More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2703 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2703  ABC dipeptide transporter, periplasmic binding protein  100 
 
 		 501 aa  1024    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.22446  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  99.37 
 
 		 543 aa  968    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  91.56 
 
 		 543 aa  890    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1417  twin-arginine translocation pathway signal  56.94 
 
 		 555 aa  552  1e-156  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.628959  normal  0.153951 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1490  extracellular solute-binding protein family 5  55.67 
 
 		 555 aa  536  1e-151  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.758744 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2463  twin-arginine translocation pathway signal  55.2 
 
 		 555 aa  531  1e-149  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.31086  hitchhiker  0.000559828 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2062  twin-arginine translocation pathway signal  51.36 
 
 		 550 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.511061  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3049  twin-arginine translocation pathway signal  53.03 
 
 		 554 aa  514  1e-144  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  36.47 
 
 		 555 aa  291  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 525 aa  166  8e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 		 523 aa  163  9e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 520 aa  149  9e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.62 
 
 		 516 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  27.08 
 
 		 536 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 		 535 aa  140  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  27.84 
 
 		 522 aa  137  4e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.04 
 
 		 535 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 		 529 aa  136  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  25.56 
 
 		 513 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  26.91 
 
 		 527 aa  134  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.34 
 
 		 535 aa  133  6e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  28.34 
 
 		 535 aa  133  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  28.85 
 
 		 506 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  27.8 
 
 		 529 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  24.95 
 
 		 518 aa  131  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  27.94 
 
 		 529 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.35 
 
 		 510 aa  130  7.000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  27.71 
 
 		 538 aa  129  9.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  26.46 
 
 		 526 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 535 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  27.82 
 
 		 537 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 519 aa  126  7e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 539 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.21 
 
 		 537 aa  125  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 		 534 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  25.05 
 
 		 545 aa  124  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 		 534 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  29.08 
 
 		 534 aa  123  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 		 494 aa  122  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  27.56 
 
 		 538 aa  122  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.26 
 
 		 508 aa  122  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.76 
 
 		 542 aa  122  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  22.76 
 
 		 554 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  24.95 
 
 		 536 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.05 
 
 		 545 aa  120  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  27.52 
 
 		 520 aa  120  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  27.73 
 
 		 540 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1731  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 		 539 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.308556  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 		 540 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 		 550 aa  117  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1698  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 		 537 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  27.73 
 
 		 524 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  27.1 
 
 		 540 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  22.53 
 
 		 554 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 489 aa  115  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 509 aa  114  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.66 
 
 		 526 aa  115  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 		 517 aa  114  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 		 529 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  25.75 
 
 		 513 aa  114  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.2 
 
 		 545 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  25.59 
 
 		 496 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 509 aa  114  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 544 aa  113  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 		 561 aa  113  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  26.34 
 
 		 532 aa  113  9e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 517 aa  113  9e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  28.25 
 
 		 516 aa  113  1.0000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  27.1 
 
 		 514 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  27.53 
 
 		 495 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  27.16 
 
 		 509 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 		 527 aa  112  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  24.57 
 
 		 540 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 		 515 aa  110  5e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 537 aa  110  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 519 aa  110  7.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0139  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 		 502 aa  110  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.184027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 542 aa  110  9.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3596  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 526 aa  109  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 		 538 aa  109  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 		 517 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25 
 
 		 538 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.87 
 
 		 531 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 		 536 aa  108  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  24.44 
 
 		 538 aa  107  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 		 492 aa  107  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 530 aa  107  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.32 
 
 		 510 aa  107  5e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 514 aa  107  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  25.6 
 
 		 516 aa  107  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  26.18 
 
 		 533 aa  107  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  24.67 
 
 		 527 aa  107  7e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  25.05 
 
 		 513 aa  106  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 		 516 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  25.32 
 
 		 513 aa  106  9e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 		 512 aa  106  9e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  27.52 
 
 		 508 aa  106  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 		 512 aa  106  9e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 		 512 aa  106  9e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3028  twin-arginine translocation pathway signal  27.07 
 
 		 562 aa  105  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>