More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1041 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 538 aa  1102    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  95.17 
 
 		 538 aa  1055    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  63.35 
 
 		 533 aa  684    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  94.98 
 
 		 538 aa  1048    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  89.76 
 
 		 538 aa  996    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  58.54 
 
 		 534 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  52.31 
 
 		 528 aa  533  1e-150  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  43.28 
 
 		 537 aa  434  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  42.75 
 
 		 537 aa  433  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  42.11 
 
 		 536 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  42.6 
 
 		 533 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  37.1 
 
 		 544 aa  316  6e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  37.82 
 
 		 524 aa  314  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  36.09 
 
 		 544 aa  306  7e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  36.2 
 
 		 495 aa  290  6e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  35.47 
 
 		 560 aa  281  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  35.75 
 
 		 535 aa  281  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  35.8 
 
 		 534 aa  278  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  34.36 
 
 		 544 aa  277  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  33.95 
 
 		 535 aa  277  4e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  35.76 
 
 		 558 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.33 
 
 		 539 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  32.27 
 
 		 528 aa  270  5.9999999999999995e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  35.86 
 
 		 520 aa  270  5.9999999999999995e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  33.77 
 
 		 534 aa  268  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.33 
 
 		 542 aa  266  8.999999999999999e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.02 
 
 		 534 aa  263  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 		 531 aa  262  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  34.29 
 
 		 530 aa  261  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  33.81 
 
 		 529 aa  259  6e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  33.84 
 
 		 529 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  33.73 
 
 		 524 aa  257  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  37.2 
 
 		 533 aa  257  4e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  34.12 
 
 		 516 aa  253  7e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  34.33 
 
 		 532 aa  251  3e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  34.21 
 
 		 532 aa  250  4e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  30.91 
 
 		 532 aa  248  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  32.51 
 
 		 517 aa  247  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  31.09 
 
 		 529 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  34.49 
 
 		 522 aa  244  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  31.68 
 
 		 515 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  32.48 
 
 		 536 aa  243  9e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  33.53 
 
 		 534 aa  242  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  32.27 
 
 		 527 aa  239  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  32.57 
 
 		 516 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  34.29 
 
 		 522 aa  237  5.0000000000000005e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  33.14 
 
 		 531 aa  235  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  34.65 
 
 		 531 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.2 
 
 		 529 aa  234  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  30.09 
 
 		 527 aa  233  6e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 		 539 aa  233  8.000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 		 530 aa  230  5e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  33.76 
 
 		 531 aa  228  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  29.16 
 
 		 535 aa  216  7e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 		 535 aa  216  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 534 aa  213  7.999999999999999e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  31.95 
 
 		 546 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.76 
 
 		 538 aa  176  9e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  32.34 
 
 		 538 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  29.65 
 
 		 540 aa  173  7.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.7 
 
 		 541 aa  171  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  31.49 
 
 		 540 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  31.11 
 
 		 553 aa  160  4e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  29 
 
 		 565 aa  159  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 		 559 aa  159  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 		 521 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  29.42 
 
 		 534 aa  158  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  29.98 
 
 		 533 aa  158  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  29.54 
 
 		 539 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 		 551 aa  155  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.29 
 
 		 529 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  29.01 
 
 		 524 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  32.07 
 
 		 493 aa  153  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.14 
 
 		 528 aa  152  1e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.92 
 
 		 528 aa  152  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.77 
 
 		 528 aa  152  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.2 
 
 		 528 aa  152  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.77 
 
 		 528 aa  152  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.2 
 
 		 528 aa  152  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.2 
 
 		 529 aa  151  3e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4682  extracellular solute-binding protein family 5  31.93 
 
 		 532 aa  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 529 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4236  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 		 530 aa  147  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.978762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  29.9 
 
 		 520 aa  145  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1611  extracellular solute-binding protein  34.68 
 
 		 259 aa  144  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.8 
 
 		 556 aa  144  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4559  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.44 
 
 		 530 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4796  extracellular solute-binding protein family 5  31.36 
 
 		 532 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.478428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  30.56 
 
 		 529 aa  141  3.9999999999999997e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 503 aa  140  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 555 aa  140  7e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  25.56 
 
 		 503 aa  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 		 492 aa  139  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  26.82 
 
 		 535 aa  138  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0409  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.49 
 
 		 527 aa  138  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.51 
 
 		 516 aa  139  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2497  extracellular solute-binding protein family 5  30.05 
 
 		 528 aa  138  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0778602 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0352  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.49 
 
 		 527 aa  138  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 538 aa  138  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 		 517 aa  138  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.13157 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>