More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2542 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  63.18 
 
 		 525 aa  679    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  95.59 
 
 		 521 aa  1003    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 521 aa  1058    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  64.16 
 
 		 526 aa  709    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  64.16 
 
 		 522 aa  696    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  64.16 
 
 		 549 aa  702    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.15 
 
 		 530 aa  413  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  40.69 
 
 		 509 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  38.65 
 
 		 528 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  40.08 
 
 		 535 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  41.3 
 
 		 533 aa  394  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  40.82 
 
 		 533 aa  391  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  38.92 
 
 		 535 aa  390  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  39.76 
 
 		 537 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  39.62 
 
 		 531 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  40.76 
 
 		 532 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  40.36 
 
 		 532 aa  355  2e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 		 538 aa  354  2e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  40.19 
 
 		 528 aa  351  2e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  39.38 
 
 		 514 aa  342  9e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  36.83 
 
 		 516 aa  333  5e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  37.43 
 
 		 516 aa  332  1e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  37.2 
 
 		 512 aa  318  1e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  38.01 
 
 		 515 aa  318  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  35.55 
 
 		 544 aa  311  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  35.64 
 
 		 524 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  36.73 
 
 		 534 aa  295  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  36.73 
 
 		 534 aa  295  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  32.12 
 
 		 528 aa  262  1e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  31.93 
 
 		 528 aa  259  6e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 		 527 aa  258  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  32.87 
 
 		 526 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 		 528 aa  249  6e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  32.42 
 
 		 528 aa  249  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  32.13 
 
 		 542 aa  241  2.9999999999999997e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  31.66 
 
 		 526 aa  239  5.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  33.53 
 
 		 544 aa  238  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  32.08 
 
 		 526 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  33.66 
 
 		 530 aa  232  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  32.06 
 
 		 518 aa  231  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  31.35 
 
 		 532 aa  228  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  31.17 
 
 		 516 aa  227  4e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  32.89 
 
 		 517 aa  227  5.0000000000000005e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  30.94 
 
 		 526 aa  225  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  32.25 
 
 		 517 aa  224  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  30.74 
 
 		 526 aa  224  4e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  32.25 
 
 		 519 aa  224  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  31.64 
 
 		 531 aa  219  7.999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  31.06 
 
 		 528 aa  219  7.999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  30.77 
 
 		 521 aa  217  4e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  30.77 
 
 		 521 aa  216  8e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  30.77 
 
 		 521 aa  216  8e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  30.77 
 
 		 521 aa  216  8e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 521 aa  216  8e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  29.49 
 
 		 535 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 		 514 aa  214  3.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  31.7 
 
 		 460 aa  213  7e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3143  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 		 524 aa  213  9e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0573017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  30.69 
 
 		 556 aa  211  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  31 
 
 		 531 aa  209  7e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  29.52 
 
 		 514 aa  209  9e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  30.24 
 
 		 538 aa  209  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  30.85 
 
 		 523 aa  209  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  30.85 
 
 		 523 aa  207  4e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  30.22 
 
 		 520 aa  206  7e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  30.37 
 
 		 505 aa  204  3e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  29.67 
 
 		 527 aa  203  5e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  31.19 
 
 		 497 aa  202  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.94 
 
 		 534 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 		 520 aa  201  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  29.98 
 
 		 595 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1815  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 532 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2799  extracellular solute-binding protein  29.4 
 
 		 520 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.54 
 
 		 528 aa  197  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  29.37 
 
 		 526 aa  194  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 		 517 aa  192  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  28.23 
 
 		 520 aa  191  2e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  29.21 
 
 		 527 aa  189  1e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 		 526 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  30.74 
 
 		 524 aa  183  8.000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  29.9 
 
 		 499 aa  183  8.000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0423  extracellular solute-binding protein  31.02 
 
 		 527 aa  182  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.204725  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0722  radical SAM domain-containing protein  28.46 
 
 		 522 aa  182  2e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.597639 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.21 
 
 		 526 aa  180  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  28.21 
 
 		 526 aa  180  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  28.21 
 
 		 526 aa  180  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  28.21 
 
 		 526 aa  180  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 		 495 aa  179  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  28 
 
 		 526 aa  179  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.05 
 
 		 532 aa  177  3e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 495 aa  176  7e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  27.58 
 
 		 535 aa  176  8e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 		 495 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2834  extracellular solute-binding protein family 5  29.47 
 
 		 526 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.360597 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 		 529 aa  174  2.9999999999999996e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.63 
 
 		 504 aa  174  2.9999999999999996e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0803154  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  27.58 
 
 		 535 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  27.58 
 
 		 535 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  27.58 
 
 		 535 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.58 
 
 		 535 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>