More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0872 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 527 aa  1087    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  66.03 
 
 		 529 aa  713    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  76.13 
 
 		 526 aa  817    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  56.86 
 
 		 531 aa  610  1e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  52.69 
 
 		 530 aa  556  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  53.27 
 
 		 556 aa  551  1e-155  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  52.06 
 
 		 528 aa  541  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  42.94 
 
 		 528 aa  430  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  42.75 
 
 		 528 aa  427  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  42.36 
 
 		 528 aa  426  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  43.31 
 
 		 526 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  43.28 
 
 		 528 aa  405  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  42.08 
 
 		 527 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  43.32 
 
 		 544 aa  397  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  41.82 
 
 		 526 aa  392  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  41.61 
 
 		 526 aa  390  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  41.87 
 
 		 526 aa  385  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3143  extracellular solute-binding protein  43.59 
 
 		 524 aa  383  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0573017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  40.49 
 
 		 528 aa  379  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  41.21 
 
 		 531 aa  379  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  40.45 
 
 		 523 aa  374  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 		 523 aa  373  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  45.82 
 
 		 460 aa  371  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  40.96 
 
 		 517 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  41.84 
 
 		 538 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  40.19 
 
 		 532 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1815  extracellular solute-binding protein  43.17 
 
 		 532 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0422  extracellular solute-binding protein  38.57 
 
 		 527 aa  328  2.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147362  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  35.14 
 
 		 520 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0423  extracellular solute-binding protein  36.48 
 
 		 527 aa  305  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.204725  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  36.54 
 
 		 526 aa  302  1e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  34.36 
 
 		 526 aa  302  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  35.43 
 
 		 516 aa  290  6e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  34.37 
 
 		 514 aa  288  1e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  35.74 
 
 		 595 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  35.23 
 
 		 518 aa  286  5.999999999999999e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  35.74 
 
 		 517 aa  285  1.0000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  34.98 
 
 		 542 aa  285  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  36.22 
 
 		 520 aa  280  4e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  35.35 
 
 		 517 aa  278  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  34.45 
 
 		 514 aa  277  3e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  35.28 
 
 		 519 aa  272  1e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2799  extracellular solute-binding protein  33.79 
 
 		 520 aa  272  1e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  34.14 
 
 		 520 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  33.07 
 
 		 530 aa  251  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  32.58 
 
 		 533 aa  246  9e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  32.2 
 
 		 533 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2474  extracellular solute-binding protein  32.63 
 
 		 525 aa  241  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  31.54 
 
 		 528 aa  239  8e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  33.33 
 
 		 532 aa  239  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  33.33 
 
 		 532 aa  238  3e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  31.67 
 
 		 516 aa  238  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  31.26 
 
 		 512 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  31.14 
 
 		 514 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  32.34 
 
 		 509 aa  234  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  31.91 
 
 		 538 aa  234  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  31.2 
 
 		 516 aa  233  9e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 		 531 aa  232  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  31.86 
 
 		 528 aa  228  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 		 535 aa  227  4e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  30.75 
 
 		 535 aa  226  7e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  32.28 
 
 		 515 aa  218  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  32.61 
 
 		 526 aa  216  9e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  32.72 
 
 		 524 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  30.98 
 
 		 549 aa  214  2.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  32.24 
 
 		 522 aa  214  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  31.3 
 
 		 525 aa  213  9e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 		 544 aa  209  9e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.97 
 
 		 521 aa  205  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  31.72 
 
 		 534 aa  200  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  31.87 
 
 		 505 aa  199  7.999999999999999e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  29.49 
 
 		 521 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  31.31 
 
 		 534 aa  197  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  28.04 
 
 		 527 aa  196  7e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  29.17 
 
 		 534 aa  196  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  30.69 
 
 		 516 aa  191  4e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  29.19 
 
 		 535 aa  190  5.999999999999999e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  29.27 
 
 		 537 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  28.86 
 
 		 497 aa  182  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.38 
 
 		 510 aa  181  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0184  extracellular solute-binding protein family 5  28.97 
 
 		 518 aa  170  7e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  28.93 
 
 		 521 aa  169  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  28.72 
 
 		 521 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.72 
 
 		 521 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  28.72 
 
 		 521 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  28.72 
 
 		 521 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 512 aa  164  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 512 aa  164  3e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 512 aa  164  3e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 515 aa  162  1e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 		 510 aa  162  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 		 495 aa  157  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0252  extracellular solute-binding protein family 5  29.56 
 
 		 546 aa  157  5.0000000000000005e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 495 aa  155  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  28.09 
 
 		 532 aa  154  5.9999999999999996e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1218  extracellular solute-binding protein  28.73 
 
 		 555 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0270957 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2197  extracellular solute-binding protein family 5  28.49 
 
 		 556 aa  148  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3737  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 517 aa  147  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.57 
 
 		 545 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3630  extracellular solute-binding protein family 5  29.4 
 
 		 514 aa  146  8.000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>