More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3332 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 517 aa  1051    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  63.79 
 
 		 524 aa  640    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  38.73 
 
 		 516 aa  318  2e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  37.04 
 
 		 533 aa  266  5.999999999999999e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  33.91 
 
 		 513 aa  229  7e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  30.39 
 
 		 525 aa  223  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 		 526 aa  201  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  30.06 
 
 		 520 aa  200  5e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  29.01 
 
 		 529 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.01 
 
 		 545 aa  194  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  28.82 
 
 		 545 aa  194  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  28.43 
 
 		 529 aa  191  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 529 aa  189  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 527 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  30.4 
 
 		 527 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  30.4 
 
 		 527 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 		 540 aa  182  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 		 527 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3973  extracellular solute-binding protein family 5  32.99 
 
 		 505 aa  178  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617507  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  29.98 
 
 		 527 aa  178  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.7 
 
 		 538 aa  177  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 529 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  30.1 
 
 		 496 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  27.41 
 
 		 538 aa  172  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 		 527 aa  172  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  29.76 
 
 		 539 aa  172  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.96 
 
 		 537 aa  172  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 		 519 aa  172  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 519 aa  172  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 535 aa  171  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  27.86 
 
 		 526 aa  171  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  29.14 
 
 		 518 aa  170  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  29.32 
 
 		 512 aa  170  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  26.81 
 
 		 535 aa  169  9e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 535 aa  169  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  27.79 
 
 		 513 aa  167  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 		 534 aa  166  9e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.63 
 
 		 526 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  30.61 
 
 		 517 aa  165  2.0000000000000002e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.27 
 
 		 535 aa  164  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0504  ABC transporter substrate-binding protein  25.89 
 
 		 531 aa  164  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.325614  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 		 517 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  28.83 
 
 		 511 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 535 aa  160  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3787  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 		 531 aa  159  8e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.216169  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  28.71 
 
 		 540 aa  159  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 		 515 aa  159  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 534 aa  156  9e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.48 
 
 		 534 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  25.98 
 
 		 536 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  25.79 
 
 		 536 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  27.41 
 
 		 513 aa  154  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3842  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 		 568 aa  154  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0450891  normal  0.108057 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5167  4-phytase  24.3 
 
 		 530 aa  153  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.978534  normal  0.719428 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 537 aa  152  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 		 509 aa  152  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3756  putative peptide ABC transporter, substrate- binding protein  30.32 
 
 		 514 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0279615  normal  0.332846 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  26.57 
 
 		 537 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  28.51 
 
 		 516 aa  148  2.0000000000000003e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 		 536 aa  147  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  26.35 
 
 		 522 aa  146  8.000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  25.89 
 
 		 532 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 		 522 aa  141  3.9999999999999997e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 523 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0232  extracellular solute-binding protein  25.92 
 
 		 517 aa  139  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 550 aa  138  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  28.97 
 
 		 503 aa  137  6.0000000000000005e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  26.13 
 
 		 527 aa  136  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  28.19 
 
 		 531 aa  133  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  27.96 
 
 		 533 aa  133  9e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  26.17 
 
 		 516 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 		 510 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.01 
 
 		 510 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58360  putative binding protein component of ABC transpor  27.09 
 
 		 532 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5111  ABC transporter periplasmic binding protein  27.31 
 
 		 532 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.914948  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 561 aa  130  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  24.77 
 
 		 518 aa  129  9.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2510  extracellular solute-binding protein  29.48 
 
 		 519 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  26.71 
 
 		 565 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0960  extracellular solute-binding protein family 5  26.49 
 
 		 547 aa  128  3e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1189  4-phytase  25.76 
 
 		 523 aa  128  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  25.1 
 
 		 555 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.19 
 
 		 532 aa  127  5e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.95 
 
 		 520 aa  127  5e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 510 aa  127  5e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 520 aa  126  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  29.38 
 
 		 502 aa  126  8.000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  26.98 
 
 		 529 aa  126  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 510 aa  126  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  29.37 
 
 		 515 aa  126  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3427  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 		 526 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  25.34 
 
 		 554 aa  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 520 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.69 
 
 		 554 aa  125  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 		 512 aa  124  5e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  25.55 
 
 		 517 aa  124  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 		 512 aa  124  5e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 		 512 aa  124  5e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0130  extracellular solute-binding protein family 5  27.63 
 
 		 542 aa  122  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.870572 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>