More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3144 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  74.57 
 
 
527 aa  828    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  64.02 
 
 
529 aa  723    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
526 aa  1087    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  55.58 
 
 
531 aa  612  9.999999999999999e-175  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  52.38 
 
 
556 aa  552  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  51.71 
 
 
530 aa  548  1e-155  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  49.61 
 
 
528 aa  533  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  42.5 
 
 
528 aa  431  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  42.3 
 
 
528 aa  428  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  41.6 
 
 
528 aa  424  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  42.47 
 
 
528 aa  414  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  43.06 
 
 
527 aa  412  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  41.96 
 
 
526 aa  404  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  41.78 
 
 
532 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  39.13 
 
 
544 aa  390  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  39.13 
 
 
526 aa  387  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  39.92 
 
 
526 aa  385  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1815  extracellular solute-binding protein  43.29 
 
 
532 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  41.26 
 
 
526 aa  379  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  42.19 
 
 
538 aa  375  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  41.09 
 
 
531 aa  377  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  39.06 
 
 
517 aa  373  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3143  extracellular solute-binding protein  39.81 
 
 
524 aa  369  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0573017  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  38.51 
 
 
528 aa  363  3e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  39.92 
 
 
523 aa  359  8e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  39.71 
 
 
523 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  40.3 
 
 
460 aa  357  2.9999999999999997e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0422  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 
527 aa  332  1e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.147362  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  37.35 
 
 
526 aa  318  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  35.89 
 
 
520 aa  315  1.9999999999999998e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0423  extracellular solute-binding protein  36.2 
 
 
527 aa  309  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.204725  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  35.98 
 
 
542 aa  292  1e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  35.69 
 
 
516 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  35.52 
 
 
526 aa  284  3.0000000000000004e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  35.47 
 
 
517 aa  283  6.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  35.98 
 
 
520 aa  277  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  34.24 
 
 
518 aa  276  6e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  34.5 
 
 
514 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  32.31 
 
 
514 aa  274  4.0000000000000004e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  34.69 
 
 
595 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  34.91 
 
 
517 aa  271  2e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  35.03 
 
 
519 aa  271  2.9999999999999997e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  33.81 
 
 
520 aa  261  2e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2799  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
520 aa  261  3e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  33.4 
 
 
532 aa  242  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  33.93 
 
 
509 aa  241  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  32.81 
 
 
528 aa  241  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  33 
 
 
532 aa  239  9e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.36 
 
 
530 aa  238  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  32.79 
 
 
528 aa  237  4e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  31.76 
 
 
533 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  32.3 
 
 
535 aa  234  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  30.94 
 
 
538 aa  234  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  31.52 
 
 
533 aa  231  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 
531 aa  230  5e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  30.57 
 
 
535 aa  228  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  30.93 
 
 
526 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  29.87 
 
 
516 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  30.25 
 
 
514 aa  220  5e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  29.98 
 
 
512 aa  218  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  29.88 
 
 
516 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2474  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 
525 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  31.01 
 
 
525 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  30.66 
 
 
522 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  32.92 
 
 
524 aa  210  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 
549 aa  204  3e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 
515 aa  204  3e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  29.4 
 
 
534 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 
544 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  27.31 
 
 
537 aa  189  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  28.8 
 
 
535 aa  189  9e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  26.53 
 
 
527 aa  187  3e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 
534 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 
521 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 
534 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 
505 aa  184  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.14 
 
 
521 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  28.21 
 
 
497 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 
495 aa  177  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.39 
 
 
510 aa  169  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
495 aa  168  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  29.01 
 
 
516 aa  166  1.0000000000000001e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0252  extracellular solute-binding protein family 5  30.05 
 
 
546 aa  164  4.0000000000000004e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0184  extracellular solute-binding protein family 5  27.09 
 
 
518 aa  162  1e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.97 
 
 
532 aa  162  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 
512 aa  158  3e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 
512 aa  158  3e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 
512 aa  158  3e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  27.97 
 
 
521 aa  156  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  27.71 
 
 
521 aa  155  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.71 
 
 
521 aa  155  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  27.71 
 
 
521 aa  155  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 
521 aa  155  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2197  extracellular solute-binding protein family 5  28.68 
 
 
556 aa  154  5e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 
510 aa  152  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 
561 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1965  extracellular solute-binding protein family 5  28.63 
 
 
556 aa  147  6e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1218  extracellular solute-binding protein  27.6 
 
 
555 aa  147  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0270957 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.67 
 
 
545 aa  146  1e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  27.79 
 
 
525 aa  145  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>