More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1091 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 528 aa  1100    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  77.42 
 
 		 527 aa  884    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  59.65 
 
 		 523 aa  651    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  76.24 
 
 		 526 aa  865    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  59.45 
 
 		 523 aa  650    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  74.62 
 
 		 526 aa  835    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  52.76 
 
 		 532 aa  558  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  55.45 
 
 		 538 aa  554  1e-156  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1815  extracellular solute-binding protein  55.4 
 
 		 532 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  48.1 
 
 		 526 aa  477  1e-133  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  46.49 
 
 		 528 aa  477  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  45.28 
 
 		 528 aa  475  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  47.42 
 
 		 526 aa  474  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  47.09 
 
 		 544 aa  472  1e-132  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  46.3 
 
 		 528 aa  474  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  46.41 
 
 		 528 aa  457  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  46.73 
 
 		 531 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  44.47 
 
 		 531 aa  427  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0423  extracellular solute-binding protein  45.73 
 
 		 527 aa  422  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.204725  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0422  extracellular solute-binding protein  45.11 
 
 		 527 aa  421  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147362  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  43.79 
 
 		 526 aa  413  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  42.42 
 
 		 530 aa  409  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  40.12 
 
 		 529 aa  402  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3143  extracellular solute-binding protein  41.57 
 
 		 524 aa  402  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0573017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  43.28 
 
 		 527 aa  405  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  42.71 
 
 		 556 aa  391  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  42.76 
 
 		 460 aa  392  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  39.03 
 
 		 517 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  39.45 
 
 		 528 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  38.74 
 
 		 520 aa  358  9.999999999999999e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  37.92 
 
 		 516 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  38.2 
 
 		 595 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 		 526 aa  322  9.999999999999999e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  35.07 
 
 		 526 aa  316  7e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  36.58 
 
 		 528 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  35.48 
 
 		 535 aa  312  9e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  36.58 
 
 		 520 aa  311  2e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2474  extracellular solute-binding protein  33.79 
 
 		 525 aa  310  4e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  36.63 
 
 		 514 aa  308  1.0000000000000001e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2799  extracellular solute-binding protein  37.3 
 
 		 520 aa  306  9.000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 517 aa  305  2.0000000000000002e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  36.38 
 
 		 535 aa  297  4e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  36.25 
 
 		 542 aa  296  5e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  35.5 
 
 		 520 aa  293  4e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  34.99 
 
 		 509 aa  292  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  35.02 
 
 		 519 aa  287  2.9999999999999996e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  34.53 
 
 		 530 aa  286  5e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  35.21 
 
 		 517 aa  283  7.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  34.46 
 
 		 518 aa  281  2e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  33.98 
 
 		 533 aa  281  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  33.72 
 
 		 533 aa  280  4e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  35.04 
 
 		 531 aa  271  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  30.95 
 
 		 514 aa  267  2.9999999999999995e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  32.94 
 
 		 532 aa  260  3e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  32.75 
 
 		 532 aa  259  9e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  33.73 
 
 		 538 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  32.12 
 
 		 537 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  32.19 
 
 		 512 aa  253  5.000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  33.98 
 
 		 526 aa  249  6e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  31.93 
 
 		 528 aa  249  9e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  31.3 
 
 		 514 aa  248  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  31.12 
 
 		 516 aa  248  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  31.31 
 
 		 516 aa  248  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  33.94 
 
 		 522 aa  247  3e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  32.52 
 
 		 521 aa  246  8e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  33.27 
 
 		 521 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  33.14 
 
 		 524 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  33.47 
 
 		 525 aa  241  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 		 544 aa  238  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  32.28 
 
 		 534 aa  236  8e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  30.82 
 
 		 515 aa  234  4.0000000000000004e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  32.08 
 
 		 534 aa  233  8.000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  31.67 
 
 		 534 aa  229  8e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  31.45 
 
 		 549 aa  224  4e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 		 505 aa  223  4.9999999999999996e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  32.32 
 
 		 535 aa  218  1e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  27.92 
 
 		 521 aa  196  7e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.92 
 
 		 521 aa  196  7e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  27.92 
 
 		 521 aa  196  7e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 521 aa  196  7e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  27.71 
 
 		 521 aa  194  3e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30.57 
 
 		 520 aa  179  8e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  27.77 
 
 		 495 aa  179  1e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3737  extracellular solute-binding protein  30.39 
 
 		 517 aa  179  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 		 532 aa  175  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  25.41 
 
 		 527 aa  173  7.999999999999999e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  30.48 
 
 		 509 aa  172  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.17 
 
 		 504 aa  169  9e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0803154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  26.15 
 
 		 499 aa  169  9e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  26.77 
 
 		 497 aa  167  5e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0184  extracellular solute-binding protein family 5  24.91 
 
 		 518 aa  165  2.0000000000000002e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  28.19 
 
 		 516 aa  165  2.0000000000000002e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.95 
 
 		 510 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  27.24 
 
 		 520 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 		 520 aa  163  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  30.72 
 
 		 520 aa  162  1e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 509 aa  162  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  27.24 
 
 		 520 aa  162  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.04 
 
 		 520 aa  161  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 520 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>