More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1152 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  89.57 
 
 		 538 aa  998    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  95.17 
 
 		 538 aa  1055    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  62.97 
 
 		 533 aa  685    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 538 aa  1103    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  93.87 
 
 		 538 aa  1040    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  58.72 
 
 		 534 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  52.12 
 
 		 528 aa  534  1e-150  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  43.47 
 
 		 537 aa  431  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  42.38 
 
 		 537 aa  427  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  42.48 
 
 		 536 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  43 
 
 		 533 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  37.7 
 
 		 544 aa  318  1e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  37.23 
 
 		 524 aa  313  5.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  35.31 
 
 		 544 aa  300  3e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  35.85 
 
 		 560 aa  280  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  35.94 
 
 		 535 aa  281  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  34.36 
 
 		 544 aa  280  4e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  33.95 
 
 		 535 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  34.88 
 
 		 495 aa  279  7e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  35.96 
 
 		 558 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.77 
 
 		 539 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  34.97 
 
 		 534 aa  275  2.0000000000000002e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  33.58 
 
 		 534 aa  273  6e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.21 
 
 		 534 aa  273  8.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  32.27 
 
 		 528 aa  272  1e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  34.77 
 
 		 520 aa  272  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  34.71 
 
 		 542 aa  261  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  34.33 
 
 		 532 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  35.47 
 
 		 533 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  31.28 
 
 		 532 aa  256  7e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  35.15 
 
 		 531 aa  254  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 		 530 aa  254  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  31.54 
 
 		 529 aa  254  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  33.73 
 
 		 524 aa  253  6e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  34.09 
 
 		 529 aa  253  6e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  32.94 
 
 		 516 aa  248  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  34.27 
 
 		 532 aa  248  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  32.65 
 
 		 527 aa  246  6.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 		 536 aa  244  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  30.58 
 
 		 529 aa  243  9e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 		 534 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  31.49 
 
 		 515 aa  240  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  33.21 
 
 		 531 aa  238  1e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  31.75 
 
 		 517 aa  238  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  33.72 
 
 		 522 aa  238  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  32.19 
 
 		 516 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 		 539 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  34.7 
 
 		 522 aa  234  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 		 527 aa  233  6e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  34.06 
 
 		 531 aa  231  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 		 530 aa  229  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.6 
 
 		 529 aa  227  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  32.59 
 
 		 531 aa  226  7e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  29.36 
 
 		 535 aa  219  8.999999999999998e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 		 535 aa  217  4e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 534 aa  214  2.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  32.6 
 
 		 546 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  30.36 
 
 		 540 aa  176  7e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.76 
 
 		 538 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 		 538 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  28.63 
 
 		 541 aa  162  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  30.63 
 
 		 539 aa  161  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  28.63 
 
 		 565 aa  159  8e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  31.52 
 
 		 553 aa  158  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 521 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  29.6 
 
 		 534 aa  158  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  29.81 
 
 		 533 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  31.12 
 
 		 540 aa  157  6e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4682  extracellular solute-binding protein family 5  32.5 
 
 		 532 aa  156  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  29.23 
 
 		 524 aa  155  2e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.71 
 
 		 529 aa  155  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  28.73 
 
 		 559 aa  155  2.9999999999999998e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.71 
 
 		 528 aa  153  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.56 
 
 		 528 aa  152  1e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  30.14 
 
 		 551 aa  152  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.71 
 
 		 528 aa  152  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.71 
 
 		 528 aa  152  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.71 
 
 		 528 aa  152  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.71 
 
 		 528 aa  152  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.71 
 
 		 529 aa  151  3e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  32.29 
 
 		 493 aa  151  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  27.5 
 
 		 529 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4796  extracellular solute-binding protein family 5  31.92 
 
 		 532 aa  148  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.478428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1611  extracellular solute-binding protein  35.08 
 
 		 259 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.03 
 
 		 556 aa  144  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  30.46 
 
 		 529 aa  143  7e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  24.89 
 
 		 516 aa  143  8e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 		 555 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  29.9 
 
 		 520 aa  141  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 		 517 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 		 492 aa  140  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2497  extracellular solute-binding protein family 5  29.95 
 
 		 528 aa  140  6e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0778602 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4236  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 530 aa  140  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.978762  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0409  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.66 
 
 		 527 aa  139  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  30.33 
 
 		 494 aa  139  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0352  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.66 
 
 		 527 aa  139  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5947  extracellular solute-binding protein family 5  27.31 
 
 		 521 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.281116  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.03 
 
 		 492 aa  138  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4056  periplasmic dipeptide transport protein  26.67 
 
 		 535 aa  138  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4075  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.67 
 
 		 535 aa  138  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>