More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2918 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 538 aa  1102    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  91.06 
 
 		 538 aa  1007    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  94.98 
 
 		 538 aa  1048    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  93.87 
 
 		 538 aa  1039    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  63.91 
 
 		 533 aa  689    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  59.07 
 
 		 534 aa  617  1e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  52.5 
 
 		 528 aa  535  1e-150  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  43.23 
 
 		 536 aa  430  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  42.57 
 
 		 537 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  42.72 
 
 		 537 aa  426  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  43.2 
 
 		 533 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  38.21 
 
 		 524 aa  320  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 		 544 aa  315  1.9999999999999998e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  35.5 
 
 		 544 aa  300  6e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  35.66 
 
 		 560 aa  286  8e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  35.76 
 
 		 495 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 		 544 aa  282  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  34.86 
 
 		 535 aa  281  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.33 
 
 		 539 aa  279  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  33.9 
 
 		 535 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  35.15 
 
 		 520 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  34.97 
 
 		 534 aa  274  3e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  34.26 
 
 		 534 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  33.95 
 
 		 558 aa  273  7e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  32.45 
 
 		 528 aa  270  5e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  36.48 
 
 		 542 aa  268  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  33.84 
 
 		 530 aa  268  2e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  34.67 
 
 		 529 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.21 
 
 		 534 aa  266  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  33.47 
 
 		 529 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  35.44 
 
 		 531 aa  259  6e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  34.32 
 
 		 516 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  34.33 
 
 		 532 aa  254  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  31.1 
 
 		 532 aa  253  7e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  35.68 
 
 		 533 aa  253  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  31.35 
 
 		 529 aa  251  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  34.61 
 
 		 524 aa  249  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  32.44 
 
 		 515 aa  249  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  33.93 
 
 		 532 aa  249  8e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 		 517 aa  249  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  33.73 
 
 		 534 aa  246  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  32.1 
 
 		 536 aa  243  7e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  33.72 
 
 		 522 aa  243  7.999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  32.46 
 
 		 527 aa  242  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  32.76 
 
 		 516 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  30.6 
 
 		 527 aa  238  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  34.09 
 
 		 522 aa  238  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  33.4 
 
 		 539 aa  237  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  34.06 
 
 		 531 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  32.37 
 
 		 531 aa  236  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.6 
 
 		 529 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  32.79 
 
 		 531 aa  230  4e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 		 530 aa  229  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 		 535 aa  226  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 		 535 aa  223  8e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 		 534 aa  220  3.9999999999999997e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  31.96 
 
 		 546 aa  188  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.18 
 
 		 538 aa  171  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  29.51 
 
 		 540 aa  171  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 538 aa  168  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  30.19 
 
 		 533 aa  163  7e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  29.81 
 
 		 534 aa  163  9e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  28.83 
 
 		 565 aa  161  3e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 521 aa  161  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  31.04 
 
 		 553 aa  161  3e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 		 559 aa  157  4e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.39 
 
 		 541 aa  157  6e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  32.52 
 
 		 493 aa  155  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4682  extracellular solute-binding protein family 5  32.3 
 
 		 532 aa  153  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  29.87 
 
 		 540 aa  152  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  29.01 
 
 		 524 aa  151  2e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 539 aa  151  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  29.71 
 
 		 520 aa  148  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.67 
 
 		 529 aa  147  6e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 		 551 aa  145  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.67 
 
 		 528 aa  145  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.82 
 
 		 528 aa  145  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.67 
 
 		 528 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.67 
 
 		 528 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4796  extracellular solute-binding protein family 5  31.25 
 
 		 532 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.478428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1611  extracellular solute-binding protein  34.68 
 
 		 259 aa  144  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.82 
 
 		 528 aa  144  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4236  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 		 530 aa  144  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.978762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.82 
 
 		 528 aa  144  4e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.67 
 
 		 529 aa  144  6e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  26.48 
 
 		 503 aa  143  7e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 503 aa  143  8e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.67 
 
 		 556 aa  143  9e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.38 
 
 		 516 aa  143  9.999999999999999e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0352  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.58 
 
 		 527 aa  142  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0409  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.58 
 
 		 527 aa  142  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5947  extracellular solute-binding protein family 5  27.31 
 
 		 521 aa  142  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.281116  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 		 517 aa  142  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3431  extracellular solute-binding protein  28.15 
 
 		 531 aa  141  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000878954 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4559  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.83 
 
 		 530 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 529 aa  141  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  28.22 
 
 		 555 aa  140  4.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 		 494 aa  138  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2505  extracellular solute-binding protein family 5  28.21 
 
 		 531 aa  138  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  25.32 
 
 		 535 aa  137  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>