More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1764 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  90.2 
 
 		 525 aa  945    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  64.94 
 
 		 521 aa  697    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  64.74 
 
 		 521 aa  699    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  96.93 
 
 		 522 aa  1015    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 526 aa  1074    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  76.1 
 
 		 549 aa  830    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  42.05 
 
 		 533 aa  413  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  41.77 
 
 		 530 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  42.26 
 
 		 533 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  40.81 
 
 		 509 aa  402  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  40.4 
 
 		 535 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  37.8 
 
 		 528 aa  389  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  38.79 
 
 		 535 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  37.96 
 
 		 537 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  40.64 
 
 		 516 aa  369  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  40.84 
 
 		 516 aa  370  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  40.61 
 
 		 514 aa  368  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  38.57 
 
 		 531 aa  359  6e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  38.35 
 
 		 532 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  38.35 
 
 		 532 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  37.88 
 
 		 538 aa  355  8.999999999999999e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  38.4 
 
 		 512 aa  343  4e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  36.95 
 
 		 528 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  38.4 
 
 		 524 aa  339  5.9999999999999996e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  36.58 
 
 		 544 aa  336  7e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  38.46 
 
 		 515 aa  330  3e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  38.83 
 
 		 534 aa  322  9.999999999999999e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  38.41 
 
 		 534 aa  317  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  33.65 
 
 		 527 aa  263  4.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  34.04 
 
 		 526 aa  261  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  34.03 
 
 		 528 aa  258  2e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  32.5 
 
 		 528 aa  256  8e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  32.5 
 
 		 528 aa  256  9e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  36.84 
 
 		 530 aa  251  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  34.47 
 
 		 556 aa  251  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  33.98 
 
 		 528 aa  249  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  35.28 
 
 		 531 aa  249  1e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  32.39 
 
 		 542 aa  247  3e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  34.3 
 
 		 544 aa  243  9e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  32.61 
 
 		 526 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  32.61 
 
 		 526 aa  236  1.0000000000000001e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  32.6 
 
 		 526 aa  236  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  30.86 
 
 		 532 aa  228  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  31.2 
 
 		 528 aa  228  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  32.57 
 
 		 528 aa  228  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  32.44 
 
 		 460 aa  222  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 514 aa  219  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  30.88 
 
 		 526 aa  216  7e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  31.85 
 
 		 531 aa  216  8e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  32.61 
 
 		 527 aa  216  9e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  30.7 
 
 		 516 aa  216  9.999999999999999e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  31.54 
 
 		 523 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  32.03 
 
 		 538 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  31.34 
 
 		 523 aa  213  7e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 		 495 aa  210  5e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  30.83 
 
 		 518 aa  208  2e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 		 526 aa  206  9e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3143  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 		 524 aa  204  4e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0573017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  30.61 
 
 		 517 aa  202  9e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  31.12 
 
 		 517 aa  202  9e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  31.06 
 
 		 514 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  31.62 
 
 		 519 aa  200  5e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  31.51 
 
 		 497 aa  199  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 		 517 aa  197  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  31.43 
 
 		 524 aa  197  3e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1815  extracellular solute-binding protein  31.6 
 
 		 532 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2799  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 		 520 aa  197  5.000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 		 529 aa  197  6e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  29.16 
 
 		 526 aa  196  9e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  28.8 
 
 		 535 aa  195  1e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.44 
 
 		 534 aa  193  6e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  27.8 
 
 		 535 aa  192  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 520 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  30.35 
 
 		 495 aa  190  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 505 aa  190  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 		 520 aa  189  9e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 		 535 aa  188  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0138  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 535 aa  188  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  29.39 
 
 		 595 aa  188  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  31.31 
 
 		 495 aa  188  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4056  periplasmic dipeptide transport protein  27.37 
 
 		 535 aa  187  5e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0088  4-phytase  27.37 
 
 		 535 aa  187  5e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4075  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.37 
 
 		 535 aa  187  5e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  27.82 
 
 		 521 aa  186  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.82 
 
 		 521 aa  186  1.0000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  27.82 
 
 		 521 aa  186  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  27.82 
 
 		 521 aa  186  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 		 521 aa  186  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5344  extracellular solute-binding protein family 5  30.9 
 
 		 506 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.297716  normal  0.516905 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  26.82 
 
 		 535 aa  184  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  26.82 
 
 		 535 aa  184  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.82 
 
 		 535 aa  184  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  26.82 
 
 		 535 aa  184  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.82 
 
 		 535 aa  184  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  26.82 
 
 		 535 aa  184  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.82 
 
 		 535 aa  184  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.82 
 
 		 535 aa  183  6e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27 
 
 		 526 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27 
 
 		 526 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27 
 
 		 526 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>