More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2454 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
528 aa  1082    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  45.23 
 
 
526 aa  451  1e-125  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1224  extracellular solute-binding protein family 5  41.22 
 
 
544 aa  413  1e-114  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0137957 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  42.22 
 
 
534 aa  409  1e-113  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  41.59 
 
 
535 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  41.07 
 
 
541 aa  385  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  43.52 
 
 
524 aa  370  1e-101  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0484  extracellular solute-binding protein  40.62 
 
 
523 aa  371  1e-101  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.036637  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  40 
 
 
528 aa  349  6e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  38.12 
 
 
520 aa  346  5e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3570  extracellular solute-binding protein family 5  38.49 
 
 
506 aa  343  5.999999999999999e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1982  extracellular solute-binding protein  39.44 
 
 
508 aa  341  2e-92  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.204968  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  38.22 
 
 
565 aa  341  2e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  38.54 
 
 
532 aa  334  2e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  38.19 
 
 
509 aa  334  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  37.1 
 
 
530 aa  334  2e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  35.58 
 
 
535 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  34.85 
 
 
535 aa  322  9.999999999999999e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0138  extracellular solute-binding protein  34.81 
 
 
535 aa  321  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  35.7 
 
 
535 aa  321  1.9999999999999998e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  35.55 
 
 
526 aa  320  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4056  periplasmic dipeptide transport protein  35.17 
 
 
535 aa  321  3e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4075  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  35.17 
 
 
535 aa  321  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0088  4-phytase  35.17 
 
 
535 aa  321  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  34.65 
 
 
535 aa  320  5e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  35.57 
 
 
535 aa  319  1e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  35.36 
 
 
526 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  35.7 
 
 
535 aa  318  1e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  35.36 
 
 
526 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  35.36 
 
 
526 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  35.36 
 
 
526 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  35.39 
 
 
535 aa  318  2e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  35.39 
 
 
535 aa  318  2e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  35.39 
 
 
535 aa  318  2e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  35.39 
 
 
535 aa  318  2e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  35.39 
 
 
535 aa  318  2e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  35.39 
 
 
535 aa  318  2e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  35.39 
 
 
535 aa  318  2e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2356  extracellular solute-binding protein  37.69 
 
 
529 aa  317  3e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.458822  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1582  extracellular solute-binding protein  37.43 
 
 
531 aa  317  3e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.264898  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  37.36 
 
 
532 aa  316  7e-85  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  37.3 
 
 
538 aa  314  1.9999999999999998e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  37.1 
 
 
523 aa  313  5.999999999999999e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2914  extracellular solute-binding protein  37.26 
 
 
543 aa  311  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  36.5 
 
 
532 aa  310  4e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2816  extracellular solute-binding protein  36.45 
 
 
545 aa  310  4e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.54552  normal  0.0589435 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  36.56 
 
 
531 aa  310  5e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3231  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  36.97 
 
 
532 aa  309  6.999999999999999e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.704667  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3969  extracellular solute-binding protein  36.97 
 
 
532 aa  309  6.999999999999999e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3754  extracellular solute-binding protein family 5  37.43 
 
 
542 aa  309  9e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.884226 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0182  ABC dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  36.88 
 
 
542 aa  306  6e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0067  extracellular solute-binding protein  34.53 
 
 
542 aa  306  6e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1526  extracellular solute-binding protein  36.35 
 
 
544 aa  305  1.0000000000000001e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0399  extracellular solute-binding protein family 5  35.15 
 
 
546 aa  305  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0181  ABC dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  36.82 
 
 
547 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  36.77 
 
 
525 aa  303  6.000000000000001e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2956  extracellular solute-binding protein  36.31 
 
 
542 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0329  extracellular solute-binding protein  35.58 
 
 
531 aa  301  2e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.889875  normal  0.0616043 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3755  extracellular solute-binding protein family 5  35.38 
 
 
547 aa  301  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4405  extracellular solute-binding protein  34.31 
 
 
532 aa  300  6e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  36.27 
 
 
506 aa  300  6e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0422  extracellular solute-binding protein family 5  37.43 
 
 
531 aa  299  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00166095  hitchhiker  0.00221721 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0390  extracellular solute-binding protein family 5  37.81 
 
 
531 aa  299  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18086  normal  0.296586 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3090  extracellular solute-binding protein  36.13 
 
 
542 aa  299  8e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2915  extracellular solute-binding protein  35.5 
 
 
547 aa  296  9e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3431  extracellular solute-binding protein  34.24 
 
 
531 aa  295  2e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000878954 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2431  extracellular solute-binding protein  36.13 
 
 
542 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3045  extracellular solute-binding protein  36.13 
 
 
542 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3064  extracellular solute-binding protein  36.13 
 
 
542 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.150422 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2505  extracellular solute-binding protein family 5  34.81 
 
 
531 aa  293  7e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1949  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 
542 aa  292  8e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0969647  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3040  extracellular solute-binding protein  35.58 
 
 
542 aa  292  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.607327 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  36.25 
 
 
531 aa  291  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  36.31 
 
 
529 aa  291  2e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2121  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  35.98 
 
 
536 aa  291  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.443402  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3301  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  35.98 
 
 
542 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2969  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  35.98 
 
 
542 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3378  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  35.98 
 
 
542 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0243  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein DppA  36.17 
 
 
542 aa  290  4e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0437  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  36.17 
 
 
574 aa  290  4e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.217985  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0256  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein DppA  36.17 
 
 
542 aa  290  4e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0220  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  35.28 
 
 
542 aa  290  4e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63568  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1531  extracellular solute-binding protein family 5  34.42 
 
 
531 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2411  extracellular solute-binding protein family 5  35.01 
 
 
531 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.334082  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2930  extracellular solute-binding protein family 5  33.53 
 
 
531 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  33.77 
 
 
532 aa  285  2.0000000000000002e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0845  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 
532 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5114  ABC transporter periplasmic binding protein  34.59 
 
 
533 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0759  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 
547 aa  283  8.000000000000001e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0395598 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0841  extracellular solute-binding protein  35.37 
 
 
531 aa  281  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.960995  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2497  extracellular solute-binding protein family 5  35.1 
 
 
528 aa  281  2e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0778602 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6392  ABC oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  34.67 
 
 
542 aa  280  4e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.740754 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58390  putative binding protein component of ABC transpor  34.39 
 
 
533 aa  280  6e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58360  putative binding protein component of ABC transpor  34.24 
 
 
532 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1769  extracellular solute-binding protein family 5  31.74 
 
 
589 aa  277  4e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5110  ABC transporter periplasmic binding protein  32.66 
 
 
537 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.321263  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5111  ABC transporter periplasmic binding protein  33.4 
 
 
532 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.914948  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58350  putative binding protein component of ABC transpor  32.85 
 
 
537 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  31.91 
 
 
521 aa  274  3e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  31.91 
 
 
521 aa  274  3e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>