More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3103 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009078  BURPS1106A_A1768  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  61.04 
 
 		 520 aa  647    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.852283  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  65.04 
 
 		 517 aa  675    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  65.82 
 
 		 517 aa  685    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0975  putative dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  61.04 
 
 		 520 aa  647    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.124849  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  62.64 
 
 		 520 aa  662    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1926  extracellular solute-binding protein  65.42 
 
 		 518 aa  659    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293523  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1359  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  61.04 
 
 		 520 aa  647    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.442837  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  75.15 
 
 		 516 aa  749    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  72.66 
 
 		 517 aa  743    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0324  putative ABC transporter substrate-binding protein  61.04 
 
 		 520 aa  647    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  76.29 
 
 		 509 aa  755    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  61.61 
 
 		 520 aa  657    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  61.79 
 
 		 520 aa  652    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  63.34 
 
 		 520 aa  643    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 519 aa  1060    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  86.1 
 
 		 520 aa  882    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1853  putative binding protein YliB  61.04 
 
 		 520 aa  647    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  62.02 
 
 		 520 aa  654    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1408  extracellular solute-binding protein  67.77 
 
 		 518 aa  662    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00741999  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  61.63 
 
 		 520 aa  650    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  63.54 
 
 		 520 aa  645    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  60.47 
 
 		 520 aa  640    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  65.62 
 
 		 521 aa  682    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0238  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  61.04 
 
 		 520 aa  647    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  63.54 
 
 		 520 aa  645    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  72.01 
 
 		 516 aa  699    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0402  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  61.04 
 
 		 520 aa  647    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  74.69 
 
 		 517 aa  734    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  62.35 
 
 		 520 aa  632  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  62.15 
 
 		 520 aa  629  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  59.01 
 
 		 512 aa  612  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  59.21 
 
 		 512 aa  613  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  61.68 
 
 		 512 aa  612  9.999999999999999e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  58.81 
 
 		 512 aa  611  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  58.81 
 
 		 512 aa  611  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  58.71 
 
 		 512 aa  610  1e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  59.64 
 
 		 514 aa  608  1e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  58.81 
 
 		 512 aa  611  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  58.58 
 
 		 512 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  58.78 
 
 		 512 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  59.51 
 
 		 514 aa  608  9.999999999999999e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  58.78 
 
 		 512 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  58.58 
 
 		 512 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  58.78 
 
 		 512 aa  607  9.999999999999999e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  58.58 
 
 		 512 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  59.11 
 
 		 493 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  58.58 
 
 		 512 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1551  extracellular solute-binding protein  61.3 
 
 		 512 aa  600  1e-170  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  45.23 
 
 		 510 aa  437  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  42.8 
 
 		 513 aa  412  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  45.61 
 
 		 518 aa  414  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  42.61 
 
 		 513 aa  409  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  45.28 
 
 		 513 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  34.08 
 
 		 534 aa  281  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  34.01 
 
 		 535 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  34.41 
 
 		 520 aa  266  5e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  33.86 
 
 		 495 aa  266  8.999999999999999e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  31.87 
 
 		 532 aa  258  2e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  32.02 
 
 		 521 aa  256  9e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  32.02 
 
 		 521 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  32.02 
 
 		 521 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  32.02 
 
 		 521 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 		 521 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  34.11 
 
 		 524 aa  250  4e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  33.6 
 
 		 509 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 		 528 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  34.75 
 
 		 528 aa  232  1e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  32.81 
 
 		 505 aa  226  9e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  32.1 
 
 		 531 aa  224  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  31.26 
 
 		 532 aa  224  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  31.91 
 
 		 531 aa  223  6e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  29.87 
 
 		 532 aa  222  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  30.7 
 
 		 535 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 		 538 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  30.6 
 
 		 565 aa  221  3e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  30.51 
 
 		 535 aa  220  5e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  30.51 
 
 		 535 aa  220  6e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  30.51 
 
 		 535 aa  220  6e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  30.51 
 
 		 535 aa  220  6e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  30.51 
 
 		 535 aa  220  6e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  30.51 
 
 		 535 aa  220  6e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  30.51 
 
 		 535 aa  220  6e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  29.96 
 
 		 502 aa  219  7.999999999999999e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  31.6 
 
 		 517 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0138  extracellular solute-binding protein  30.51 
 
 		 535 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  31.73 
 
 		 535 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  30.45 
 
 		 526 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  28.91 
 
 		 541 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  30 
 
 		 532 aa  213  5.999999999999999e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  30.75 
 
 		 505 aa  213  5.999999999999999e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  31.18 
 
 		 535 aa  213  7.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  30.26 
 
 		 526 aa  212  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0387  extracellular solute-binding protein family 5  31.65 
 
 		 503 aa  212  1e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000219856  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  30.26 
 
 		 526 aa  212  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  30.32 
 
 		 535 aa  212  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  30.26 
 
 		 526 aa  212  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  30.26 
 
 		 526 aa  212  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  32.82 
 
 		 521 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  30.06 
 
 		 530 aa  211  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  32.34 
 
 		 517 aa  211  4e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>