More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1490 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1490  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 555 aa  1145    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.758744 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2463  twin-arginine translocation pathway signal  57.82 
 
 		 555 aa  643    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.31086  hitchhiker  0.000559828 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1417  twin-arginine translocation pathway signal  58.35 
 
 		 555 aa  642    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.628959  normal  0.153951 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  54.53 
 
 		 543 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  54.21 
 
 		 543 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3049  twin-arginine translocation pathway signal  50.91 
 
 		 554 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2703  ABC dipeptide transporter, periplasmic binding protein  55.67 
 
 		 501 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.22446  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2062  twin-arginine translocation pathway signal  48.41 
 
 		 550 aa  512  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.511061  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  34.63 
 
 		 555 aa  300  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  25.38 
 
 		 554 aa  155  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.58 
 
 		 554 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 		 535 aa  150  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.87 
 
 		 535 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  28.71 
 
 		 522 aa  147  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 		 561 aa  143  9e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 		 535 aa  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  26.76 
 
 		 538 aa  139  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 		 525 aa  138  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 520 aa  137  7.000000000000001e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 523 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  25.73 
 
 		 518 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 529 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 527 aa  128  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  26.97 
 
 		 529 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  26.59 
 
 		 529 aa  127  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 538 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  26.16 
 
 		 513 aa  126  9e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  26.52 
 
 		 526 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.15 
 
 		 545 aa  123  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  26.94 
 
 		 527 aa  122  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 		 540 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.59 
 
 		 538 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  27.91 
 
 		 506 aa  121  3e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  25.48 
 
 		 545 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 		 550 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 		 544 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  25.74 
 
 		 532 aa  119  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.52 
 
 		 508 aa  117  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.1 
 
 		 537 aa  117  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 		 519 aa  116  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 517 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  25.79 
 
 		 512 aa  114  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.82 
 
 		 526 aa  114  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 509 aa  113  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  26.38 
 
 		 538 aa  112  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  24.79 
 
 		 514 aa  110  5e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  24.11 
 
 		 540 aa  110  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  24.9 
 
 		 537 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 534 aa  109  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  24.76 
 
 		 536 aa  109  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  24.25 
 
 		 496 aa  108  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  24.9 
 
 		 527 aa  108  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  24 
 
 		 539 aa  107  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 493 aa  107  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  26.23 
 
 		 534 aa  107  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 489 aa  107  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  25 
 
 		 516 aa  107  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  26.11 
 
 		 534 aa  106  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 517 aa  105  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 517 aa  105  3e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.35 
 
 		 532 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 534 aa  105  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  23.76 
 
 		 519 aa  105  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  25.16 
 
 		 502 aa  104  4e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 538 aa  104  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 494 aa  103  7e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  23.86 
 
 		 535 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.79 
 
 		 513 aa  103  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  24.72 
 
 		 522 aa  102  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  26.98 
 
 		 565 aa  102  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  24.76 
 
 		 529 aa  102  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  28.22 
 
 		 524 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  24.1 
 
 		 535 aa  101  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2247  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 535 aa  100  7e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0125251  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  24.72 
 
 		 535 aa  100  8e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 		 492 aa  100  9e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.9 
 
 		 516 aa  99.8  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  23.38 
 
 		 536 aa  99.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  27.38 
 
 		 528 aa  98.6  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  26.04 
 
 		 508 aa  98.2  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  27.45 
 
 		 520 aa  98.2  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.49 
 
 		 545 aa  97.8  4e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  25.31 
 
 		 509 aa  97.4  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 		 530 aa  97.1  7e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  23.67 
 
 		 537 aa  97.1  7e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  25.12 
 
 		 513 aa  96.7  9e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 		 490 aa  96.7  9e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 526 aa  96.3  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  25.41 
 
 		 516 aa  96.7  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  24.55 
 
 		 544 aa  95.9  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 		 544 aa  95.9  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  24.22 
 
 		 495 aa  95.9  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  25.24 
 
 		 514 aa  95.1  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0381  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 		 531 aa  94.7  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 		 492 aa  94.4  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 522 aa  94.4  4e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 		 516 aa  94.4  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 511 aa  94.4  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 509 aa  94  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  25.34 
 
 		 511 aa  94  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0245039 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>