More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4961 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  71.88 
 
 		 537 aa  828    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  70.58 
 
 		 537 aa  809    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  71.38 
 
 		 536 aa  813    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  72.12 
 
 		 535 aa  815    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  73.61 
 
 		 536 aa  831    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  66.54 
 
 		 535 aa  759    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 537 aa  1112    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  49.81 
 
 		 536 aa  527  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  49.24 
 
 		 540 aa  523  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  49.14 
 
 		 539 aa  524  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  48.79 
 
 		 545 aa  521  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  48.41 
 
 		 545 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  48.28 
 
 		 538 aa  504  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  47.79 
 
 		 538 aa  501  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  47.89 
 
 		 540 aa  495  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  47.41 
 
 		 519 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  48.54 
 
 		 527 aa  481  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.25 
 
 		 526 aa  477  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  44.64 
 
 		 513 aa  468  1.0000000000000001e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  45.89 
 
 		 527 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  45.89 
 
 		 527 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  45.89 
 
 		 527 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  45.32 
 
 		 527 aa  462  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  45.12 
 
 		 527 aa  462  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  44.86 
 
 		 509 aa  446  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  39.46 
 
 		 525 aa  342  9e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  38.21 
 
 		 520 aa  328  2.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  37.85 
 
 		 519 aa  317  3e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  34.18 
 
 		 513 aa  301  2e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  36.45 
 
 		 535 aa  288  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  36.45 
 
 		 535 aa  288  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  33.59 
 
 		 529 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  34.69 
 
 		 529 aa  285  2.0000000000000002e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  35.87 
 
 		 535 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  32.82 
 
 		 529 aa  282  8.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  32.43 
 
 		 529 aa  272  1e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  33.54 
 
 		 522 aa  271  2e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  34.68 
 
 		 527 aa  270  5.9999999999999995e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  33.2 
 
 		 518 aa  268  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  32.56 
 
 		 526 aa  260  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  31.45 
 
 		 512 aa  251  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  33.83 
 
 		 534 aa  250  5e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  32.73 
 
 		 534 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 		 534 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  30.71 
 
 		 511 aa  219  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  31.08 
 
 		 516 aa  205  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  29.02 
 
 		 533 aa  204  4e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  28.17 
 
 		 496 aa  201  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  30.8 
 
 		 538 aa  190  5e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.91 
 
 		 516 aa  188  2e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  26.98 
 
 		 532 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  29.29 
 
 		 514 aa  180  7e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 513 aa  169  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 524 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  26.57 
 
 		 538 aa  161  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 561 aa  159  9e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 		 526 aa  158  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 		 515 aa  158  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 517 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 		 550 aa  150  7e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 517 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 517 aa  147  7.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  24.23 
 
 		 554 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  23.85 
 
 		 554 aa  144  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.29 
 
 		 513 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  26.06 
 
 		 555 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  25.62 
 
 		 502 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  27.23 
 
 		 535 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  26.99 
 
 		 531 aa  131  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.73 
 
 		 520 aa  131  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.35 
 
 		 534 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  24.72 
 
 		 512 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  26.2 
 
 		 509 aa  127  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  27.81 
 
 		 514 aa  127  7e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  26.18 
 
 		 505 aa  125  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 		 523 aa  125  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 503 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  25.6 
 
 		 503 aa  123  8e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 500 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  25 
 
 		 503 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  24.89 
 
 		 512 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4534  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  24.13 
 
 		 504 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.14 
 
 		 518 aa  120  6e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 543 aa  120  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  24.44 
 
 		 527 aa  120  7e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 		 528 aa  119  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 543 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.8 
 
 		 510 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 		 510 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1506  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 501 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0306373  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  24.2 
 
 		 504 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.99 
 
 		 516 aa  118  3e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  24.63 
 
 		 502 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9144  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.75 
 
 		 507 aa  117  6.9999999999999995e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.215146  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  27.09 
 
 		 520 aa  116  7.999999999999999e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 		 521 aa  116  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4211  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 504 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0112  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 506 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.876976  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  23.97 
 
 		 521 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.97 
 
 		 521 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>