More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9144 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9144  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  100 
 
 		 507 aa  1043    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.215146  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8313  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  41.22 
 
 		 516 aa  427  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.291124  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  40.81 
 
 		 514 aa  387  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  31.88 
 
 		 514 aa  248  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  30.66 
 
 		 505 aa  204  3e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 		 512 aa  181  4e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 		 532 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  28.33 
 
 		 533 aa  177  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  27.99 
 
 		 514 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 		 539 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  28.63 
 
 		 520 aa  172  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  27.17 
 
 		 514 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.95 
 
 		 512 aa  171  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  28.51 
 
 		 512 aa  171  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.51 
 
 		 512 aa  171  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.95 
 
 		 512 aa  171  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.95 
 
 		 512 aa  171  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 517 aa  171  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  28.51 
 
 		 512 aa  171  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.51 
 
 		 493 aa  170  4e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  29.42 
 
 		 502 aa  169  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.8 
 
 		 520 aa  169  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  28.73 
 
 		 520 aa  169  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  33.15 
 
 		 516 aa  169  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 520 aa  168  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3126  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 510 aa  168  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.73 
 
 		 512 aa  168  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.74 
 
 		 510 aa  167  4e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  30.31 
 
 		 530 aa  167  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  28.19 
 
 		 512 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 512 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  27.96 
 
 		 512 aa  164  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  34.78 
 
 		 520 aa  163  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1768  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  27.75 
 
 		 520 aa  163  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.852283  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0975  putative dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.75 
 
 		 520 aa  163  7e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.124849  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0324  putative ABC transporter substrate-binding protein  27.75 
 
 		 520 aa  163  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1359  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  27.75 
 
 		 520 aa  163  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.442837  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0238  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  27.75 
 
 		 520 aa  163  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1853  putative binding protein YliB  27.75 
 
 		 520 aa  163  7e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0402  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  27.75 
 
 		 520 aa  163  7e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.7 
 
 		 517 aa  163  8.000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 		 519 aa  163  8.000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  29.07 
 
 		 517 aa  162  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  27.74 
 
 		 512 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  27.74 
 
 		 512 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  27.29 
 
 		 520 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  27.74 
 
 		 512 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 520 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 520 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  29.07 
 
 		 521 aa  160  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  28.06 
 
 		 517 aa  160  5e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 		 520 aa  159  9e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 520 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 509 aa  159  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  27.75 
 
 		 520 aa  158  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 520 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  27.07 
 
 		 517 aa  157  5.0000000000000005e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 526 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1551  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 		 512 aa  157  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  26.68 
 
 		 565 aa  155  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 500 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  26.73 
 
 		 495 aa  154  2.9999999999999998e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  30.31 
 
 		 515 aa  154  5e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  27.2 
 
 		 516 aa  154  5e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 		 532 aa  152  1e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.98 
 
 		 505 aa  151  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  27.2 
 
 		 502 aa  149  9e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1926  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 		 518 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293523  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  27.15 
 
 		 504 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 544 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  26.74 
 
 		 535 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 		 512 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 		 512 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 		 512 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  30.07 
 
 		 510 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  27.91 
 
 		 512 aa  147  5e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  27.88 
 
 		 504 aa  147  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0130  extracellular solute-binding protein family 5  27.8 
 
 		 542 aa  145  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.870572 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.89 
 
 		 534 aa  145  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  26.53 
 
 		 529 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3804  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 		 501 aa  144  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000726853  hitchhiker  0.0000406829 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 		 528 aa  144  5e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 530 aa  143  6e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0138  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 535 aa  143  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  32.93 
 
 		 534 aa  143  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1408  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 		 518 aa  142  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00741999  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  26.53 
 
 		 529 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.43 
 
 		 540 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 		 510 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 		 493 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  31.9 
 
 		 516 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.35 
 
 		 508 aa  140  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.24 
 
 		 539 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  28.03 
 
 		 508 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 529 aa  140  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3028  twin-arginine translocation pathway signal  26.9 
 
 		 562 aa  140  7.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  29.04 
 
 		 515 aa  139  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 517 aa  139  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 		 538 aa  139  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5088  extracellular solute-binding protein family 5  25.16 
 
 		 553 aa  138  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.416607 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>