More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1611 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1611  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 259 aa  533  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  73.33 
 
 		 535 aa  379  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  79.82 
 
 		 534 aa  378  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  80.93 
 
 		 535 aa  377  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  68.1 
 
 		 527 aa  320  9.999999999999999e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  51.84 
 
 		 516 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  53.14 
 
 		 515 aa  269  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  54.47 
 
 		 534 aa  265  5e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  50.98 
 
 		 529 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  53.78 
 
 		 516 aa  257  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  51.82 
 
 		 517 aa  257  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  52.61 
 
 		 522 aa  257  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  53.16 
 
 		 529 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  54.34 
 
 		 529 aa  255  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  53.81 
 
 		 522 aa  250  1e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  50.89 
 
 		 544 aa  244  9e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  52.25 
 
 		 544 aa  240  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  46.69 
 
 		 536 aa  239  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  48.43 
 
 		 534 aa  226  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  44.53 
 
 		 532 aa  225  6e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  46.03 
 
 		 528 aa  225  7e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.09 
 
 		 534 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  45.58 
 
 		 524 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  45.54 
 
 		 558 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.22 
 
 		 539 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  43.09 
 
 		 527 aa  210  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  44.26 
 
 		 520 aa  209  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  41.8 
 
 		 542 aa  210  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  44.58 
 
 		 534 aa  209  3e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  47.77 
 
 		 524 aa  202  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.85 
 
 		 529 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  40.96 
 
 		 531 aa  186  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  41.49 
 
 		 560 aa  186  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  41.86 
 
 		 544 aa  185  5e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  43.2 
 
 		 495 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  39.81 
 
 		 532 aa  169  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  42.01 
 
 		 531 aa  164  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  40.44 
 
 		 531 aa  159  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  36.44 
 
 		 534 aa  156  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  34.93 
 
 		 511 aa  155  6e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  35.66 
 
 		 533 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  38.35 
 
 		 537 aa  150  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  37.6 
 
 		 537 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  36.59 
 
 		 534 aa  149  4e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  37.4 
 
 		 536 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  34.96 
 
 		 502 aa  147  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  36.1 
 
 		 533 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  34.68 
 
 		 538 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  34.44 
 
 		 530 aa  143  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  35.61 
 
 		 538 aa  142  5e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  37.6 
 
 		 535 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  35.08 
 
 		 538 aa  142  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  35.96 
 
 		 538 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  34.68 
 
 		 538 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  34.68 
 
 		 538 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  35.41 
 
 		 535 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  35.93 
 
 		 546 aa  140  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  34.25 
 
 		 532 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  34.13 
 
 		 533 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  35.53 
 
 		 520 aa  137  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  33.17 
 
 		 539 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  35.15 
 
 		 494 aa  136  4e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  35.47 
 
 		 539 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  32.11 
 
 		 559 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  37.44 
 
 		 533 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  38.02 
 
 		 520 aa  129  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 		 521 aa  129  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  32.45 
 
 		 584 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  35.82 
 
 		 540 aa  128  7.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  34.63 
 
 		 540 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  33.61 
 
 		 526 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  32.58 
 
 		 565 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  33.33 
 
 		 495 aa  126  3e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  31.08 
 
 		 551 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  34.26 
 
 		 508 aa  125  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  36.67 
 
 		 526 aa  125  7e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1663  extracellular solute-binding protein family 5  33.61 
 
 		 578 aa  125  7e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0397427  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  35.64 
 
 		 510 aa  124  1e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  34.83 
 
 		 508 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  33.61 
 
 		 528 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5088  extracellular solute-binding protein family 5  33.48 
 
 		 553 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.416607 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  37.19 
 
 		 535 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  32.72 
 
 		 493 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  33.58 
 
 		 541 aa  123  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  37.1 
 
 		 519 aa  123  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2592  extracellular solute-binding protein family 5  32.56 
 
 		 573 aa  122  5e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  36.76 
 
 		 509 aa  122  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  33.63 
 
 		 516 aa  122  7e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  32.54 
 
 		 563 aa  122  8e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  35.32 
 
 		 534 aa  121  9e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.7 
 
 		 540 aa  121  9e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2795  extracellular solute-binding protein family 5  33.05 
 
 		 499 aa  121  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.730452 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1867  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.78 
 
 		 542 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  33.48 
 
 		 531 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0365  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  32.03 
 
 		 521 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  32.16 
 
 		 505 aa  120  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1578  extracellular solute-binding protein  36.22 
 
 		 595 aa  120  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.259952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  36.46 
 
 		 516 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  30.57 
 
 		 521 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  31.51 
 
 		 531 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>