More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3003 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  89.92 
 
 
517 aa  907    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  62.8 
 
 
517 aa  645    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 
516 aa  1056    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1926  extracellular solute-binding protein  62.28 
 
 
518 aa  635    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293523  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  61.74 
 
 
521 aa  642    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  69.48 
 
 
509 aa  683    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  61.03 
 
 
520 aa  640    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  75.1 
 
 
519 aa  744    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  78.7 
 
 
520 aa  788    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  62.87 
 
 
517 aa  652    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  68.88 
 
 
517 aa  694    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  75.15 
 
 
516 aa  768    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  60.32 
 
 
520 aa  633  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1408  extracellular solute-binding protein  66.03 
 
 
518 aa  629  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00741999  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0975  putative dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  58.85 
 
 
520 aa  618  1e-176  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.124849  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0324  putative ABC transporter substrate-binding protein  58.85 
 
 
520 aa  618  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  57.12 
 
 
520 aa  619  1e-176  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1768  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  58.85 
 
 
520 aa  618  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.852283  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1853  putative binding protein YliB  58.85 
 
 
520 aa  618  1e-176  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  59.39 
 
 
520 aa  618  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  59.39 
 
 
520 aa  618  1e-176  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0402  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  58.85 
 
 
520 aa  618  1e-176  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1359  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  58.85 
 
 
520 aa  618  1e-176  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.442837  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0238  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  58.85 
 
 
520 aa  618  1e-176  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  59.18 
 
 
520 aa  616  1e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  58.43 
 
 
520 aa  615  1e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  59.19 
 
 
520 aa  617  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  58.45 
 
 
512 aa  613  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  58.17 
 
 
520 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  58.99 
 
 
520 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  58.05 
 
 
512 aa  611  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  57.78 
 
 
520 aa  609  1e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  58.25 
 
 
512 aa  610  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  58.05 
 
 
512 aa  611  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  58.05 
 
 
512 aa  611  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  57.75 
 
 
512 aa  608  1e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  57.34 
 
 
512 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  57.34 
 
 
512 aa  605  9.999999999999999e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  60.64 
 
 
512 aa  606  9.999999999999999e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  57.34 
 
 
512 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  57.14 
 
 
512 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  57.34 
 
 
512 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  57.14 
 
 
512 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  57.46 
 
 
493 aa  598  1e-170  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  57.14 
 
 
512 aa  601  1e-170  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  55.33 
 
 
514 aa  579  1e-164  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  55.53 
 
 
514 aa  578  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1551  extracellular solute-binding protein  57.41 
 
 
512 aa  567  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  42.48 
 
 
510 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  43.43 
 
 
518 aa  394  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  40.63 
 
 
513 aa  392  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  40.63 
 
 
513 aa  391  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  43.64 
 
 
513 aa  389  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  31.37 
 
 
495 aa  259  7e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  32.32 
 
 
534 aa  258  2e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  32.38 
 
 
535 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  31.43 
 
 
532 aa  250  4e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  30.12 
 
 
521 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  30.12 
 
 
521 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  30.12 
 
 
521 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  30.12 
 
 
521 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  30.12 
 
 
521 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  32.79 
 
 
520 aa  233  9e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  32.16 
 
 
524 aa  227  4e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  31.82 
 
 
505 aa  217  5e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  32.29 
 
 
509 aa  217  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  32.99 
 
 
528 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  30.64 
 
 
531 aa  211  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  31.96 
 
 
505 aa  211  3e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  30.9 
 
 
532 aa  209  7e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 
528 aa  209  8e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  31.43 
 
 
517 aa  207  4e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  28.21 
 
 
565 aa  206  6e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0183  extracellular solute-binding protein  30.5 
 
 
532 aa  206  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 
532 aa  206  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  28.49 
 
 
532 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  30.66 
 
 
502 aa  203  7e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  28.54 
 
 
523 aa  202  8e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1224  extracellular solute-binding protein family 5  29.94 
 
 
544 aa  202  8e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0137957 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2850  putative ABC transporter substrate-binding protein  30.38 
 
 
490 aa  202  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.938621  normal  0.738445 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0845  extracellular solute-binding protein  31.31 
 
 
532 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  28.95 
 
 
544 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  29.46 
 
 
520 aa  201  3e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  30.37 
 
 
502 aa  200  6e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  29.08 
 
 
544 aa  199  7.999999999999999e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58350  putative binding protein component of ABC transpor  31.08 
 
 
537 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 
530 aa  199  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0468  extracellular solute-binding protein family 5  29.27 
 
 
528 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  27.79 
 
 
541 aa  196  6e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5110  ABC transporter periplasmic binding protein  30.68 
 
 
537 aa  196  9e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.321263  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  32.24 
 
 
517 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.44 
 
 
535 aa  195  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 
503 aa  195  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.85 
 
 
503 aa  194  3e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  30.11 
 
 
531 aa  194  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  28.25 
 
 
535 aa  194  4e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  28.25 
 
 
535 aa  194  4e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  28.25 
 
 
535 aa  194  4e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.25 
 
 
535 aa  194  4e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.33 
 
 
535 aa  194  4e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>