More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_1360 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2703  ABC dipeptide transporter, periplasmic binding protein  99.37 
 
 
501 aa  968    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.22446  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  90.24 
 
 
543 aa  1004    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
543 aa  1113    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1417  twin-arginine translocation pathway signal  57.78 
 
 
555 aa  625  1e-178  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.628959  normal  0.153951 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1490  extracellular solute-binding protein family 5  54.53 
 
 
555 aa  590  1e-167  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.758744 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2463  twin-arginine translocation pathway signal  54.75 
 
 
555 aa  587  1e-166  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.31086  hitchhiker  0.000559828 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3049  twin-arginine translocation pathway signal  51.38 
 
 
554 aa  542  1e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2062  twin-arginine translocation pathway signal  49.64 
 
 
550 aa  541  9.999999999999999e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.511061  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  37.41 
 
 
555 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 
525 aa  186  8e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  30.85 
 
 
523 aa  173  9e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  30.15 
 
 
529 aa  169  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  29.05 
 
 
535 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 
520 aa  162  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 
535 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  28.99 
 
 
535 aa  160  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  29.65 
 
 
538 aa  160  6e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  29.01 
 
 
522 aa  159  8e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 
535 aa  155  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  28.49 
 
 
529 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  28 
 
 
536 aa  154  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  28.13 
 
 
527 aa  154  5e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.78 
 
 
535 aa  153  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  28.19 
 
 
529 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.4 
 
 
516 aa  152  2e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 
539 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  26.29 
 
 
513 aa  145  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  27.99 
 
 
537 aa  144  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.71 
 
 
537 aa  142  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 
529 aa  140  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 
534 aa  140  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  27.03 
 
 
526 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  25.92 
 
 
518 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  27.61 
 
 
506 aa  137  6.0000000000000005e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.87 
 
 
534 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 
534 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  26.04 
 
 
545 aa  135  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.2 
 
 
526 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.22 
 
 
545 aa  133  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 
519 aa  132  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  26 
 
 
536 aa  131  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
550 aa  130  6e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.93 
 
 
510 aa  130  9.000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 
509 aa  129  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.23 
 
 
508 aa  129  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  23.39 
 
 
554 aa  128  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.78 
 
 
542 aa  127  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 
519 aa  127  6e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 
515 aa  126  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  23.39 
 
 
554 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  24.86 
 
 
538 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 
561 aa  125  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 
540 aa  125  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
537 aa  124  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  28.76 
 
 
538 aa  124  6e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  27.12 
 
 
520 aa  124  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  26.05 
 
 
516 aa  123  9e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.1 
 
 
538 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 
494 aa  122  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1731  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 
539 aa  121  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.308556  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 
544 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 
517 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  26.48 
 
 
513 aa  119  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  25.42 
 
 
512 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
534 aa  119  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  27.67 
 
 
514 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  29.07 
 
 
524 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
540 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 
517 aa  118  3e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 
527 aa  118  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  27 
 
 
517 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  27.47 
 
 
540 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  26.13 
 
 
540 aa  118  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  25.21 
 
 
496 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  28.71 
 
 
527 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 
489 aa  116  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0139  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 
502 aa  116  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.184027  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.91 
 
 
545 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  26.88 
 
 
540 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1698  extracellular solute-binding protein family 5  26.87 
 
 
537 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  24.86 
 
 
532 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 
530 aa  114  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  26.54 
 
 
533 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  28.08 
 
 
509 aa  113  9e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
495 aa  113  9e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  28.25 
 
 
516 aa  113  1.0000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  27.07 
 
 
509 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  29.24 
 
 
538 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 
536 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  25.05 
 
 
513 aa  109  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3596  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 
526 aa  109  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  28.17 
 
 
538 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  25.89 
 
 
532 aa  109  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  27.67 
 
 
508 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4355  extracellular solute-binding protein family 5  25.71 
 
 
495 aa  109  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0355555  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
510 aa  109  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  25.05 
 
 
513 aa  108  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 
514 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 
527 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 
527 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>