More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3490 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  86.2 
 
 		 529 aa  972    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  87.33 
 
 		 529 aa  986    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 529 aa  1097    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  50.29 
 
 		 516 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  46.98 
 
 		 522 aa  514  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  49.5 
 
 		 527 aa  511  1e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  48.35 
 
 		 515 aa  508  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  48.61 
 
 		 522 aa  507  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  50.2 
 
 		 516 aa  499  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  50.2 
 
 		 534 aa  486  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  49.6 
 
 		 517 aa  484  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  44.65 
 
 		 535 aa  472  1e-132  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 		 535 aa  474  1e-132  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  43.66 
 
 		 534 aa  466  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  40.5 
 
 		 536 aa  415  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  40.55 
 
 		 544 aa  376  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  40.59 
 
 		 542 aa  370  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  40.19 
 
 		 527 aa  372  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  39.17 
 
 		 544 aa  371  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  36.65 
 
 		 528 aa  367  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  37.12 
 
 		 534 aa  368  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  38.73 
 
 		 558 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  38.39 
 
 		 520 aa  363  4e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  39.2 
 
 		 524 aa  362  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  41.83 
 
 		 524 aa  361  2e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  38.07 
 
 		 532 aa  358  9.999999999999999e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  39.81 
 
 		 534 aa  358  1.9999999999999998e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  38.48 
 
 		 533 aa  356  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.6 
 
 		 534 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.49 
 
 		 539 aa  351  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  38.24 
 
 		 532 aa  350  4e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  40.08 
 
 		 495 aa  350  5e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  39.28 
 
 		 539 aa  343  4e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  37.84 
 
 		 530 aa  342  7e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  39.32 
 
 		 544 aa  339  8e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  37.45 
 
 		 531 aa  333  5e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.63 
 
 		 529 aa  327  5e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  37.43 
 
 		 531 aa  323  7e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  35.81 
 
 		 531 aa  312  7.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  35.1 
 
 		 530 aa  303  3.0000000000000004e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  36.72 
 
 		 531 aa  303  7.000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  35.65 
 
 		 537 aa  295  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  35.91 
 
 		 537 aa  294  3e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  35.05 
 
 		 536 aa  286  5e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  34.9 
 
 		 560 aa  282  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  33.61 
 
 		 533 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  34.23 
 
 		 533 aa  270  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  34.67 
 
 		 538 aa  263  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  33.61 
 
 		 534 aa  259  6e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  33.2 
 
 		 532 aa  255  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  33.84 
 
 		 538 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  33.4 
 
 		 535 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1611  extracellular solute-binding protein  54.34 
 
 		 259 aa  255  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  33.92 
 
 		 528 aa  252  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  34.09 
 
 		 538 aa  250  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  34.29 
 
 		 538 aa  249  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  32.82 
 
 		 535 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1614  putative solute-binding transport protein (periplasmic)  40 
 
 		 289 aa  236  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.147333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  30.78 
 
 		 546 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  29.72 
 
 		 538 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 		 540 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.44 
 
 		 538 aa  220  3.9999999999999997e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  30.63 
 
 		 502 aa  211  4e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  30.1 
 
 		 534 aa  208  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  30.14 
 
 		 551 aa  205  1e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  29.71 
 
 		 533 aa  206  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  29.7 
 
 		 505 aa  199  7e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 		 559 aa  197  5.000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  28.24 
 
 		 540 aa  190  5.999999999999999e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  32.34 
 
 		 528 aa  189  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  30.85 
 
 		 531 aa  187  4e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.42 
 
 		 528 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.42 
 
 		 528 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  29.28 
 
 		 541 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  31.24 
 
 		 515 aa  185  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.13 
 
 		 532 aa  185  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.51 
 
 		 529 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 		 539 aa  183  6e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  29.22 
 
 		 528 aa  183  9.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  29.22 
 
 		 528 aa  183  9.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  30.16 
 
 		 510 aa  182  1e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.03 
 
 		 528 aa  182  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  30.16 
 
 		 510 aa  182  2e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 		 529 aa  182  2e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  28.08 
 
 		 508 aa  182  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.1 
 
 		 529 aa  181  4e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  29.12 
 
 		 520 aa  180  4.999999999999999e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  29.61 
 
 		 509 aa  180  4.999999999999999e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30.33 
 
 		 520 aa  179  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  30 
 
 		 516 aa  179  1e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.63 
 
 		 528 aa  179  1e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  30.87 
 
 		 524 aa  178  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 		 521 aa  176  7e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.62 
 
 		 508 aa  176  8e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  29.45 
 
 		 503 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  29.57 
 
 		 534 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.56 
 
 		 527 aa  174  2.9999999999999996e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  29.52 
 
 		 535 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  29.04 
 
 		 503 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.75 
 
 		 540 aa  173  5.999999999999999e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>