More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7181 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  60.54 
 
 		 534 aa  641    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  64.13 
 
 		 520 aa  674    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  100 
 
 		 542 aa  1103    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  55.09 
 
 		 544 aa  585  1e-166  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  54.8 
 
 		 524 aa  569  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  53.77 
 
 		 528 aa  568  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  52.37 
 
 		 532 aa  556  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  51.79 
 
 		 534 aa  547  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.18 
 
 		 534 aa  536  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.33 
 
 		 539 aa  533  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  50.1 
 
 		 527 aa  522  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.38 
 
 		 529 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  46.69 
 
 		 531 aa  478  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  47.9 
 
 		 531 aa  466  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  45.18 
 
 		 544 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  44.63 
 
 		 544 aa  434  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  43.76 
 
 		 524 aa  429  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  44.69 
 
 		 531 aa  431  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  44.53 
 
 		 532 aa  428  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  43.2 
 
 		 560 aa  420  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  43.97 
 
 		 495 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  39.69 
 
 		 558 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  39.62 
 
 		 529 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  39.5 
 
 		 529 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  39.46 
 
 		 529 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  36.23 
 
 		 535 aa  352  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  36.14 
 
 		 536 aa  348  1e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  40.27 
 
 		 537 aa  339  9e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  36.38 
 
 		 535 aa  336  5e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  39.59 
 
 		 537 aa  334  3e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  36.27 
 
 		 534 aa  332  1e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  37.15 
 
 		 522 aa  320  3e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  35.61 
 
 		 522 aa  320  3.9999999999999996e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  38.05 
 
 		 517 aa  320  6e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  36.55 
 
 		 527 aa  319  9e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  38.39 
 
 		 536 aa  319  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  38.63 
 
 		 515 aa  318  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  36.14 
 
 		 532 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  36.6 
 
 		 535 aa  314  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  38.27 
 
 		 516 aa  313  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  35.54 
 
 		 533 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  37.5 
 
 		 534 aa  307  3e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  39.32 
 
 		 539 aa  307  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  39.33 
 
 		 533 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  35.62 
 
 		 533 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  34.73 
 
 		 516 aa  296  5e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  35.66 
 
 		 528 aa  294  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  35.35 
 
 		 530 aa  294  3e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  34.06 
 
 		 534 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  35.22 
 
 		 531 aa  276  6e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  33.53 
 
 		 530 aa  275  1.0000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  35.69 
 
 		 538 aa  274  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  36.38 
 
 		 538 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  35.62 
 
 		 538 aa  270  7e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  33.91 
 
 		 535 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  34.71 
 
 		 538 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  32.47 
 
 		 546 aa  226  7e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  31.97 
 
 		 551 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  31.68 
 
 		 538 aa  220  5e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  33.68 
 
 		 538 aa  217  4e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1611  extracellular solute-binding protein  44 
 
 		 259 aa  217  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  30.57 
 
 		 540 aa  213  7e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  32.36 
 
 		 509 aa  204  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  31.4 
 
 		 533 aa  200  6e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  31.91 
 
 		 559 aa  196  1e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  30.58 
 
 		 534 aa  194  4e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  31.16 
 
 		 540 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  30.82 
 
 		 508 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  31.57 
 
 		 539 aa  189  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  31.79 
 
 		 492 aa  188  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.58 
 
 		 492 aa  186  8e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  30.72 
 
 		 493 aa  186  8e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.58 
 
 		 479 aa  186  1.0000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.79 
 
 		 508 aa  186  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  28.07 
 
 		 519 aa  185  2.0000000000000003e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  30.91 
 
 		 565 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  33.18 
 
 		 509 aa  184  3e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  32.13 
 
 		 524 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31 
 
 		 527 aa  183  9.000000000000001e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  30.65 
 
 		 510 aa  182  9.000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  30.72 
 
 		 515 aa  180  5.999999999999999e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05920  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.02 
 
 		 507 aa  179  2e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0728022 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  30.88 
 
 		 553 aa  178  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 555 aa  179  2e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.82 
 
 		 510 aa  177  4e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.45 
 
 		 540 aa  176  7e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.01 
 
 		 511 aa  176  8e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  30.35 
 
 		 521 aa  176  9e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 		 512 aa  176  9e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 		 512 aa  176  9e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 		 512 aa  176  9e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  27.82 
 
 		 541 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 494 aa  173  6.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.32 
 
 		 529 aa  172  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.09 
 
 		 528 aa  172  1e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.09 
 
 		 528 aa  172  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  29.79 
 
 		 563 aa  171  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.3 
 
 		 545 aa  171  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  30.08 
 
 		 576 aa  172  2e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.92 
 
 		 556 aa  171  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>