More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2972 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 535 aa  1087    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  55.89 
 
 		 535 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 537 aa  319  9e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.32 
 
 		 539 aa  316  8e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  36.42 
 
 		 542 aa  312  9e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  35.67 
 
 		 537 aa  310  4e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  35.8 
 
 		 528 aa  303  4.0000000000000003e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  34.63 
 
 		 533 aa  303  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  34.44 
 
 		 524 aa  300  6e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.74 
 
 		 534 aa  299  9e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  34.94 
 
 		 536 aa  298  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  35.37 
 
 		 534 aa  297  4e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  33.46 
 
 		 532 aa  293  6e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  34.85 
 
 		 528 aa  293  6e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  35.38 
 
 		 520 aa  291  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  33.71 
 
 		 544 aa  288  1e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  34.14 
 
 		 538 aa  283  5.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 		 534 aa  282  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  32.9 
 
 		 527 aa  280  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  33.15 
 
 		 534 aa  280  5e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  34.66 
 
 		 533 aa  278  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  33.95 
 
 		 538 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  33.9 
 
 		 538 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  33.95 
 
 		 538 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  33.06 
 
 		 495 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  34.2 
 
 		 544 aa  275  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  33.01 
 
 		 544 aa  273  7e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  32.54 
 
 		 524 aa  265  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  32.04 
 
 		 558 aa  263  4e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  33.4 
 
 		 529 aa  260  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  32.34 
 
 		 527 aa  258  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  33.92 
 
 		 529 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  32.76 
 
 		 515 aa  256  6e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  34.88 
 
 		 532 aa  256  7e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  33.27 
 
 		 531 aa  254  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  30.47 
 
 		 536 aa  253  8.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  33.39 
 
 		 560 aa  251  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  30.48 
 
 		 535 aa  250  6e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  34.39 
 
 		 522 aa  245  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  33.4 
 
 		 529 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  30.63 
 
 		 535 aa  241  2e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 534 aa  240  5e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  32.85 
 
 		 522 aa  240  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  32.33 
 
 		 516 aa  237  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  32.04 
 
 		 516 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.61 
 
 		 529 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.53 
 
 		 531 aa  233  5e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  32.18 
 
 		 534 aa  231  3e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  31.98 
 
 		 517 aa  219  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 531 aa  218  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  32.54 
 
 		 530 aa  216  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 		 532 aa  209  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  29.11 
 
 		 533 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  29.76 
 
 		 530 aa  195  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 		 531 aa  179  8e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 		 539 aa  177  5e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 559 aa  158  3e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 		 529 aa  157  6e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.61 
 
 		 556 aa  156  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 		 521 aa  155  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  28.85 
 
 		 531 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.12 
 
 		 529 aa  152  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  26.14 
 
 		 540 aa  151  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.02 
 
 		 541 aa  151  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.96 
 
 		 528 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.96 
 
 		 528 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.25 
 
 		 510 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  25.9 
 
 		 576 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  26.03 
 
 		 546 aa  147  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.56 
 
 		 528 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.16 
 
 		 528 aa  146  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.56 
 
 		 528 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1611  extracellular solute-binding protein  37.6 
 
 		 259 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 555 aa  146  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.16 
 
 		 528 aa  145  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.73 
 
 		 529 aa  145  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.15 
 
 		 540 aa  142  9.999999999999999e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1356  extracellular solute-binding protein family 5  27.88 
 
 		 596 aa  138  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5088  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 553 aa  139  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.416607 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 551 aa  138  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.81 
 
 		 534 aa  138  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  26.5 
 
 		 534 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 538 aa  137  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1189  4-phytase  27.17 
 
 		 523 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  31.99 
 
 		 517 aa  135  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  26.45 
 
 		 533 aa  135  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0567  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.06 
 
 		 592 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0112  extracellular solute-binding protein  27.7 
 
 		 506 aa  134  5e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.876976  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.5 
 
 		 538 aa  134  6e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  25.3 
 
 		 509 aa  133  6.999999999999999e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 519 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 492 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0892  extracellular solute-binding protein  28.03 
 
 		 596 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  27.54 
 
 		 512 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 510 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  25.36 
 
 		 524 aa  131  3e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  27.35 
 
 		 560 aa  131  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 517 aa  130  5.0000000000000004e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  26.86 
 
 		 535 aa  130  6e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0785  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.62 
 
 		 593 aa  130  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>