More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6057 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  61.82 
 
 		 538 aa  668    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  96.77 
 
 		 527 aa  1016    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 527 aa  1079    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  62.16 
 
 		 540 aa  667    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  60.08 
 
 		 539 aa  640    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  61.99 
 
 		 538 aa  663    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  77.25 
 
 		 526 aa  842    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  96.77 
 
 		 527 aa  1016    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  99.81 
 
 		 527 aa  1078    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  96.77 
 
 		 527 aa  1016    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  58.16 
 
 		 545 aa  627  1e-178  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  57.39 
 
 		 545 aa  622  1e-177  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  58.53 
 
 		 519 aa  605  9.999999999999999e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  56.89 
 
 		 540 aa  590  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  53.49 
 
 		 536 aa  573  1.0000000000000001e-162  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  54.79 
 
 		 527 aa  553  1e-156  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  50.29 
 
 		 509 aa  527  1e-148  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  49.61 
 
 		 535 aa  514  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  48.19 
 
 		 537 aa  502  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  49.34 
 
 		 535 aa  499  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  47.61 
 
 		 537 aa  495  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  48.96 
 
 		 536 aa  497  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  48.02 
 
 		 536 aa  491  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  46.97 
 
 		 513 aa  491  1e-137  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  45.32 
 
 		 537 aa  477  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  38.17 
 
 		 520 aa  352  8e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  36.22 
 
 		 525 aa  336  7e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  36.34 
 
 		 519 aa  333  4e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  36.63 
 
 		 513 aa  330  5.0000000000000004e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  36.45 
 
 		 522 aa  305  1.0000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  35.88 
 
 		 529 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  35.66 
 
 		 529 aa  300  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  35.23 
 
 		 529 aa  297  3e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 		 535 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  34.77 
 
 		 535 aa  289  9e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  36.34 
 
 		 534 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 		 529 aa  283  6.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  35.58 
 
 		 534 aa  283  7.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  35.25 
 
 		 518 aa  283  7.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  36.34 
 
 		 534 aa  282  8.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  34.21 
 
 		 535 aa  282  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  33.71 
 
 		 526 aa  277  4e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  35.02 
 
 		 496 aa  270  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  35.87 
 
 		 527 aa  268  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  33.7 
 
 		 512 aa  265  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  32.45 
 
 		 511 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.77 
 
 		 516 aa  222  1.9999999999999999e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  30.02 
 
 		 516 aa  213  7e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  30.34 
 
 		 538 aa  201  3e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 		 515 aa  201  3e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  28.44 
 
 		 532 aa  201  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 		 513 aa  184  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 		 517 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  28.42 
 
 		 533 aa  171  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 		 517 aa  169  9e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 		 517 aa  169  1e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  27.22 
 
 		 538 aa  166  9e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  28.4 
 
 		 503 aa  162  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  30.79 
 
 		 526 aa  162  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  26.33 
 
 		 502 aa  158  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 		 524 aa  153  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3756  putative peptide ABC transporter, substrate- binding protein  26.61 
 
 		 514 aa  150  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0279615  normal  0.332846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.78 
 
 		 513 aa  147  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  27.14 
 
 		 514 aa  139  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  25.34 
 
 		 554 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3973  extracellular solute-binding protein family 5  27.49 
 
 		 505 aa  137  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617507  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  28.17 
 
 		 514 aa  137  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 		 550 aa  137  5e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.29 
 
 		 554 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 561 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 529 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 		 523 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 		 543 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  25.25 
 
 		 502 aa  126  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.94 
 
 		 531 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 495 aa  125  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0112  extracellular solute-binding protein family 5  23.88 
 
 		 524 aa  124  6e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.214652  normal  0.175509 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0232  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 517 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  25.3 
 
 		 527 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  26.87 
 
 		 515 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.77 
 
 		 510 aa  121  3e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  27.29 
 
 		 517 aa  119  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  22.53 
 
 		 555 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5706  extracellular solute-binding protein family 5  25.33 
 
 		 552 aa  119  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.47815 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  26.68 
 
 		 529 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5121  extracellular solute-binding protein family 5  28.65 
 
 		 522 aa  117  5e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  25.74 
 
 		 499 aa  117  6.9999999999999995e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.39 
 
 		 532 aa  116  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  26.82 
 
 		 512 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 543 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  28.47 
 
 		 524 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3427  extracellular solute-binding protein  23.74 
 
 		 526 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1506  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 		 501 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0306373  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  26.64 
 
 		 529 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 		 500 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 538 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 		 534 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 538 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 		 531 aa  112  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  28.26 
 
 		 538 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>