More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2014 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  64.66 
 
 		 533 aa  714    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 534 aa  1091    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  58.32 
 
 		 538 aa  635    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  58.5 
 
 		 538 aa  636    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  59.18 
 
 		 538 aa  649    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  59.07 
 
 		 538 aa  641    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  55.02 
 
 		 528 aa  560  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  47.19 
 
 		 537 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  46.33 
 
 		 537 aa  462  1e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  44.26 
 
 		 536 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  44.27 
 
 		 533 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  41.45 
 
 		 524 aa  360  4e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  42.26 
 
 		 544 aa  348  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  39.29 
 
 		 544 aa  327  3e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.13 
 
 		 539 aa  327  5e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  38.14 
 
 		 558 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  39.28 
 
 		 495 aa  318  1e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  37.57 
 
 		 544 aa  318  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  38.24 
 
 		 542 aa  317  4e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  36.64 
 
 		 532 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  38.81 
 
 		 524 aa  313  3.9999999999999997e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.07 
 
 		 534 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  37.84 
 
 		 534 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  38.39 
 
 		 534 aa  303  4.0000000000000003e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  35.83 
 
 		 560 aa  301  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  35.78 
 
 		 528 aa  296  8e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  33.4 
 
 		 535 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  36.26 
 
 		 532 aa  291  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  36.46 
 
 		 520 aa  289  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 		 536 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  33.64 
 
 		 535 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  37.5 
 
 		 527 aa  281  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.63 
 
 		 529 aa  278  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  34.67 
 
 		 516 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  35.29 
 
 		 515 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  32.49 
 
 		 535 aa  271  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 		 535 aa  268  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  33.14 
 
 		 529 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  33.27 
 
 		 529 aa  264  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  34.78 
 
 		 516 aa  261  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.58 
 
 		 531 aa  261  3e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  32.56 
 
 		 529 aa  260  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  35.75 
 
 		 531 aa  256  9e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 		 534 aa  256  9e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  31.1 
 
 		 527 aa  254  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  33.4 
 
 		 530 aa  254  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  33.99 
 
 		 534 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  33.98 
 
 		 531 aa  248  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  33.02 
 
 		 517 aa  247  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  33.2 
 
 		 522 aa  244  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  32.69 
 
 		 530 aa  244  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 		 532 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  33.4 
 
 		 522 aa  238  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  32.21 
 
 		 533 aa  237  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  33.02 
 
 		 539 aa  233  5e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  31.86 
 
 		 531 aa  233  6e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  31.15 
 
 		 540 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  30.08 
 
 		 546 aa  192  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 		 538 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 		 559 aa  190  5e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  29.54 
 
 		 541 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  32.64 
 
 		 553 aa  178  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.86 
 
 		 538 aa  177  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 		 540 aa  172  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  30.04 
 
 		 534 aa  171  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 		 521 aa  170  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 		 555 aa  170  6e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1611  extracellular solute-binding protein  35.6 
 
 		 259 aa  168  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 539 aa  169  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  31.72 
 
 		 493 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.09 
 
 		 516 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0365  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  30.39 
 
 		 521 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.19 
 
 		 556 aa  163  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  28.45 
 
 		 533 aa  163  7e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  28.04 
 
 		 541 aa  159  8e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 512 aa  159  1e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 		 580 aa  158  2e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2795  extracellular solute-binding protein family 5  33.24 
 
 		 499 aa  159  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.730452 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 551 aa  158  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  27.17 
 
 		 542 aa  156  9e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  27.88 
 
 		 565 aa  156  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1356  extracellular solute-binding protein family 5  29.3 
 
 		 596 aa  155  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  29.18 
 
 		 519 aa  155  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.6 
 
 		 529 aa  153  7e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.6 
 
 		 529 aa  153  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  25.27 
 
 		 528 aa  152  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.27 
 
 		 528 aa  152  1e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  25.27 
 
 		 528 aa  152  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  28.12 
 
 		 534 aa  152  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.02 
 
 		 508 aa  152  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 529 aa  152  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.69 
 
 		 528 aa  152  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  31.52 
 
 		 492 aa  152  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  29.65 
 
 		 538 aa  152  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  26.76 
 
 		 502 aa  152  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.27 
 
 		 528 aa  151  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.27 
 
 		 528 aa  151  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 		 517 aa  150  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  27.81 
 
 		 517 aa  150  6e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0077  extracellular solute-binding protein family 5  31.95 
 
 		 501 aa  149  9e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>