More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5357 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5357  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  100 
 
 		 502 aa  1035    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0991682  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  79.04 
 
 		 502 aa  842    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  55.4 
 
 		 500 aa  571  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6651  extracellular solute-binding protein  51.27 
 
 		 498 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.45162  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2626  extracellular solute-binding protein family 5  50.1 
 
 		 503 aa  485  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.253128  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2850  putative ABC transporter substrate-binding protein  50.21 
 
 		 490 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.938621  normal  0.738445 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  49.48 
 
 		 490 aa  481  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2847  4-phytase  48.69 
 
 		 495 aa  478  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5083  4-phytase  48.99 
 
 		 495 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.116329 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1506  extracellular solute-binding protein  44.56 
 
 		 501 aa  438  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0306373  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  42.59 
 
 		 495 aa  381  1e-104  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0145  extracellular solute-binding protein family 5  37.99 
 
 		 552 aa  329  6e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.602191 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  35.52 
 
 		 517 aa  294  3e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  33.82 
 
 		 519 aa  254  2.0000000000000002e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4369  extracellular solute-binding protein family 5  34.85 
 
 		 536 aa  253  5.000000000000001e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  33 
 
 		 521 aa  245  9.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2811  extracellular solute-binding protein family 5  32.52 
 
 		 540 aa  235  1.0000000000000001e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.490323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30.77 
 
 		 520 aa  228  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  30.1 
 
 		 509 aa  220  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  31.94 
 
 		 535 aa  216  8e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  31.35 
 
 		 534 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  30.93 
 
 		 513 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  31.26 
 
 		 528 aa  212  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  32.6 
 
 		 517 aa  212  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.14 
 
 		 510 aa  210  5e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  30.74 
 
 		 505 aa  207  3e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  31.57 
 
 		 510 aa  207  5e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 		 515 aa  205  2e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  30 
 
 		 531 aa  203  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 		 510 aa  203  8e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  29.62 
 
 		 512 aa  199  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 		 520 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  30.98 
 
 		 527 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  29.62 
 
 		 512 aa  199  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  29.62 
 
 		 512 aa  199  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  29.77 
 
 		 516 aa  198  2.0000000000000003e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  30.93 
 
 		 511 aa  197  5.000000000000001e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 		 520 aa  190  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 		 520 aa  190  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  30.65 
 
 		 509 aa  190  5.999999999999999e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  30.08 
 
 		 520 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  29.32 
 
 		 520 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  30.31 
 
 		 514 aa  190  7e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  28.95 
 
 		 541 aa  189  9e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 520 aa  189  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  29.61 
 
 		 565 aa  189  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  29.32 
 
 		 520 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 		 528 aa  188  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  27.11 
 
 		 502 aa  187  4e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  29.42 
 
 		 519 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  29.72 
 
 		 514 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 		 517 aa  185  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 		 520 aa  185  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1551  extracellular solute-binding protein  29.61 
 
 		 512 aa  184  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 		 520 aa  183  8.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3755  extracellular solute-binding protein family 5  29.2 
 
 		 547 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4455  extracellular solute-binding protein  30.47 
 
 		 509 aa  181  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.661138  hitchhiker  0.000234808 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 		 508 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0181  ABC dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.44 
 
 		 547 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.24 
 
 		 520 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1768  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  29.61 
 
 		 520 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.852283  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0975  putative dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  29.61 
 
 		 520 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.124849  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1926  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 		 518 aa  180  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293523  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0238  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  29.61 
 
 		 520 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0324  putative ABC transporter substrate-binding protein  29.61 
 
 		 520 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1359  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  29.61 
 
 		 520 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.442837  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1853  putative binding protein YliB  29.61 
 
 		 520 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0759  extracellular solute-binding protein  29.19 
 
 		 547 aa  180  5.999999999999999e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0395598 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0402  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  29.61 
 
 		 520 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  28.03 
 
 		 520 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1526  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 		 544 aa  179  8e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 		 509 aa  179  8e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  28.05 
 
 		 516 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  29.76 
 
 		 509 aa  177  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2915  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 		 547 aa  177  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  28.23 
 
 		 521 aa  177  5e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  28.66 
 
 		 520 aa  177  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  29.59 
 
 		 523 aa  177  5e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  28.37 
 
 		 521 aa  176  7e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.37 
 
 		 521 aa  176  7e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  28.37 
 
 		 521 aa  176  7e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 		 521 aa  176  7e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  27.98 
 
 		 544 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  28.98 
 
 		 516 aa  175  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0360  extracellular solute-binding protein family 5  30.27 
 
 		 506 aa  173  5.999999999999999e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  31.2 
 
 		 516 aa  172  9e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0885  dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.3 
 
 		 541 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.575043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0928  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 		 541 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0924  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 541 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 		 544 aa  172  1e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0813  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 		 531 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125368  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  27.83 
 
 		 517 aa  172  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 		 538 aa  172  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  27.83 
 
 		 521 aa  171  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  27.83 
 
 		 512 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  27.83 
 
 		 512 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  27.83 
 
 		 512 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  27.83 
 
 		 512 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 		 512 aa  171  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 535 aa  171  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.507506 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>