More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2644 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  72.01 
 
 		 538 aa  799    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 533 aa  1100    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  71.54 
 
 		 540 aa  780    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  58.71 
 
 		 540 aa  659    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  71.32 
 
 		 538 aa  795    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  67.3 
 
 		 546 aa  740    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  95.13 
 
 		 534 aa  1028    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  64.5 
 
 		 539 aa  721    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  51.53 
 
 		 565 aa  576  1.0000000000000001e-163  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  53.37 
 
 		 576 aa  572  1.0000000000000001e-162  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  52.07 
 
 		 563 aa  547  1e-154  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  49.2 
 
 		 551 aa  481  1e-134  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0094  extracellular solute-binding protein  35.74 
 
 		 498 aa  375  1e-102  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  38.42 
 
 		 559 aa  339  9e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1902  extracellular solute-binding protein family 5  34.92 
 
 		 501 aa  322  9.999999999999999e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1565  oligopeptide-binding protein, putative  45.61 
 
 		 381 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.306093  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  32.45 
 
 		 509 aa  274  3e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  31.52 
 
 		 526 aa  268  1e-70  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  32.33 
 
 		 508 aa  262  8.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  33.54 
 
 		 553 aa  254  3e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.56 
 
 		 511 aa  248  2e-64  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  30.5 
 
 		 557 aa  247  4e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1621  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.28 
 
 		 594 aa  245  1.9999999999999999e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3058  extracellular solute-binding protein family 5  32.99 
 
 		 554 aa  240  4e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104524 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0599  extracellular solute-binding protein family 5  31.39 
 
 		 619 aa  239  9e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.300607 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  29 
 
 		 555 aa  238  1e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.68 
 
 		 505 aa  237  4e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0947  extracellular solute-binding protein family 5  31.59 
 
 		 622 aa  236  8e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0567  extracellular solute-binding protein  30.1 
 
 		 608 aa  236  1.0000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  32.54 
 
 		 524 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 		 544 aa  231  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2770  extracellular solute-binding protein  30.37 
 
 		 618 aa  229  7e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000172881  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.46 
 
 		 511 aa  229  9e-59  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2152  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 527 aa  229  1e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000101547  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  29.29 
 
 		 510 aa  229  1e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0691  extracellular solute-binding protein family 5  30.34 
 
 		 600 aa  228  3e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0614  extracellular solute-binding protein family 5  30.16 
 
 		 593 aa  227  4e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.459899  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0585  extracellular solute-binding protein family 5  29.53 
 
 		 628 aa  227  5.0000000000000005e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.952367  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  30 
 
 		 518 aa  226  6e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.14 
 
 		 511 aa  226  6e-58  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.69 
 
 		 511 aa  225  1e-57  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  31.5 
 
 		 502 aa  225  1e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1765  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.24 
 
 		 596 aa  222  9.999999999999999e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.220703  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  30.67 
 
 		 532 aa  222  1.9999999999999999e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  30.9 
 
 		 544 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.49 
 
 		 511 aa  220  6e-56  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  31.29 
 
 		 524 aa  219  7.999999999999999e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  32.58 
 
 		 544 aa  219  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  30.74 
 
 		 529 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  30.33 
 
 		 544 aa  218  2e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.46 
 
 		 510 aa  218  2.9999999999999998e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  30.17 
 
 		 534 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  31.47 
 
 		 520 aa  214  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  30.83 
 
 		 509 aa  214  4.9999999999999996e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  32.98 
 
 		 528 aa  213  5.999999999999999e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  31.57 
 
 		 520 aa  212  1e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0725  extracellular solute-binding protein  31.13 
 
 		 556 aa  211  3e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0520  extracellular solute-binding protein family 5  28.33 
 
 		 545 aa  209  1e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  32.35 
 
 		 495 aa  208  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  31.1 
 
 		 520 aa  207  5e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.45 
 
 		 534 aa  207  5e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 		 521 aa  207  5e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  29.33 
 
 		 529 aa  206  8e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  30.17 
 
 		 535 aa  206  9e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.84 
 
 		 556 aa  206  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 		 529 aa  205  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0937  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 		 586 aa  205  2e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  29.81 
 
 		 528 aa  204  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 575 aa  204  3e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0320  extracellular solute-binding protein  31.61 
 
 		 556 aa  204  4e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.144423 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  30.72 
 
 		 536 aa  204  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0477  extracellular solute-binding protein family 5  27.13 
 
 		 573 aa  203  5e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1578  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 		 595 aa  204  5e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.259952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 535 aa  203  5e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2555  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, oligopeptide/dipeptide-binding protein  27.61 
 
 		 580 aa  203  6e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.98 
 
 		 529 aa  203  7e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2258  solute-binding family 5 protein  27.61 
 
 		 579 aa  203  7e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  29.46 
 
 		 555 aa  202  9e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  29.46 
 
 		 575 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.46 
 
 		 575 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 		 575 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  29.25 
 
 		 575 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  28.22 
 
 		 521 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  28.22 
 
 		 521 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  29.6 
 
 		 517 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.22 
 
 		 521 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  28.22 
 
 		 521 aa  202  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  30.24 
 
 		 532 aa  202  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  29.84 
 
 		 541 aa  202  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  28.22 
 
 		 521 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 		 528 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  30.12 
 
 		 544 aa  201  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.27 
 
 		 575 aa  201  3e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0404  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  28.85 
 
 		 562 aa  201  3.9999999999999996e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.195292  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  29.42 
 
 		 559 aa  200  5e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  28.01 
 
 		 580 aa  200  6e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  31.4 
 
 		 542 aa  199  7e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  30.02 
 
 		 510 aa  199  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2758  extracellular solute-binding protein family 5  27.47 
 
 		 524 aa  198  2.0000000000000003e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  30.26 
 
 		 517 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>