More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0132 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  84.02 
 
 		 533 aa  947    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 532 aa  1083    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  66.54 
 
 		 539 aa  735    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  59.36 
 
 		 531 aa  628  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  56.46 
 
 		 530 aa  623  1e-177  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  51.35 
 
 		 530 aa  572  1.0000000000000001e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  40.54 
 
 		 529 aa  365  1e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  39.85 
 
 		 529 aa  362  1e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  38.24 
 
 		 529 aa  350  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  36.14 
 
 		 542 aa  315  1.9999999999999998e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  35.9 
 
 		 520 aa  310  4e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.2 
 
 		 539 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  38.49 
 
 		 534 aa  302  9e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  35.06 
 
 		 534 aa  302  1e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  37.62 
 
 		 544 aa  300  3e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  35.89 
 
 		 524 aa  300  4e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.24 
 
 		 534 aa  298  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  35.95 
 
 		 522 aa  294  2e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  34.89 
 
 		 516 aa  288  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  35.67 
 
 		 528 aa  288  2e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  35.31 
 
 		 517 aa  288  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  36.79 
 
 		 516 aa  287  4e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  35.51 
 
 		 534 aa  286  9e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.61 
 
 		 531 aa  286  9e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  36.17 
 
 		 544 aa  283  7.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  34.63 
 
 		 527 aa  282  9e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  34.88 
 
 		 522 aa  278  1e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  35.74 
 
 		 532 aa  278  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  34.1 
 
 		 536 aa  278  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  34.36 
 
 		 495 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  32.6 
 
 		 535 aa  275  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  37.7 
 
 		 524 aa  274  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  36.9 
 
 		 544 aa  274  3e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  35.14 
 
 		 537 aa  271  1e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  31.64 
 
 		 535 aa  272  1e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  32.01 
 
 		 534 aa  271  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  34.51 
 
 		 558 aa  269  8e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  35.33 
 
 		 537 aa  268  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.34 
 
 		 532 aa  266  5.999999999999999e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  34.83 
 
 		 515 aa  263  6e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  33.2 
 
 		 560 aa  260  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  33.27 
 
 		 536 aa  259  9e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  34.98 
 
 		 527 aa  256  6e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  36 
 
 		 531 aa  256  8e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.33 
 
 		 529 aa  256  9e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  34.33 
 
 		 538 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  33.67 
 
 		 533 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  33.73 
 
 		 538 aa  250  5e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  34.33 
 
 		 538 aa  249  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  33.93 
 
 		 538 aa  247  3e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  34.26 
 
 		 533 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  31.84 
 
 		 534 aa  227  4e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 		 531 aa  223  4.9999999999999996e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  35.03 
 
 		 528 aa  223  7e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 		 535 aa  206  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  28.46 
 
 		 540 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.58 
 
 		 511 aa  196  7e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 		 551 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 		 555 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  28.43 
 
 		 546 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.6 
 
 		 528 aa  178  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.33 
 
 		 527 aa  178  3e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 		 538 aa  177  3e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9144  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.85 
 
 		 507 aa  177  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.215146  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  29.57 
 
 		 535 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  28.22 
 
 		 576 aa  177  6e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  28.28 
 
 		 528 aa  176  7e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  28.28 
 
 		 528 aa  176  7e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.54 
 
 		 538 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.63 
 
 		 528 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.6 
 
 		 529 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.57 
 
 		 511 aa  174  5e-42  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.04 
 
 		 529 aa  173  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.91 
 
 		 528 aa  173  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  29.82 
 
 		 553 aa  173  6.999999999999999e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.73 
 
 		 528 aa  172  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  30.18 
 
 		 505 aa  172  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.28 
 
 		 510 aa  170  5e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 529 aa  170  6e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5088  extracellular solute-binding protein family 5  29.75 
 
 		 553 aa  169  9e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.416607 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0207  extracellular solute-binding protein  29.79 
 
 		 567 aa  168  2.9999999999999998e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  30 
 
 		 509 aa  167  5e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  29.38 
 
 		 503 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 		 526 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  29.62 
 
 		 575 aa  166  8e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  29.38 
 
 		 503 aa  166  9e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  29.56 
 
 		 493 aa  165  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.51 
 
 		 511 aa  165  2.0000000000000002e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.41 
 
 		 575 aa  164  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  29.2 
 
 		 555 aa  164  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0265  oligopeptide-binding protein OppA  29.88 
 
 		 566 aa  163  6e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0247  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein, putative  29.67 
 
 		 567 aa  162  9e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.460021  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.99 
 
 		 575 aa  162  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  29.94 
 
 		 510 aa  162  2e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  30.27 
 
 		 510 aa  161  3e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  27.69 
 
 		 508 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 		 515 aa  160  5e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.98 
 
 		 511 aa  159  1e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  28.11 
 
 		 575 aa  159  1e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 565 aa  159  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>