More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0810 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  67.29 
 
 		 494 aa  669    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 489 aa  998    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  62.05 
 
 		 492 aa  597  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  58.49 
 
 		 493 aa  568  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  50.41 
 
 		 492 aa  485  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  50.94 
 
 		 492 aa  478  1e-133  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.06 
 
 		 479 aa  477  1e-133  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  48.29 
 
 		 495 aa  444  1e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  45.33 
 
 		 508 aa  432  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  44.35 
 
 		 509 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0816  extracellular solute-binding protein family 5  46.84 
 
 		 496 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0887  extracellular solute-binding protein  46.84 
 
 		 496 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.545524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4354  extracellular solute-binding protein family 5  45.84 
 
 		 497 aa  411  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148655  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6472  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  45.99 
 
 		 495 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.149439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5441  extracellular solute-binding protein  46.19 
 
 		 497 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.876365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0139  extracellular solute-binding protein  45.44 
 
 		 502 aa  408  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.184027  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4355  extracellular solute-binding protein family 5  45.74 
 
 		 495 aa  403  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0355555  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  43.43 
 
 		 508 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3049  extracellular solute-binding protein family 5  41.1 
 
 		 503 aa  333  4e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0077  extracellular solute-binding protein family 5  39.3 
 
 		 501 aa  308  1.0000000000000001e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26350  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  37.31 
 
 		 526 aa  306  6e-82  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.228589 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2795  extracellular solute-binding protein family 5  37.5 
 
 		 499 aa  292  8e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.730452 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  35.71 
 
 		 506 aa  282  7.000000000000001e-75  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2769  extracellular solute-binding protein  34.02 
 
 		 507 aa  279  8e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.12042  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05920  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  33.55 
 
 		 507 aa  264  3e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0728022 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0459  extracellular solute-binding protein  34.22 
 
 		 504 aa  261  2e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.435025  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0919  dipeptide ABC transporter periplasmic protein  29.18 
 
 		 539 aa  211  2e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.654123  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  31.37 
 
 		 541 aa  210  6e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 		 522 aa  210  6e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1058  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 		 563 aa  203  6e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.271211 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1933  extracellular solute-binding protein family 5  29.36 
 
 		 505 aa  202  9.999999999999999e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.22177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  31.08 
 
 		 520 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.98 
 
 		 538 aa  197  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  32.3 
 
 		 512 aa  197  3e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  32.3 
 
 		 512 aa  197  3e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  32.3 
 
 		 512 aa  197  3e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  33.48 
 
 		 510 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 		 510 aa  192  8e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  30.26 
 
 		 531 aa  189  9e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0387  extracellular solute-binding protein family 5  27.55 
 
 		 503 aa  189  1e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000219856  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  32.24 
 
 		 510 aa  188  2e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 		 538 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3508  extracellular solute-binding protein family 5  31.04 
 
 		 508 aa  185  2.0000000000000003e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0424359 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  30.41 
 
 		 509 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4405  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 532 aa  184  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3842  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 		 568 aa  183  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0450891  normal  0.108057 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 		 515 aa  183  8.000000000000001e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  32.21 
 
 		 511 aa  182  1e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  33.25 
 
 		 532 aa  182  1e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  30.82 
 
 		 520 aa  182  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  29.58 
 
 		 535 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  29.58 
 
 		 535 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  29.58 
 
 		 535 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  29.58 
 
 		 535 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  28.71 
 
 		 546 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  29.58 
 
 		 535 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  29.58 
 
 		 535 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  29.58 
 
 		 535 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  29.58 
 
 		 535 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 		 528 aa  179  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  30 
 
 		 505 aa  179  9e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  29.71 
 
 		 503 aa  177  4e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  29.7 
 
 		 521 aa  177  5e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 		 503 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 505 aa  176  8e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  29.4 
 
 		 512 aa  176  9.999999999999999e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  30.85 
 
 		 529 aa  176  9.999999999999999e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0067  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 		 542 aa  176  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  31 
 
 		 516 aa  175  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  30.26 
 
 		 524 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 		 539 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0845  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 		 532 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  32.38 
 
 		 495 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0329  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 		 531 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.889875  normal  0.0616043 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  32.06 
 
 		 509 aa  174  5e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 		 527 aa  173  6.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 		 559 aa  173  6.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1224  extracellular solute-binding protein family 5  28.7 
 
 		 544 aa  173  6.999999999999999e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0137957 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  31.86 
 
 		 517 aa  173  7.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  29.37 
 
 		 516 aa  172  2e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  30.98 
 
 		 531 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  27.43 
 
 		 504 aa  171  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 506 aa  171  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 520 aa  171  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  28.72 
 
 		 495 aa  171  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  27.49 
 
 		 540 aa  171  4e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 519 aa  170  4e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 540 aa  170  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  32.82 
 
 		 523 aa  171  4e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  28.09 
 
 		 533 aa  170  6e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 		 528 aa  170  7e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  29.83 
 
 		 514 aa  169  9e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  30.02 
 
 		 512 aa  169  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  32.1 
 
 		 522 aa  169  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  29.98 
 
 		 535 aa  169  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4444  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 		 517 aa  169  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.300506  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  32.44 
 
 		 544 aa  168  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  28.85 
 
 		 534 aa  168  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 		 535 aa  168  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  29.72 
 
 		 565 aa  168  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>