More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5634 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  60.57 
 
 		 540 aa  665    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  77.28 
 
 		 539 aa  887    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  60.27 
 
 		 538 aa  647    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 540 aa  1113    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  61.17 
 
 		 538 aa  652    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  84.94 
 
 		 519 aa  913    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  59.62 
 
 		 526 aa  615  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  58.25 
 
 		 527 aa  594  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  58.25 
 
 		 527 aa  594  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  58.25 
 
 		 527 aa  594  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  56.89 
 
 		 527 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  56.89 
 
 		 527 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  53.12 
 
 		 545 aa  581  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  52.83 
 
 		 545 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  52.99 
 
 		 536 aa  561  1e-158  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  51.35 
 
 		 537 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  52.19 
 
 		 527 aa  535  1e-151  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  49.71 
 
 		 535 aa  532  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  48.32 
 
 		 537 aa  526  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  49.23 
 
 		 535 aa  509  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  47.89 
 
 		 537 aa  508  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  47.76 
 
 		 536 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  48.26 
 
 		 536 aa  505  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  47.38 
 
 		 513 aa  494  9.999999999999999e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  47.42 
 
 		 509 aa  487  1e-136  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  38.45 
 
 		 525 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  39.29 
 
 		 513 aa  357  3.9999999999999996e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  37.11 
 
 		 520 aa  345  1e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  37.24 
 
 		 519 aa  332  1e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  37.5 
 
 		 529 aa  323  6e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  37.31 
 
 		 529 aa  320  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  36.95 
 
 		 529 aa  316  5e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  34.52 
 
 		 529 aa  300  4e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  34.69 
 
 		 518 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  34 
 
 		 522 aa  281  2e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  35.91 
 
 		 535 aa  279  8e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  35.91 
 
 		 535 aa  279  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  35.91 
 
 		 535 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  33.74 
 
 		 526 aa  277  4e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  38.02 
 
 		 527 aa  274  3e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  33.07 
 
 		 512 aa  259  9e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  34.48 
 
 		 534 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  34.48 
 
 		 534 aa  254  3e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  33.27 
 
 		 534 aa  248  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  32.96 
 
 		 496 aa  243  7e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  33.33 
 
 		 511 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  32.59 
 
 		 516 aa  236  6e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  31.36 
 
 		 516 aa  219  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  30.18 
 
 		 538 aa  216  9.999999999999999e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  29.22 
 
 		 532 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 515 aa  201  3.9999999999999996e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  32.28 
 
 		 513 aa  195  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  29.27 
 
 		 538 aa  190  5e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  29.55 
 
 		 533 aa  188  3e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 517 aa  177  5e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 		 517 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3756  putative peptide ABC transporter, substrate- binding protein  29.67 
 
 		 514 aa  173  5e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0279615  normal  0.332846 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  27.65 
 
 		 502 aa  172  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 523 aa  167  5.9999999999999996e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  28.71 
 
 		 517 aa  160  8e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 561 aa  157  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 		 524 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  25.78 
 
 		 554 aa  154  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.78 
 
 		 554 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.2 
 
 		 513 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  29.2 
 
 		 503 aa  147  5e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  24.04 
 
 		 550 aa  144  4e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  26.15 
 
 		 555 aa  144  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.99 
 
 		 510 aa  142  9.999999999999999e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.91 
 
 		 531 aa  142  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  29.19 
 
 		 526 aa  139  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5121  extracellular solute-binding protein family 5  29.28 
 
 		 522 aa  139  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  26.34 
 
 		 514 aa  137  6.0000000000000005e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  24.64 
 
 		 505 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 		 544 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 529 aa  133  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  26.33 
 
 		 516 aa  133  9e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  27.55 
 
 		 520 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3973  extracellular solute-binding protein family 5  27.37 
 
 		 505 aa  133  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617507  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.33 
 
 		 521 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  27.62 
 
 		 535 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  33.54 
 
 		 528 aa  131  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 521 aa  130  5.0000000000000004e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 		 527 aa  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 495 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0112  extracellular solute-binding protein family 5  25.97 
 
 		 524 aa  129  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.214652  normal  0.175509 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 		 549 aa  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  27.9 
 
 		 521 aa  127  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.6 
 
 		 541 aa  127  6e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  26.05 
 
 		 517 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  28.01 
 
 		 522 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.74 
 
 		 534 aa  126  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  26.12 
 
 		 495 aa  125  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 531 aa  125  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  26.73 
 
 		 524 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.46 
 
 		 532 aa  125  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0232  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 517 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 511 aa  124  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 		 512 aa  124  6e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 		 512 aa  124  6e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>