More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3143 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  79.57 
 
 		 460 aa  757    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  65.39 
 
 		 517 aa  697    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3143  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 524 aa  1078    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0573017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  41.41 
 
 		 528 aa  421  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  40.95 
 
 		 527 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  41.6 
 
 		 526 aa  412  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  42.31 
 
 		 544 aa  396  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  43.59 
 
 		 527 aa  398  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  40.59 
 
 		 538 aa  391  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  41.87 
 
 		 531 aa  390  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  40.28 
 
 		 526 aa  386  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  40.44 
 
 		 526 aa  384  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  40.2 
 
 		 526 aa  372  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  40 
 
 		 526 aa  370  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  38.74 
 
 		 532 aa  368  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  37.85 
 
 		 528 aa  365  1e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  37.6 
 
 		 528 aa  363  4e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  37.6 
 
 		 528 aa  363  5.0000000000000005e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1815  extracellular solute-binding protein  39.29 
 
 		 532 aa  362  8e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  38.1 
 
 		 556 aa  353  2.9999999999999997e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  38.02 
 
 		 529 aa  352  7e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  38.42 
 
 		 523 aa  350  4e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  38.81 
 
 		 523 aa  349  6e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  38.24 
 
 		 528 aa  349  9e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0422  extracellular solute-binding protein  39.51 
 
 		 527 aa  344  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147362  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  35.93 
 
 		 530 aa  339  9e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  37.7 
 
 		 528 aa  329  6e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  36.58 
 
 		 516 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0423  extracellular solute-binding protein  37.75 
 
 		 527 aa  325  9e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.204725  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  34.49 
 
 		 520 aa  318  1e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  35.52 
 
 		 526 aa  316  8e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  37.08 
 
 		 531 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  36.65 
 
 		 519 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  36.33 
 
 		 595 aa  303  5.000000000000001e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  34.81 
 
 		 514 aa  299  7e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  34.24 
 
 		 517 aa  298  2e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  35.87 
 
 		 517 aa  297  3e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2799  extracellular solute-binding protein  34.55 
 
 		 520 aa  296  7e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  35.02 
 
 		 520 aa  296  8e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  35.85 
 
 		 520 aa  294  2e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2474  extracellular solute-binding protein  34.91 
 
 		 525 aa  293  4e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  35.04 
 
 		 542 aa  291  2e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  34.06 
 
 		 526 aa  287  4e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  32.43 
 
 		 518 aa  285  2.0000000000000002e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  33.67 
 
 		 514 aa  275  1.0000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  30.95 
 
 		 528 aa  263  8e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  31.35 
 
 		 535 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  31 
 
 		 535 aa  255  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  31.8 
 
 		 509 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  31.33 
 
 		 533 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 515 aa  251  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  33.02 
 
 		 531 aa  248  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  30.67 
 
 		 524 aa  247  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.71 
 
 		 530 aa  246  6e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  30.77 
 
 		 533 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  33.4 
 
 		 538 aa  236  9e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  31.26 
 
 		 532 aa  229  7e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  31.6 
 
 		 528 aa  229  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  32.99 
 
 		 521 aa  229  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  31.07 
 
 		 532 aa  228  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  31.83 
 
 		 549 aa  227  3e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  31.96 
 
 		 521 aa  224  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  31.84 
 
 		 525 aa  220  6e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  30.74 
 
 		 516 aa  220  6e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  31.69 
 
 		 522 aa  219  6e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  31.09 
 
 		 526 aa  217  4e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  29.32 
 
 		 514 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  30.17 
 
 		 516 aa  216  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  28.96 
 
 		 512 aa  202  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  30.81 
 
 		 505 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  29.71 
 
 		 527 aa  199  9e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 		 544 aa  195  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 		 537 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  29.48 
 
 		 509 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  30.26 
 
 		 512 aa  183  6e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  31.63 
 
 		 528 aa  182  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 		 534 aa  181  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  29.49 
 
 		 534 aa  180  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  25.36 
 
 		 521 aa  178  2e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.36 
 
 		 521 aa  178  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  25.36 
 
 		 521 aa  178  2e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 		 521 aa  178  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  25.36 
 
 		 521 aa  177  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  28.24 
 
 		 499 aa  177  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.89 
 
 		 510 aa  177  4e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3737  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 		 517 aa  176  8e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  27.96 
 
 		 535 aa  176  9e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.73 
 
 		 534 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 		 510 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4455  extracellular solute-binding protein  28.01 
 
 		 509 aa  173  5.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.661138  hitchhiker  0.000234808 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 		 500 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  30.06 
 
 		 523 aa  166  6.9999999999999995e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  27.15 
 
 		 497 aa  163  7e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  30.1 
 
 		 511 aa  163  7e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 		 528 aa  163  9e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 		 512 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 		 512 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  29.74 
 
 		 512 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 		 489 aa  161  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 520 aa  160  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>