More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2156 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2703  ABC dipeptide transporter, periplasmic binding protein  91.56 
 
 		 501 aa  890    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.22446  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  90.24 
 
 		 543 aa  1004    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 543 aa  1109    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1417  twin-arginine translocation pathway signal  58.52 
 
 		 555 aa  627  1e-178  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.628959  normal  0.153951 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2463  twin-arginine translocation pathway signal  56.05 
 
 		 555 aa  589  1e-167  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.31086  hitchhiker  0.000559828 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1490  extracellular solute-binding protein family 5  54.21 
 
 		 555 aa  587  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.758744 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3049  twin-arginine translocation pathway signal  52.67 
 
 		 554 aa  552  1e-156  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2062  twin-arginine translocation pathway signal  51.51 
 
 		 550 aa  545  1e-154  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.511061  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  37.41 
 
 		 555 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  30.62 
 
 		 538 aa  177  6e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 525 aa  176  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 		 529 aa  171  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  30.42 
 
 		 535 aa  168  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 		 523 aa  169  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 		 535 aa  169  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 		 535 aa  167  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  29.39 
 
 		 522 aa  158  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  28.76 
 
 		 527 aa  157  4e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 536 aa  156  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  28.11 
 
 		 529 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 		 535 aa  153  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 		 520 aa  153  8.999999999999999e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  28.02 
 
 		 535 aa  152  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  27.92 
 
 		 529 aa  152  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  28.17 
 
 		 537 aa  150  8e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 		 534 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.1 
 
 		 516 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  27.72 
 
 		 513 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 		 539 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  29.45 
 
 		 534 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  29.32 
 
 		 534 aa  144  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  26.58 
 
 		 545 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 		 550 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 529 aa  140  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.98 
 
 		 526 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 561 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  25.1 
 
 		 554 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.22 
 
 		 545 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 519 aa  137  7.000000000000001e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  28.04 
 
 		 506 aa  135  1.9999999999999998e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  27.43 
 
 		 526 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.56 
 
 		 537 aa  135  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  28.67 
 
 		 538 aa  134  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 509 aa  134  3e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  24.71 
 
 		 554 aa  135  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  26.25 
 
 		 518 aa  133  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  26.73 
 
 		 536 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28 
 
 		 510 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 		 519 aa  131  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 		 544 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 		 509 aa  130  8.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 		 540 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.08 
 
 		 508 aa  129  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1731  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 		 539 aa  128  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.308556  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1698  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 		 537 aa  127  5e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  25.43 
 
 		 538 aa  127  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  28.42 
 
 		 520 aa  127  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.05 
 
 		 538 aa  126  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  26.81 
 
 		 516 aa  126  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 527 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 534 aa  125  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 537 aa  125  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  28.93 
 
 		 527 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 		 517 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  28.43 
 
 		 524 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 		 509 aa  121  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 515 aa  121  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 495 aa  121  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  27.99 
 
 		 533 aa  120  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  29.83 
 
 		 517 aa  121  3.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.48 
 
 		 545 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  24.95 
 
 		 496 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  26.72 
 
 		 533 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.09 
 
 		 542 aa  118  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 527 aa  118  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3049  extracellular solute-binding protein family 5  28.23 
 
 		 503 aa  118  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  27.17 
 
 		 540 aa  118  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  26.28 
 
 		 532 aa  118  3e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 527 aa  117  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0139  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 502 aa  117  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.184027  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.53 
 
 		 492 aa  117  6e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 494 aa  117  6e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  26.76 
 
 		 513 aa  117  6e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.53 
 
 		 479 aa  117  6e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 		 493 aa  117  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  27.78 
 
 		 565 aa  116  7.999999999999999e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 527 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  25.15 
 
 		 527 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  25.15 
 
 		 527 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  24.44 
 
 		 512 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 536 aa  115  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 		 542 aa  114  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  27.42 
 
 		 514 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  27.47 
 
 		 531 aa  114  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  27.53 
 
 		 489 aa  113  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  24.01 
 
 		 505 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 517 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 538 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 		 530 aa  112  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 		 540 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>