More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4285 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 530 aa  1091    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  52.48 
 
 		 533 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  51.35 
 
 		 532 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  54.2 
 
 		 539 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  51.78 
 
 		 530 aa  571  1.0000000000000001e-162  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  53.47 
 
 		 531 aa  559  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  37.84 
 
 		 529 aa  342  7e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  37.45 
 
 		 529 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  36.17 
 
 		 529 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  36.45 
 
 		 534 aa  311  2e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  34.73 
 
 		 520 aa  310  5.9999999999999995e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  36.48 
 
 		 532 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  35.52 
 
 		 516 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.21 
 
 		 539 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  37.15 
 
 		 544 aa  301  1e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  34.22 
 
 		 515 aa  301  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  35.91 
 
 		 524 aa  298  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  34.46 
 
 		 528 aa  294  2e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  35.71 
 
 		 534 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.2 
 
 		 534 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  38.66 
 
 		 544 aa  290  3e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  35.22 
 
 		 516 aa  289  8e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  35.74 
 
 		 524 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  33.4 
 
 		 536 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  32.31 
 
 		 527 aa  285  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  34 
 
 		 534 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  35.7 
 
 		 495 aa  276  8e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  32.38 
 
 		 517 aa  276  8e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.16 
 
 		 531 aa  275  2.0000000000000002e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  33.4 
 
 		 558 aa  272  9e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  33.53 
 
 		 542 aa  272  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  31.45 
 
 		 535 aa  270  4e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  32.51 
 
 		 544 aa  268  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  30.46 
 
 		 534 aa  267  2.9999999999999995e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 		 522 aa  266  8e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  32.42 
 
 		 522 aa  266  8.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  30.66 
 
 		 535 aa  264  3e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  33.39 
 
 		 537 aa  252  1e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  34.32 
 
 		 537 aa  251  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  32.46 
 
 		 527 aa  247  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  31.63 
 
 		 532 aa  241  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.02 
 
 		 529 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  32.96 
 
 		 536 aa  239  8e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  33.53 
 
 		 528 aa  239  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  32.14 
 
 		 531 aa  235  1.0000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  29.91 
 
 		 560 aa  232  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  32.69 
 
 		 531 aa  229  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  32.51 
 
 		 534 aa  229  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 		 538 aa  229  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  31.09 
 
 		 538 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 		 538 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  31.26 
 
 		 533 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  29.79 
 
 		 538 aa  225  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  30.21 
 
 		 535 aa  213  7e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  32.34 
 
 		 535 aa  213  9e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  31.47 
 
 		 533 aa  210  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 		 521 aa  205  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  27.9 
 
 		 565 aa  179  2e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  28.04 
 
 		 555 aa  177  6e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  28.35 
 
 		 546 aa  177  6e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  31.05 
 
 		 510 aa  177  6e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  31.57 
 
 		 515 aa  174  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  28.74 
 
 		 540 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.86 
 
 		 510 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 		 538 aa  174  5e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  27.84 
 
 		 516 aa  172  1e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.27 
 
 		 538 aa  171  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  29.11 
 
 		 563 aa  171  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  27.79 
 
 		 551 aa  171  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  30.29 
 
 		 512 aa  171  4e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  30.29 
 
 		 512 aa  171  4e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  30.29 
 
 		 512 aa  171  4e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  31.11 
 
 		 553 aa  170  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  31.35 
 
 		 510 aa  170  6e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  29.43 
 
 		 516 aa  168  2e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9144  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.31 
 
 		 507 aa  167  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.215146  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  27.81 
 
 		 541 aa  167  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  27.92 
 
 		 576 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.14 
 
 		 511 aa  161  2e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  29.19 
 
 		 519 aa  160  4e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5088  extracellular solute-binding protein family 5  29.29 
 
 		 553 aa  160  5e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.416607 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 500 aa  160  8e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.49 
 
 		 540 aa  159  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  30.16 
 
 		 532 aa  158  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  29.68 
 
 		 517 aa  157  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.51 
 
 		 527 aa  156  7e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.92 
 
 		 529 aa  156  1e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.16 
 
 		 528 aa  155  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 		 540 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.72 
 
 		 529 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 		 526 aa  154  4e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  30.15 
 
 		 523 aa  154  4e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  28.72 
 
 		 514 aa  154  5e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0212  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 		 538 aa  153  7e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0260102  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 		 511 aa  153  7e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  27.35 
 
 		 540 aa  153  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 		 529 aa  153  8.999999999999999e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  26.43 
 
 		 502 aa  153  8.999999999999999e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  27.35 
 
 		 540 aa  153  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.37 
 
 		 528 aa  153  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>