More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2686 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  72.74 
 
 		 520 aa  781    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  72.96 
 
 		 509 aa  768    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 528 aa  1069    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  56.91 
 
 		 531 aa  559  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 528 aa  340  4e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  38.63 
 
 		 534 aa  325  9e-88  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  39.12 
 
 		 535 aa  325  9e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  38.67 
 
 		 524 aa  317  3e-85  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  35.26 
 
 		 541 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  39.01 
 
 		 565 aa  293  5e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  36.86 
 
 		 538 aa  286  4e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4405  extracellular solute-binding protein  34.4 
 
 		 532 aa  283  8.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  35.07 
 
 		 532 aa  275  2.0000000000000002e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  35.44 
 
 		 532 aa  271  2.9999999999999997e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  34.12 
 
 		 530 aa  270  7e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2356  extracellular solute-binding protein  34.87 
 
 		 529 aa  263  6.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.458822  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0067  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 542 aa  259  1e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3231  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  34.06 
 
 		 532 aa  258  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.704667  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3969  extracellular solute-binding protein  34.06 
 
 		 532 aa  258  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0329  extracellular solute-binding protein  36.27 
 
 		 531 aa  256  6e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.889875  normal  0.0616043 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  34.94 
 
 		 531 aa  256  7e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  34.2 
 
 		 532 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  36.45 
 
 		 505 aa  254  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58360  putative binding protein component of ABC transpor  32.85 
 
 		 532 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  32.93 
 
 		 531 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5111  ABC transporter periplasmic binding protein  32.06 
 
 		 532 aa  253  6e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.914948  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  33.94 
 
 		 532 aa  253  7e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  34.92 
 
 		 510 aa  251  2e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4559  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  32.77 
 
 		 530 aa  251  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1582  extracellular solute-binding protein  33.73 
 
 		 531 aa  251  3e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.264898  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  31.2 
 
 		 544 aa  250  3e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4236  extracellular solute-binding protein  32.77 
 
 		 530 aa  250  5e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.978762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  32.73 
 
 		 533 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  31.24 
 
 		 535 aa  248  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1769  extracellular solute-binding protein family 5  33.7 
 
 		 589 aa  247  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  31.51 
 
 		 544 aa  247  4e-64  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2505  extracellular solute-binding protein family 5  33.14 
 
 		 531 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  31.38 
 
 		 526 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  31.43 
 
 		 535 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  33.81 
 
 		 495 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0813  extracellular solute-binding protein  34.53 
 
 		 531 aa  244  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125368  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0390  extracellular solute-binding protein family 5  34.29 
 
 		 531 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18086  normal  0.296586 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0422  extracellular solute-binding protein family 5  33.9 
 
 		 531 aa  243  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00166095  hitchhiker  0.00221721 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0759  extracellular solute-binding protein  33.27 
 
 		 547 aa  243  7.999999999999999e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0395598 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2930  extracellular solute-binding protein family 5  33.93 
 
 		 531 aa  243  7.999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  32.21 
 
 		 514 aa  241  2e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  33.08 
 
 		 509 aa  241  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58350  putative binding protein component of ABC transpor  31.11 
 
 		 537 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  33.53 
 
 		 520 aa  240  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5110  ABC transporter periplasmic binding protein  30.93 
 
 		 537 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.321263  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1531  extracellular solute-binding protein family 5  33.13 
 
 		 531 aa  239  9e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  31.89 
 
 		 523 aa  239  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0844  extracellular solute-binding protein  33 
 
 		 531 aa  239  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  32.79 
 
 		 519 aa  238  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  30.87 
 
 		 535 aa  238  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  32.06 
 
 		 514 aa  238  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2484  extracellular solute-binding protein  31.03 
 
 		 541 aa  238  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0213722 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1551  extracellular solute-binding protein  34.18 
 
 		 512 aa  237  4e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2739  extracellular solute-binding protein family 5  30.61 
 
 		 541 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.941667  normal  0.188577 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1526  extracellular solute-binding protein  32.03 
 
 		 544 aa  236  6e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2552  extracellular solute-binding protein  30.65 
 
 		 541 aa  236  8e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0399  extracellular solute-binding protein family 5  32.93 
 
 		 546 aa  236  9e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0845  extracellular solute-binding protein  31.34 
 
 		 532 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2650  acetate kinase  30.65 
 
 		 541 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.76691 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4557  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.6 
 
 		 535 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 		 506 aa  235  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2816  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 		 545 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.54552  normal  0.0589435 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  33.54 
 
 		 512 aa  235  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  33.54 
 
 		 512 aa  235  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  33.54 
 
 		 512 aa  235  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  31.06 
 
 		 526 aa  234  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  31.06 
 
 		 526 aa  234  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  31.06 
 
 		 526 aa  234  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  31.64 
 
 		 535 aa  234  3e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.507506 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  30.86 
 
 		 535 aa  234  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  30.86 
 
 		 535 aa  234  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  30.86 
 
 		 535 aa  234  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  30.86 
 
 		 535 aa  234  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  30.86 
 
 		 535 aa  234  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  31.06 
 
 		 526 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  30.86 
 
 		 535 aa  234  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1615  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 		 541 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.577375  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  30.86 
 
 		 535 aa  234  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  30.86 
 
 		 535 aa  233  5e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  33.67 
 
 		 509 aa  233  6e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4294  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 		 530 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.502669  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  32.93 
 
 		 519 aa  233  9e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  30.86 
 
 		 526 aa  233  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3755  extracellular solute-binding protein family 5  30.06 
 
 		 547 aa  232  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  32.49 
 
 		 538 aa  232  1e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3064  extracellular solute-binding protein  33.02 
 
 		 542 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.150422 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2431  extracellular solute-binding protein  33.02 
 
 		 542 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58390  putative binding protein component of ABC transpor  31.26 
 
 		 533 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3045  extracellular solute-binding protein  33.02 
 
 		 542 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1604  extracellular solute-binding protein  30.99 
 
 		 525 aa  231  3e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  33.9 
 
 		 540 aa  231  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1638  extracellular solute-binding protein  30.99 
 
 		 525 aa  231  3e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.547791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0927  extracellular solute-binding protein  30.59 
 
 		 530 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0815  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 		 532 aa  230  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.17042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4455  extracellular solute-binding protein  31.13 
 
 		 509 aa  230  5e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.661138  hitchhiker  0.000234808 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>