More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2178 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  82.42 
 
 
529 aa  929    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  71.15 
 
 
529 aa  791    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
529 aa  1094    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  82.23 
 
 
529 aa  927    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  65.76 
 
 
526 aa  736    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  56.79 
 
 
527 aa  605  9.999999999999999e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  44.17 
 
 
525 aa  434  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  44.53 
 
 
520 aa  429  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  42.36 
 
 
513 aa  413  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  41.44 
 
 
522 aa  404  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  42.28 
 
 
519 aa  396  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  41.54 
 
 
518 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  39.17 
 
 
511 aa  356  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  39.65 
 
 
496 aa  348  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  38.46 
 
 
512 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  39.47 
 
 
534 aa  332  9e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  40.3 
 
 
534 aa  330  4e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  37.75 
 
 
535 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  36.17 
 
 
536 aa  328  2.0000000000000001e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  37.75 
 
 
535 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  38.68 
 
 
519 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  39.87 
 
 
534 aa  326  5e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  38.03 
 
 
540 aa  324  3e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  37.35 
 
 
535 aa  324  3e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  36.64 
 
 
539 aa  323  4e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  36.19 
 
 
538 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  36.04 
 
 
545 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  35.17 
 
 
538 aa  310  5e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  36.95 
 
 
540 aa  306  5.0000000000000004e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  35.85 
 
 
545 aa  306  6e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  35.85 
 
 
535 aa  296  6e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.9 
 
 
526 aa  295  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  34.69 
 
 
537 aa  293  4e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  34.33 
 
 
509 aa  292  1e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 
527 aa  292  1e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  34.09 
 
 
535 aa  291  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  35.27 
 
 
536 aa  290  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  35.54 
 
 
527 aa  290  4e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  35.54 
 
 
527 aa  290  6e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  35.54 
 
 
527 aa  290  6e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  35.54 
 
 
527 aa  290  6e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  35.54 
 
 
527 aa  289  7e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  34.88 
 
 
536 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  33.92 
 
 
513 aa  288  2e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  34.69 
 
 
537 aa  285  2.0000000000000002e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  34.44 
 
 
537 aa  277  4e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 
515 aa  229  8e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  32.12 
 
 
516 aa  215  1.9999999999999998e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  30.25 
 
 
516 aa  209  8e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 
513 aa  206  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  28.85 
 
 
532 aa  205  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  31.33 
 
 
538 aa  202  1.9999999999999998e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 
550 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 
517 aa  196  1e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  31.32 
 
 
526 aa  190  4e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 
517 aa  190  5e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 
561 aa  190  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
517 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  28.75 
 
 
555 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  30.21 
 
 
524 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  30.06 
 
 
503 aa  181  4e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  25.05 
 
 
554 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  27.69 
 
 
538 aa  176  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  24.18 
 
 
554 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3973  extracellular solute-binding protein family 5  32.17 
 
 
505 aa  172  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617507  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  27.36 
 
 
533 aa  171  3e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 
523 aa  171  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  28.72 
 
 
502 aa  168  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.09 
 
 
510 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 
543 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2062  twin-arginine translocation pathway signal  26.81 
 
 
550 aa  164  5.0000000000000005e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.511061  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  30.15 
 
 
543 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  29.45 
 
 
549 aa  151  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1417  twin-arginine translocation pathway signal  26.64 
 
 
555 aa  150  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.628959  normal  0.153951 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2463  twin-arginine translocation pathway signal  26.93 
 
 
555 aa  148  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.31086  hitchhiker  0.000559828 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3756  putative peptide ABC transporter, substrate- binding protein  27.19 
 
 
514 aa  147  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0279615  normal  0.332846 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 
522 aa  144  4e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  27.63 
 
 
516 aa  138  2e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3049  twin-arginine translocation pathway signal  26.99 
 
 
554 aa  139  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  26.89 
 
 
514 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  26.64 
 
 
526 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 
511 aa  137  6.0000000000000005e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0112  extracellular solute-binding protein family 5  27.23 
 
 
524 aa  136  7.000000000000001e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.214652  normal  0.175509 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  27.07 
 
 
525 aa  134  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  26.56 
 
 
522 aa  134  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  27.73 
 
 
516 aa  133  6.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  27.2 
 
 
514 aa  133  7.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  26.98 
 
 
504 aa  133  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  28.82 
 
 
514 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  27.11 
 
 
512 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.7 
 
 
521 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  27.35 
 
 
512 aa  131  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  27.33 
 
 
502 aa  131  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.42 
 
 
520 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 
521 aa  130  6e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5357  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  26.64 
 
 
502 aa  130  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0991682  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.75 
 
 
525 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 
521 aa  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2703  ABC dipeptide transporter, periplasmic binding protein  28.66 
 
 
501 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.22446  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  26.77 
 
 
504 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.37487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>