 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  28.2 
 
 
538 aa  131  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2463  twin-arginine translocation pathway signal  26.6 
 
 
555 aa  131  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.31086  hitchhiker  0.000559828 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  25.78 
 
 
521 aa  131  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.78 
 
 
521 aa  131  4.0000000000000003e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>