More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5235 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  62.37 
 
 		 534 aa  652    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 522 aa  1065    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  63.14 
 
 		 515 aa  654    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  62.78 
 
 		 516 aa  659    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  61.8 
 
 		 516 aa  669    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  90.8 
 
 		 522 aa  979    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  56.44 
 
 		 517 aa  580  1e-164  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  48.3 
 
 		 529 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  50.49 
 
 		 527 aa  520  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  48.3 
 
 		 529 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  46.98 
 
 		 529 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  47.75 
 
 		 535 aa  482  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  45.98 
 
 		 535 aa  483  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  47.13 
 
 		 534 aa  480  1e-134  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  37.4 
 
 		 536 aa  365  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  39.21 
 
 		 544 aa  349  9e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.53 
 
 		 539 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  36.92 
 
 		 524 aa  329  6e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  36.27 
 
 		 534 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  37.63 
 
 		 495 aa  318  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  36.9 
 
 		 520 aa  318  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  35.17 
 
 		 558 aa  317  3e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  36.47 
 
 		 542 aa  317  3e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 		 544 aa  317  3e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.48 
 
 		 534 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  35.96 
 
 		 528 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  35.69 
 
 		 534 aa  311  1e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  35.53 
 
 		 533 aa  309  9e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  35.95 
 
 		 532 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.04 
 
 		 529 aa  293  7e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  35.02 
 
 		 544 aa  291  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  35.41 
 
 		 532 aa  289  7e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  35.23 
 
 		 524 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  36.27 
 
 		 539 aa  286  5e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  33.33 
 
 		 527 aa  279  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  36.84 
 
 		 537 aa  276  7e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  33.52 
 
 		 531 aa  275  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  34.88 
 
 		 537 aa  270  4e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  34.67 
 
 		 536 aa  266  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  32.42 
 
 		 530 aa  266  8.999999999999999e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  32.18 
 
 		 530 aa  262  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  33.98 
 
 		 533 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  33.86 
 
 		 560 aa  261  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1611  extracellular solute-binding protein  52.61 
 
 		 259 aa  257  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 		 531 aa  256  8e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  34.7 
 
 		 533 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  33.79 
 
 		 531 aa  250  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  34.39 
 
 		 535 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  33.91 
 
 		 535 aa  243  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  31.73 
 
 		 531 aa  242  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1614  putative solute-binding transport protein (periplasmic)  41.43 
 
 		 289 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.147333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  33.82 
 
 		 534 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  34.49 
 
 		 538 aa  239  9e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  34.49 
 
 		 538 aa  237  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  33.72 
 
 		 538 aa  237  4e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  33.72 
 
 		 538 aa  233  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  32.4 
 
 		 532 aa  231  3e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  33.99 
 
 		 528 aa  226  8e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  31.25 
 
 		 502 aa  219  7.999999999999999e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  32.91 
 
 		 510 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 		 555 aa  196  6e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  28.63 
 
 		 546 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  30.39 
 
 		 505 aa  191  4e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  31.1 
 
 		 510 aa  189  8e-47  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  27.77 
 
 		 495 aa  187  3e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  29.33 
 
 		 513 aa  184  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  31.43 
 
 		 524 aa  184  3e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  30.71 
 
 		 513 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 551 aa  183  8.000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  30.67 
 
 		 513 aa  182  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0785  extracellular solute-binding protein  31.42 
 
 		 512 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0600833  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 		 521 aa  181  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.31 
 
 		 538 aa  181  4e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  30.85 
 
 		 531 aa  178  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  30.39 
 
 		 520 aa  178  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  29.42 
 
 		 519 aa  177  5e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  29.16 
 
 		 516 aa  177  6e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  27.73 
 
 		 544 aa  176  7e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  29.86 
 
 		 516 aa  176  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  29.33 
 
 		 518 aa  176  9e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  31.97 
 
 		 508 aa  176  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  27.73 
 
 		 544 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  28.01 
 
 		 540 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  30.29 
 
 		 517 aa  174  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 538 aa  173  7.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30.06 
 
 		 520 aa  172  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 		 493 aa  172  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.58 
 
 		 527 aa  171  2e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  30.69 
 
 		 512 aa  170  5e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  27.22 
 
 		 533 aa  170  6e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  29.63 
 
 		 534 aa  169  8e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 		 515 aa  169  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  31.29 
 
 		 528 aa  169  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  28.19 
 
 		 541 aa  169  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  27.85 
 
 		 534 aa  169  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  29.04 
 
 		 526 aa  166  9e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.07 
 
 		 532 aa  166  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  29.07 
 
 		 535 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.29 
 
 		 511 aa  165  1.0000000000000001e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  29.24 
 
 		 520 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>