More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3082 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 535 aa  1090    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  55.89 
 
 		 535 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  37.7 
 
 		 524 aa  325  2e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.53 
 
 		 539 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  35.69 
 
 		 537 aa  301  3e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  34.94 
 
 		 537 aa  291  2e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  36.02 
 
 		 536 aa  290  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  35.51 
 
 		 544 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  34.39 
 
 		 532 aa  279  9e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  37.23 
 
 		 520 aa  277  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  35.23 
 
 		 538 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  34.86 
 
 		 538 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  33.84 
 
 		 528 aa  277  3e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  35.41 
 
 		 538 aa  277  4e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  31.9 
 
 		 533 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  34.31 
 
 		 544 aa  275  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.37 
 
 		 534 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  35.25 
 
 		 534 aa  274  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  34.71 
 
 		 534 aa  273  4.0000000000000004e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  34.86 
 
 		 538 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  37.17 
 
 		 544 aa  271  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  34.97 
 
 		 495 aa  271  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  35.88 
 
 		 558 aa  269  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  34.36 
 
 		 542 aa  266  5.999999999999999e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  33.13 
 
 		 534 aa  265  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  35.53 
 
 		 515 aa  265  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  35.29 
 
 		 533 aa  263  8e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  33.27 
 
 		 528 aa  260  5.0000000000000005e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  35.02 
 
 		 516 aa  250  5e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  33.65 
 
 		 560 aa  246  6e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  31.89 
 
 		 529 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  34.36 
 
 		 524 aa  244  3e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  33.69 
 
 		 527 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  33.91 
 
 		 522 aa  243  7.999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  32.82 
 
 		 529 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  31.14 
 
 		 529 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  33.93 
 
 		 516 aa  240  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  32.77 
 
 		 527 aa  239  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  30.52 
 
 		 531 aa  235  1.0000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  32.63 
 
 		 532 aa  235  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  31.75 
 
 		 531 aa  233  5e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  32.66 
 
 		 522 aa  229  7e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  32.82 
 
 		 534 aa  227  4e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.87 
 
 		 529 aa  227  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 		 517 aa  224  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  32.42 
 
 		 531 aa  222  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 		 535 aa  222  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 		 535 aa  217  4e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  28.11 
 
 		 536 aa  216  8e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 		 534 aa  215  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  30.21 
 
 		 530 aa  213  7e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.92 
 
 		 556 aa  194  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  30.84 
 
 		 539 aa  182  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 		 532 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 530 aa  174  5e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  28.51 
 
 		 533 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 531 aa  164  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  26.87 
 
 		 546 aa  150  8e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  26.51 
 
 		 510 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 		 529 aa  148  3e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 538 aa  147  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 539 aa  147  6e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 		 555 aa  146  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.79 
 
 		 529 aa  145  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  26.3 
 
 		 540 aa  146  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.27 
 
 		 528 aa  143  9e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.47 
 
 		 528 aa  143  9e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.27 
 
 		 528 aa  143  9e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1571  4-phytase  27.06 
 
 		 510 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.624152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.1 
 
 		 528 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 		 489 aa  141  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 551 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  26.52 
 
 		 533 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.08 
 
 		 541 aa  140  6e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1611  extracellular solute-binding protein  35.41 
 
 		 259 aa  140  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 588 aa  138  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.68 
 
 		 528 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.96 
 
 		 510 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.68 
 
 		 529 aa  138  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  26.96 
 
 		 534 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 494 aa  137  5e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.93 
 
 		 540 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  25.35 
 
 		 576 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.12 
 
 		 528 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  25.9 
 
 		 551 aa  135  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 565 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  26.19 
 
 		 580 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  26.19 
 
 		 580 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.81 
 
 		 538 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 540 aa  135  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.38 
 
 		 534 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  27.86 
 
 		 535 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  26.68 
 
 		 513 aa  131  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 526 aa  131  4.0000000000000003e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.98 
 
 		 516 aa  130  7.000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  27.2 
 
 		 524 aa  130  9.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0328  extracellular solute-binding protein family 5  27.62 
 
 		 540 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  24.51 
 
 		 581 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 		 493 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0785  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0600833  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>